Xử lý vi phạm thuế VAT của doanh nghiệp khi kê khai sai doanh thu bắt đầu từ việc xác định đúng bản chất hành vi khai sai có làm thiếu số tiền thuế phải nộp hay không, bởi mỗi mức độ sai sót kéo theo khung xử phạt hoàn toàn khác nhau. Nội dung dưới đây của Luật LCP phân tích từng mức phạt cụ thể và quy trình kê khai điều chỉnh bổ sung đúng quy định hiện hành.

1. Các hình thức xử phạt hành vi kê khai sai doanh thu tính thuế GTGT

Hành vi kê khai sai doanh thu tính thuế GTGT chịu sự điều chỉnh của nhiều điều khoản khác nhau trong Nghị định số 125/2020/NĐ-CP, sửa đổi bổ sung bởi Nghị định 310/2025/NĐ-CP quy định xử phạt vi phạm hành chính về thuế, hóa đơn, tùy theo mức độ ảnh hưởng đến nghĩa vụ thuế phải nộp trong kỳ.

1.1. Xử phạt hành vi khai sai không dẫn đến thiếu số thuế GTGT phải nộp

Theo Điều 12 Nghị định 125/2020/NĐ-CP, sửa đổi bổ sung bởi Nghị định 310/2025/NĐ-CP về hành vi khai sai, khai không đầy đủ nội dung trong hồ sơ thuế nhưng không dẫn đến thiếu số thuế phải nộp hoặc tăng số thuế được miễn, giảm, hoàn được xử phạt tùy theo nội dung sai sót. Mức phạt gồm:

500.000 – 1.500.000 đồng đối với khai sai, khai không đầy đủ chỉ tiêu trong hồ sơ thuế nhưng không liên quan đến xác định nghĩa vụ thuế;
1.500.000 – 2.500.000 đồng đối với khai sai, khai không đầy đủ chỉ tiêu trên tờ khai hoặc phụ lục nhưng không liên quan đến xác định nghĩa vụ thuế;
5.000.000 – 8.000.000 đồng đối với khai sai, khai không đầy đủ chỉ tiêu liên quan đến xác định nghĩa vụ thuế nhưng không dẫn đến thiếu thuế.

1.2. Mức phạt tiền từ 500.000 đồng đến 1.500.000 đồng đối với sai sót chỉ tiêu hành chính

Mức phạt từ 500.000 đồng đến 1.500.000 đồng được áp dụng đối với hành vi khai sai, khai không đầy đủ các chỉ tiêu trong hồ sơ thuế nhưng không liên quan đến việc xác định nghĩa vụ thuế theo khoản 1 Điều 12 Nghị định 125/2020/NĐ-CP, đã được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định 310/2025/NĐ-CP. Trường hợp doanh nghiệp kê khai doanh thu thấp hơn thực tế làm giảm số thuế GTGT phải nộp thì không thuộc trường hợp sai sót chỉ tiêu hành chính này.

1.3. Mức xử phạt khi khai sai thuế làm phát sinh thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn

Điều 16 Nghị định số 125/2020/NĐ-CP, đã được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định số 310/2025/NĐ-CP, quy định phạt 20% số tiền thuế khai thiếu hoặc số tiền thuế đã được miễn, giảm, hoàn cao hơn quy định đối với hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn. Ngoài phạt tiền, doanh nghiệp phải nộp đủ tiền thuế thiếu, tiền hoàn/miễn/giảm thừa, tiền chậm nộp và điều chỉnh lại số lỗ, thuế GTGT khấu trừ chuyển kỳ sau (nếu có). Trường hợp nghiêm trọng hơn, hành vi khai sai doanh thu để trốn thuế sẽ bị phạt từ 1 đến 3 lần số thuế trốn tùy tình tiết tăng nặng, giảm nhẹ theo Điều 17 Nghị định 125/2020/NĐ-CP.

2. Các trường hợp doanh nghiệp kê khai sai doanh thu không bị xử phạt

Pháp luật thuế hiện hành ghi nhận một số trường hợp doanh nghiệp kê khai sai doanh thu không bị xử phạt vi phạm hành chính nếu đáp ứng đầy đủ điều kiện về thời điểm phát hiện và tính chất của sai sót.

2.1. Doanh nghiệp tự phát hiện và nộp hồ sơ khai bổ sung trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra

Theo điểm a khoản 2 Điều 44 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, trường hợp doanh nghiệp có hành vi khai sai thuộc khoản 2 Điều 45 nhưng đã khai bổ sung hồ sơ khai thuế và tự giác nộp đủ số tiền thuế phải nộp trước thời điểm cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra thuế, cơ quan có thẩm quyền khác công bố quyết định thanh tra, kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế hoặc trước thời điểm cơ quan thuế phát hiện không qua kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế hoặc trước khi cơ quan có thẩm quyền khác phát hiện thì không bị xử phạt vi phạm hành chính đối với hành vi đó.

2.2. Trường hợp khai sai nhưng không làm thay đổi nghĩa vụ thuế GTGT phải nộp trong kỳ

Theo khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, người nộp thuế được khai bổ sung hồ sơ khai thuế trong thời hạn 05 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ có sai sót, trong các trường hợp luật định. Trường hợp khai sai doanh thu nhưng sau khi điều chỉnh không làm phát sinh thêm số thuế GTGT phải nộp thì doanh nghiệp vẫn cần thực hiện khai bổ sung để đưa số liệu về đúng thực tế. Thời hạn 05 năm để khai bổ sung không đồng nghĩa với việc mọi trường hợp khai bổ sung trong thời hạn này đều đương nhiên không bị xử phạt.

2.3. Điều kiện áp dụng tình tiết giảm nhẹ khi khai sai thuế do lỗi kỹ thuật hệ thống

Việc doanh nghiệp kê khai sai doanh thu do lỗi hệ thống hoặc phần mềm không mặc nhiên được xem là tình tiết giảm nhẹ hoặc căn cứ để không bị xử phạt. Doanh nghiệp cần cung cấp tài liệu chứng minh nguyên nhân, tính chất của sự cố và mức độ ảnh hưởng đến việc kê khai thuế để cơ quan có thẩm quyền xem xét theo quy định pháp luật. Trường hợp sự cố đáp ứng đầy đủ điều kiện của sự kiện bất khả kháng theo quy định, doanh nghiệp có thể đề nghị xem xét áp dụng cơ chế pháp lý tương ứng.

3. Quy trình kê khai điều chỉnh bổ sung khi phát hiện sai sót doanh thu

Doanh nghiệp cần xác định đúng kỳ thuế có sai sót, lập hồ sơ khai bổ sung, nộp hồ sơ theo phương thức điện tử và hoàn thành nghĩa vụ thuế phát sinh nếu có.

3.1. Hướng dẫn lập lại mẫu tờ khai thuế GTGT điều chỉnh bổ sung trên hệ thống eTax

Hồ sơ khai bổ sung hiện hành bao gồm các biểu mẫu tương ứng như Mẫu 01/KHBS và Mẫu 01-1/KHBS theo quy định về hồ sơ khai bổ sung tại Thông tư 89/2026/TT-BTC. Khi khai bổ sung, doanh nghiệp cần xác định chính xác doanh thu kê khai thiếu, số thuế GTGT đầu ra phát sinh thêm, số thuế được khấu trừ và số thuế GTGT phải nộp sau điều chỉnh để bảo đảm số liệu trên hồ sơ khai thuế được thống nhất.

3.2. Doanh nghiệp nộp mẫu tờ khai bổ sung và bản giải trình khai bổ sung như thế nào

Hồ sơ khai bổ sung được lập theo quy định tại Thông tư 89/2026/TT-BTC, trong đó tùy trường hợp có Mẫu 01/KHBS, Mẫu 01-1/KHBS, tờ khai thuế của kỳ có sai sót sau khi điều chỉnh và các tài liệu liên quan. Sau khi hoàn thiện, doanh nghiệp ký điện tử và gửi hồ sơ qua hệ thống thuế điện tử, đồng thời kiểm tra thông báo tiếp nhận hồ sơ.

3.3. Thời hạn tự khắc phục và nộp bổ sung số tiền thuế GTGT chênh lệch cùng tiền chậm nộp

Theo khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, thời hạn khai bổ sung hồ sơ thuế trong các trường hợp luật định là 05 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ có sai sót. Nếu khai bổ sung làm tăng số thuế GTGT phải nộp, doanh nghiệp phải nộp số thuế tăng thêm và tiền chậm nộp. Theo khoản 2 Điều 16 Luật Quản lý thuế 2025, tiền chậm nộp được tính theo mức 0,03%/ngày trên số tiền thuế chậm nộp. Việc chủ động phát hiện và khắc phục sai sót càng sớm giúp doanh nghiệp hạn chế số tiền chậm nộp và giảm rủi ro xử lý vi phạm. >>> Xem thêm: Hướng dẫn giải trình vi phạm thuế VAT của doanh nghiệp với cơ quan thuế

4. Dịch vụ tư vấn pháp lý và xử lý vi phạm thuế của LCP Law Firm

Luật LCP đồng hành cùng doanh nghiệp xử lý các tình huống kê khai sai doanh thu tính thuế GTGT, từ việc xác định đúng mức phạt áp dụng đến việc chuẩn bị hồ sơ khai bổ sung đúng quy định.

Rà soát hồ sơ khai thuế GTGT đã nộp, xác định chính xác hành vi khai sai thuộc trường hợp nào.
Tư vấn phương án khai bổ sung phù hợp, xác định thời điểm nộp hồ sơ tối ưu để tận dụng điều kiện miễn xử phạt vi phạm hành chính.
Lập tờ khai bổ sung mẫu số 01/KHBS và bản giải trình khai bổ sung, điều chỉnh.
Soạn thảo văn bản trình bày tình tiết giảm nhẹ khi doanh nghiệp bị lập biên bản vi phạm hành chính về thuế do lỗi kỹ thuật hệ thống.
Đại diện doanh nghiệp làm việc với cơ quan thuế trong quá trình xử lý hồ sơ khai bổ sung và giải quyết quyết định xử phạt vi phạm hành chính.

Kết luận

Chủ động rà soát và kê khai điều chỉnh bổ sung ngay khi phát hiện sai sót doanh thu giúp doanh nghiệp tận dụng đúng quy định miễn xử phạt vi phạm hành chính và hạn chế tiền chậm nộp phát sinh theo thời gian. Quý khách hàng đang gặp vướng mắc trong việc xác định mức phạt hoặc cách lập mẫu tờ khai bổ sung thuế GTGT vui lòng liên hệ Luật LCP qua Hotline: 0962275827 để được luật sư trực tiếp tư vấn, rà soát hồ sơ và đưa ra phương án xử lý phù hợp với tình huống thực tế của doanh nghiệp.

Tác giả

Võ Mộng Thu