Vi phạm thuế VAT khi quyết toán là nhóm sai phạm phổ biến khiến doanh nghiệp bị truy thu, phạt tiền và mất uy tín với cơ quan thuế. Luật LCP phân tích từng dạng sai phạm cụ thể, căn cứ pháp lý áp dụng và giải pháp phòng ngừa rủi ro cho doanh nghiệp dưới đây.
1. Các sai phạm phổ biến về khấu trừ và kê khai thuế giá trị gia tăng
1.1. Khấu trừ thuế GTGT đầu vào khi chưa đủ điều kiện theo quy định pháp luật
Doanh nghiệp thường gặp một số lỗi như sau:
- Khấu trừ thuế đầu vào nhưng hóa đơn/chứng từ không hợp pháp;
- Hàng hóa, dịch vụ mua vào không phục vụ hoạt động sản xuất, kinh doanh chịu thuế GTGT;
- Hóa đơn mua vào từ 05 triệu đồng trở lên, đã bao gồm thuế GTGT, nhưng không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt theo quy định.
Theo khoản 2 Điều 14 Luật Thuế GTGT 2024, doanh nghiệp chỉ được khấu trừ thuế GTGT đầu vào khi có hóa đơn hợp lệ và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào từ 5 triệu đồng trở lên.
Căn cứ Điều 25, Điều 26 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, trường hợp mua nhiều lần trong ngày với tổng giá trị đạt ngưỡng quy định cũng phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt mới đủ điều kiện khấu trừ; doanh nghiệp vi phạm quy định này khi khấu trừ mà thiếu một trong hai điều kiện trên.
1.2. Kê khai sai thời điểm xuất hóa đơn dẫn đến chênh lệch doanh thu tính thuế
Theo Điều 8 Luật Thuế GTGT 2024, doanh nghiệp phải xác định đúng thời điểm phát sinh nghĩa vụ thuế GTGT. Đồng thời, thời điểm lập hóa đơn điện tử được thực hiện theo Điều 9 Nghị định số 254/2026/NĐ-CP. Đối với bán hàng hóa, thời điểm lập hóa đơn là thời điểm chuyển giao quyền sở hữu hoặc quyền sử dụng hàng hóa cho người mua, không phân biệt đã thu tiền hay chưa; đối với cung cấp dịch vụ, nguyên tắc là thời điểm hoàn thành việc cung cấp dịch vụ, trừ các trường hợp pháp luật có quy định riêng.
Do đó, lỗi thường gặp khi quyết toán là: Hàng đã giao hoặc dịch vụ đã hoàn thành trong kỳ nhưng doanh nghiệp đến kỳ sau mới lập hóa đơn và kê khai → doanh thu và thuế GTGT đầu ra bị chuyển sang kỳ sau.
Lưu ý: Không phải mọi hóa đơn lập chậm đều mặc nhiên dẫn đến truy thu thuế GTGT. Nếu doanh nghiệp vẫn kê khai doanh thu, số thuế đúng kỳ thì có thể phát sinh vi phạm về hóa đơn nhưng chưa chắc phát sinh thiếu thuế.
1.3. Áp dụng sai thuế suất thuế giá trị gia tăng cho các nhóm hàng hóa dịch vụ
Theo Điều 9 Luật Thuế GTGT 2024, các mức thuế suất cơ bản cần phân biệt là 0%, 5% và 10%. Trong đó, mức 10% là mức áp dụng đối với hàng hóa, dịch vụ không thuộc nhóm 0% hoặc 5%.
Đặc biệt đối với quyết toán năm 2025 – 2026: cần kiểm tra chính sách giảm 2% thuế GTGT. Nghị quyết 204/2025/QH15 áp dụng giảm từ 10% xuống 8% đối với nhóm đủ điều kiện, từ 01/7/2025 đến hết 31/12/2026, nhưng có các nhóm bị loại trừ.
Vì vậy, doanh nghiệp có thể mắc các lỗi như sau:
- Áp 10% thay vì 5%;
- Áp 5% cho hàng hóa, dịch vụ không thuộc diện 5%;
- Áp 0% cho giao dịch không đáp ứng điều kiện;
- Áp 8% nhưng hàng hóa, dịch vụ thuộc nhóm bị loại trừ khỏi chính sách giảm thuế;
- Không rà soát lại thuế suất khi chính sách thay đổi theo từng thời kỳ.
1.4. Không phân bổ thuế GTGT dùng chung cho hoạt động chịu thuế và không chịu thuế
Căn cứ khoản 1 Điều 14 Luật Thuế GTGT 2024, trường hợp hàng hóa, dịch vụ đầu vào sử dụng đồng thời cho hoạt động chịu thuế và không chịu thuế, doanh nghiệp chỉ được khấu trừ phần thuế GTGT đầu vào phục vụ hoạt động chịu thuế.
Doanh nghiệp phải hạch toán riêng phần được khấu trừ và không được khấu trừ; nếu không hạch toán riêng được thì phần được khấu trừ được xác định theo tỷ lệ doanh thu của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế trên tổng doanh thu hàng hóa, dịch vụ bán ra.
2. Các dạng vi phạm thuế VAT phát sinh từ bất hợp lý giữa Báo cáo tài chính và Tờ khai thuế
2.1. Sai lệch giữa doanh thu giá trị gia tăng và doanh thu tính thuế thu nhập doanh nghiệp
Số liệu doanh thu và thuế GTGT phát sinh được xác định trên cơ sở giá tính thuế, thời điểm xác định thuế và thuế suất theo Điều 7, Điều 8, Điều 9 Luật Thuế GTGT 2024 và danh mục thuế suất tại Nghị định 181/2025/NĐ-CP đôi khi lệch với doanh thu tính thuế thu nhập doanh nghiệp trong cùng kỳ do áp dụng sai thuế suất hoặc ghi nhận doanh thu không đồng bộ giữa hai sắc thuế.
Cơ quan thuế đối chiếu tự động hai bộ số liệu này khi rà soát hồ sơ quyết toán, nên chênh lệch bất thường thường là dấu hiệu bị kiểm tra trước tiên.
2.2. Kê khai thiếu doanh thu hàng biếu tặng, tiêu dùng nội bộ và khuyến mại sai quy định
Theo điểm c khoản 1 Điều 7 Luật Thuế GTGT 2024, hàng hóa, dịch vụ dùng để trao đổi, tiêu dùng nội bộ, biếu, tặng, cho: giá tính thuế là giá của hàng hóa, dịch vụ cùng loại hoặc tương đương tại thời điểm phát sinh.
Tuy nhiên, không phải mọi hoạt động xuất kho nội bộ đều phải tính VAT. Nghị định 181 loại trừ một số trường hợp như hàng hóa luân chuyển nội bộ để tiếp tục quá trình sản xuất, hàng hóa phục vụ hoạt động sản xuất kinh doanh và một số trường hợp điều chuyển tài sản.
Đối với khuyến mại theo đúng pháp luật thương mại, giá tính thuế được xác định bằng 0; riêng trường hợp khuyến mại bằng hình thức giảm giá thì giá tính thuế là giá bán đã giảm theo quy định. Nếu doanh nghiệp gọi là “khuyến mại” nhưng không thực hiện đúng quy định thương mại thì có thể phải xử lý như hàng hóa biếu, tặng, cho.
Lỗi thường gặp là doanh nghiệp:
- Xuất hàng biếu tặng nhưng không kê khai VAT đầu ra;
- Tặng hàng cho khách nhưng không lập hóa đơn;
- Gọi là “khuyến mại” nhưng chương trình không đáp ứng quy định pháp luật thương mại;
- Nhầm hàng luân chuyển nội bộ với hàng tiêu dùng nội bộ.
2.3. Chênh lệch số dư tài khoản thuế GTGT trên sổ sách so với số liệu nộp cơ quan thuế
Chênh lệch giữa số liệu thuế GTGT trên sổ kế toán, hồ sơ khai thuế và dữ liệu của cơ quan thuế có thể phát sinh từ việc hạch toán, kê khai bổ sung, điều chỉnh hóa đơn hoặc xác định không đúng số thuế được khấu trừ.
Doanh nghiệp cần đối chiếu hàng tháng, hàng quý để phát hiện chênh lệch trước khi phát sinh tại kỳ quyết toán năm.
3. Các hành vi thuế vi phạm nghiêm trọng bị truy thu và phạt nặng khi thanh tra
3.1. Sử dụng hóa đơn không hợp pháp của các doanh nghiệp bỏ trốn để khấu trừ thuế
Theo Điều 14 Luật Thuế GTGT, hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho sản xuất, kinh doanh và tiêu dùng tại Việt Nam thuộc đối tượng chịu thuế và được khấu trừ khi đáp ứng đủ điều kiện hợp pháp về hóa đơn, chứng từ.
Doanh nghiệp khấu trừ dựa trên hóa đơn của tổ chức không còn hoạt động tại địa chỉ đăng ký kinh doanh, đã bị cơ quan thuế thông báo bỏ trốn, không đáp ứng điều kiện này dù hình thức chứng từ đầy đủ có thể xem là hành vi sử dụng hóa đơn không hợp pháp và bị xử phạt theo Điều 28 Nghị định 125/2020/NĐ-CP.
3.2. Lập hồ sơ hoàn thuế GTGT sai thực tế nhằm chiếm đoạt tiền thuế của Nhà nước
Căn cứ quy định về giá tính thuế tại Điều 7 và thời điểm xác định thuế tại Điều 8 Luật Thuế GTGT, cơ quan thuế đối chiếu hồ sơ hoàn thuế với thực tế phát sinh giao dịch để xác minh tính trung thực.
Doanh nghiệp lập hồ sơ hoàn thuế không phản ánh đúng giao dịch thực tế, thường kết hợp hóa đơn khống hoặc giao dịch không có thật, là hành vi bị xử lý nghiêm khắc nhất trong nhóm vi phạm thuế GTGT và có thể bị chuyển hồ sơ sang cơ quan điều tra theo thẩm quyền quy định tại Luật Quản lý thuế 2025.
3.3. Cố ý che giấu doanh thu thanh toán qua tài khoản cá nhân không kê khai nộp thuế
Theo Điều 17 Nghị định 125/2020/NĐ-CP, được sửa đổi bởi Nghị định 310/2025/NĐ-CP, hành vi trốn thuế bị xử phạt theo khung tiền phạt tính trên số tiền thuế trốn, có thể áp dụng tình tiết tăng nặng khi số tiền vi phạm đạt ngưỡng quy mô lớn.
Doanh nghiệp thực hiện giao dịch qua tài khoản cá nhân của người đại diện, không phản ánh vào sổ sách kế toán và không kê khai thuế, đối diện rủi ro bị truy thu toàn bộ số thuế cùng tiền chậm nộp và tiền phạt tương ứng.
>>> Xem thêm: Chuyển đổi loại hình có xóa vi phạm thuế
4. Dịch vụ luật sư tư vấn và rà soát rủi ro thuế VAT tại LCP Law Firm
Luật LCP hỗ trợ doanh nghiệp rà soát hồ sơ thuế GTGT trước và sau quyết toán. Đội ngũ luật sư thực hiện các công việc sau:
- Rà soát điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào.
- Kiểm tra tính hợp lệ của hóa đơn, chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt và thời điểm lập hóa đơn.
- Đối chiếu số liệu doanh thu giữa báo cáo tài chính, tờ khai thuế GTGT và tờ khai thuế thu nhập doanh nghiệp.
- Xây dựng hồ sơ giải trình, làm việc trực tiếp với cơ quan thuế khi bị thanh tra, kiểm tra thuế GTGT.
- Đại diện doanh nghiệp khiếu nại quyết định truy thu, xử phạt vi phạm hành chính về thuế.
Kết luận
Vi phạm thuế VAT khi quyết toán để lại hậu quả tài chính và pháp lý kéo dài nếu doanh nghiệp không chủ động rà soát định kỳ. Quý khách hàng có nhu cầu kiểm tra rủi ro thuế GTGT hoặc cần luật sư đồng hành trong đợt thanh tra, quyết toán thuế sắp tới, xin liên hệ Luật LCP qua Hotline: 0962275827 để được tư vấn trực tiếp.
