Nguyên nhân dẫn đến vi phạm thuế VAT của doanh nghiệp xuất phát từ cả yếu tố chủ quan lẫn khách quan trong quá trình kê khai, khấu trừ và hoàn thuế giá trị gia tăng. Nhiều trường hợp sai phạm của doanh nghiệp không bắt nguồn từ ý định gian lận mà từ việc chưa cập nhật đầy đủ quy định pháp luật thuế hiện hành. Bài viết dưới đây của Luật LCP phân tích các nhóm nguyên nhân phổ biến nhất và đề xuất giải pháp kiểm soát rủi ro cho doanh nghiệp.
1. Nhóm sai phạm của doanh nghiệp xuất phát từ nhận thức pháp lý và quản trị nội bộ
Phần lớn sai phạm của doanh nghiệp về thuế GTGT không xuất phát từ chủ đích gian lận. Nguyên nhân chủ yếu nằm ở việc bộ phận kế toán chưa cập nhật kịp thời các văn bản pháp luật thuế thường xuyên thay đổi. Ba nhóm hành vi dưới đây minh họa rõ nhất dạng sai phạm này.
1.1. Khấu trừ thuế GTGT đầu vào khi chưa đủ điều kiện theo quy định pháp luật
Điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào được quy định cụ thể tại Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15 và Nghị định số 181/2025/NĐ-CP quy định chi tiết thi hành luật này. Theo đó, doanh nghiệp phải có hóa đơn GTGT hợp pháp và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào từ mức giá trị theo quy định.
Trên thực tế, nhiều doanh nghiệp khấu trừ thuế đầu vào khi chưa hoàn thiện chứng từ thanh toán, hoặc khấu trừ đối với hàng hóa dùng cho mục đích không phục vụ sản xuất kinh doanh chịu thuế. Đây là lỗi phổ biến khiến doanh nghiệp bị loại số thuế đã khấu trừ, truy thu và tính tiền chậm nộp khi cơ quan thuế thanh tra, kiểm tra.
1.2. Không đăng ký, khai thuế hay nộp bổ sung hồ sơ thuế theo yêu cầu từ cơ quan thuế
Nghĩa vụ đăng ký thuế, khai thuế và nộp bổ sung hồ sơ khai thuế theo yêu cầu của cơ quan thuế được quy định tại Luật Quản lý thuế. Doanh nghiệp không thực hiện đúng thời hạn hoặc bỏ qua yêu cầu bổ sung hồ sơ có thể bị xử phạt vi phạm hành chính về thuế.
Trường hợp nghiêm trọng hơn, hành vi không nộp hồ sơ khai thuế hoặc nộp hồ sơ khai thuế sau 90 ngày kể từ ngày hết hạn còn có thể cấu thành dấu hiệu của hành vi trốn thuế theo Điều 200 Bộ luật Hình sự năm 2015. Ngưỡng số tiền trốn thuế bị truy cứu trách nhiệm hình sự là từ 100.000.000 đồng đối với cá nhân và từ 200.000.000 đồng đối với pháp nhân thương mại.
1.3. Áp dụng sai thuế suất thuế GTGT do không cập nhật chính sách ưu đãi miễn giảm
Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15 đã điều chỉnh danh mục đối tượng không chịu thuế, đồng thời được sửa đổi, bổ sung bởi Luật số 90/2025/QH15, Luật số 149/2025/QH15 và Luật số 09/2026/QH16. Việc chính sách thuế suất thay đổi liên tục qua nhiều văn bản khiến doanh nghiệp dễ áp dụng nhầm mức thuế suất 0%, 5% hoặc 10% cho cùng một loại hàng hóa, dịch vụ.
Sai sót này thường phát sinh khi doanh nghiệp không cập nhật hiệu lực từng phần của luật, ví dụ quy định về ngưỡng doanh thu không chịu thuế của hộ, cá nhân kinh doanh có thời điểm hiệu lực riêng biệt so với các quy định khác trong cùng một đạo luật.
2. Nhóm nguyên nhân do hành vi cố ý tối ưu chi phí và gian lận thuế VAT
Khác với nhóm sai phạm do nhận thức, nhóm hành vi dưới đây mang tính chủ đích nhằm giảm số thuế phải nộp.
Mức độ vi phạm trong nhóm này thường nghiêm trọng hơn và có nguy cơ bị xử lý hình sự cao hơn. Hai dạng hành vi phổ biến nhất được phân tích cụ thể sau đây.
2.1. Sử dụng hóa đơn không hợp pháp để hợp thức hóa hàng hóa dịch vụ mua vào
Hành vi mua, bán, sử dụng hóa đơn không hợp pháp là một trong các hành vi bị nghiêm cấm trong lĩnh vực thuế GTGT theo quy định của Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15. Doanh nghiệp sử dụng hóa đơn khống, hóa đơn không có giao dịch thực tế nhằm hợp thức hóa chi phí đầu vào để tăng số thuế được khấu trừ.
Theo Điều 200 Bộ luật Hình sự 2015, hành vi sử dụng hóa đơn, chứng từ không hợp pháp để khấu trừ, hoàn thuế GTGT khi số tiền trốn thuế đạt ngưỡng quy định có thể bị xử lý hình sự với mức phạt tù cao nhất lên đến 07 năm đối với cá nhân. Đây là nhóm hành vi bị cơ quan thuế và cơ quan điều tra tập trung rà soát nhiều nhất trong các cuộc thanh tra chuyên đề hóa đơn.
2.2. Khai khống số thuế được hoàn và lập hồ sơ hoàn thuế GTGT sai thực tế
Lập hồ sơ hoàn thuế GTGT không đúng thực tế phát sinh, khai khống số thuế được hoàn là hành vi vi phạm nghiêm trọng quy định tại Nghị định số 181/2025/NĐ-CP về điều kiện, thủ tục hoàn thuế. Doanh nghiệp thực hiện hành vi này thường tạo lập giao dịch mua bán không có thật hoặc nâng khống giá trị hàng hóa xuất khẩu.
Tùy tính chất và mức độ vi phạm, doanh nghiệp có thể bị thu hồi số thuế đã hoàn không đúng, tính tiền chậm nộp và xử phạt vi phạm hành chính theo Nghị định số 125/2020/NĐ-CP, được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định số 310/2025/NĐ-CP; trường hợp đủ yếu tố cấu thành tội phạm thì có thể bị xem xét trách nhiệm hình sự theo Bộ luật Hình sự.
3. Biện pháp kiểm soát và hạn chế rủi ro vi phạm thuế GTGT cho doanh nghiệp
Việc phòng ngừa vi phạm thuế GTGT đòi hỏi doanh nghiệp xây dựng cơ chế kiểm soát nội bộ đồng bộ, không chỉ dừng ở khâu kế toán.
Ba nhóm giải pháp dưới đây giúp doanh nghiệp giảm thiểu rủi ro bị truy thu, xử phạt hoặc chuyển hồ sơ sang cơ quan điều tra.
3.1. Thiết lập quy trình tự rà soát và đối chiếu định kỳ hóa đơn chứng từ
Doanh nghiệp cần xây dựng quy trình đối chiếu định kỳ giữa hóa đơn đầu vào, đầu ra với sổ sách kế toán và tờ khai thuế đã nộp. Việc rà soát nên thực hiện theo từng kỳ kê khai thay vì chỉ thực hiện khi có yêu cầu thanh tra từ cơ quan thuế.
Doanh nghiệp cũng cần đối chiếu dữ liệu hóa đơn điện tử với cơ quan thuế để phát hiện sớm chênh lệch, tránh tình trạng tích lũy sai sót qua nhiều kỳ tính thuế dẫn đến số tiền truy thu lớn.
3.2. Nâng cao năng lực chuyên môn và trách nhiệm của bộ phận kế toán thuế
Bộ phận kế toán thuế cần được đào tạo cập nhật thường xuyên theo các văn bản pháp luật mới ban hành, bao gồm Luật Thuế giá trị gia tăng, Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 67/2025/QH15 và Luật Quản lý thuế hiện hành. Quy trình phân công trách nhiệm rõ ràng giữa các khâu lập hóa đơn, kê khai và nộp thuế cũng giúp hạn chế sai sót do chồng chéo công việc.
Đồng thời, doanh nghiệp nên thiết lập cơ chế báo cáo nội bộ để phát hiện sớm các dấu hiệu bất thường trong hồ sơ khai thuế trước khi nộp cho cơ quan thuế.
3.3. Chủ động tham vấn chuyên gia pháp lý khi phát sinh vướng mắc về chính sách thuế
Trong bối cảnh chính sách thuế GTGT, thuế thu nhập doanh nghiệp liên tục được sửa đổi qua nhiều nghị định và thông tư hướng dẫn, doanh nghiệp nên chủ động tham vấn luật sư hoặc chuyên gia thuế trước khi thực hiện các giao dịch có giá trị lớn hoặc có yếu tố phức tạp về chính sách ưu đãi. Việc tham vấn sớm giúp doanh nghiệp tránh áp dụng sai quy định dẫn đến rủi ro bị xử phạt hành chính hoặc bị xem xét trách nhiệm hình sự.
4. Dịch vụ luật sư tư vấn và quản trị rủi ro thuế tại LCP Law Firm
Luật LCP cung cấp dịch vụ pháp lý dành cho các doanh nghiệp trong lĩnh vực thuế:
- Rà soát hồ sơ khai thuế, hóa đơn, chứng từ kế toán để xác định mức độ tuân thủ, mức độ rủi ro của doanh nghiệp.
- Tư vấn phân biệt hành vi bị xử phạt hành chính và hành vi có nguy cơ bị truy cứu trách nhiệm hình sự theo Bộ luật Hình sự.
- Hỗ trợ lập hồ sơ khai bổ sung, khắc phục sai sót và xác định số thuế còn thiếu, tiền chậm nộp hoặc nghĩa vụ tài chính phát sinh theo quy định.
- Soạn thảo văn bản giải trình, đề xuất áp dụng tình tiết giảm nhẹ khi làm việc với cơ quan thuế hoặc cơ quan điều tra.
- Đại diện hoặc đồng hành cùng doanh nghiệp trong quá trình thanh tra, kiểm tra thuế và tố tụng hình sự nếu vụ việc bị khởi tố.
- Tư vấn lập đơn khiếu nại quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế hoặc hồ sơ khởi kiện vụ án hành chính khi cần thiết.
Kết luận
Nguyên nhân dẫn đến vi phạm thuế VAT của doanh nghiệp đến từ cả sai sót trong nhận thức pháp luật lẫn hành vi cố ý gian lận, và hậu quả pháp lý có thể vượt xa phạm vi xử phạt hành chính thông thường. Quý khách hàng nên chủ động rà soát hồ sơ thuế và tham vấn luật sư trước khi rủi ro trở thành vi phạm nghiêm trọng.
Luật LCP sẵn sàng hỗ trợ Quý khách hàng đánh giá rủi ro và xử lý các vướng mắc về thuế GTGT. Liên hệ Hotline: 0962275827 để được tư vấn trực tiếp.
