Cách phòng ngừa vi phạm thuế VAT của doanh nghiệp ngành sản xuất bắt đầu từ việc nhận diện rủi ro tại từng khâu của chu trình sản xuất, kinh doanh.
Hoạt động sản xuất phát sinh nhiều nghiệp vụ liên quan đến định mức nguyên vật liệu, phế liệu thu hồi, kê khai doanh thu và hóa đơn đầu vào, đầu ra. Nội dung dưới đây phân tích các điểm rủi ro cùng giải pháp kiểm soát cụ thể cho doanh nghiệp sản xuất.
I. Điểm rủi ro dễ dẫn đến vi phạm thuế GTGT trong hoạt động sản xuất
Doanh nghiệp sản xuất vận hành đồng thời nhiều quy trình kỹ thuật và quy trình kế toán thuế. Ba nhóm rủi ro sau đây xuất hiện phổ biến nhất tại các cơ sở sản xuất.
1. Lệch định mức tiêu hao nguyên vật liệu so với thực tế hành vi sản xuất
Định mức tiêu hao nguyên vật liệu do doanh nghiệp tự xây dựng và lưu trữ để đối chiếu khi cơ quan thuế thanh tra, kiểm tra.
Theo khoản 1 Điều 14 Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15, cơ sở kinh doanh được khấu trừ thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT.
Khi số lượng nguyên vật liệu xuất dùng, hao hụt hoặc tồn kho có sự chênh lệch bất hợp lý so với hoạt động sản xuất thực tế mà doanh nghiệp không giải trình được nguyên nhân.
2. Khấu trừ thuế GTGT đối với hàng hóa tài sản phục vụ chế biến bị tổn thất
Nguyên vật liệu, hàng hóa bị tổn thất trong quá trình sản xuất cần được doanh nghiệp xác định nguyên nhân và lập hồ sơ xử lý phù hợp.
Theo khoản 3 Điều 14 Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15, việc khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với một số trường hợp đặc thù, bao gồm hàng hóa bị tổn thất, được thực hiện theo quy định của Chính phủ.
Doanh nghiệp cần đối chiếu các quy định hướng dẫn tại Điều 23 Nghị định số 181/2025/NĐ-CP, đã được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định số 359/2025/NĐ-CP và Nghị định số 144/2026/NĐ-CP, để xác định số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ đối với hàng hóa bị tổn thất.
Việc không xác định nguyên nhân tổn thất hoặc không lưu trữ đầy đủ hồ sơ có thể dẫn đến rủi ro số thuế GTGT đầu vào không đáp ứng điều kiện khấu trừ.
3. Sai sót trong quá trình kê khai doanh thu thuế GTGT đối với phế liệu thu hồi
Phế liệu, phế phẩm thu hồi trong quá trình sản xuất khi bán ra là hoạt động bán hàng hóa và doanh nghiệp phải thực hiện nghĩa vụ lập hóa đơn theo quy định.
Theo khoản 1 Điều 8 Nghị định số 254/2026/NĐ-CP, khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ, người bán phải lập hóa đơn điện tử giao cho người mua theo quy định.
Đồng thời, theo khoản 1 Điều 9 Nghị định số 254/2026/NĐ-CP, thời điểm lập hóa đơn đối với bán hàng hóa là thời điểm chuyển giao quyền sở hữu hoặc quyền sử dụng hàng hóa cho người mua, không phân biệt đã thu được tiền hay chưa.
Do đó, doanh nghiệp cần theo dõi riêng số lượng phế liệu, phế phẩm thu hồi, lập hóa đơn điện tử và kê khai đầy đủ doanh thu phát sinh. Việc không lập hóa đơn hoặc bỏ sót doanh thu có thể dẫn đến hành vi khai thiếu nghĩa vụ thuế và bị xử lý theo quy định pháp luật.
II. Biện pháp phòng ngừa sai phạm thuế GTGT ở khâu mua nguyên liệu đầu vào
Khâu mua nguyên liệu đầu vào quyết định phần lớn số thuế GTGT được khấu trừ của doanh nghiệp sản xuất.
Kiểm soát chặt chẽ nguồn gốc hóa đơn và chứng từ thanh toán tại khâu này hạn chế đáng kể rủi ro bị loại thuế đầu vào. Ba biện pháp sau đây cần được thiết lập thành quy trình nội bộ bắt buộc.
1. Quy trình thẩm định năng lực pháp lý và hóa đơn của nhà cung cấp vật tư
Trước khi ký hợp đồng mua nguyên liệu, doanh nghiệp cần kiểm tra thông tin về tình trạng hoạt động, mã số thuế và hóa đơn của nhà cung cấp.
Theo Điều 6 Nghị định số 254/2026/NĐ-CP, các đối tượng thuộc diện sử dụng hóa đơn điện tử phải thực hiện việc lập và sử dụng hóa đơn theo quy định. Hóa đơn điện tử phải bảo đảm các nội dung theo Điều 10 Nghị định số 254/2026/NĐ-CP.
Doanh nghiệp nên thực hiện kiểm tra định kỳ đối với nhà cung cấp, đặc biệt khi đối tác có dấu hiệu không hoạt động tại địa chỉ đăng ký hoặc phát sinh cảnh báo rủi ro về thuế.
Đồng thời, cần lưu trữ hợp đồng, đơn đặt hàng, phiếu nhập kho, biên bản giao nhận, chứng từ vận chuyển và chứng từ thanh toán để chứng minh giao dịch thực tế.
2. Kiểm soát chứng từ thanh toán ngân hàng và hợp đồng mua hàng hóa sản xuất
Theo điểm b khoản 2 Điều 14 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024, cơ sở kinh doanh phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào thuộc trường hợp theo quy định của Chính phủ để được khấu trừ thuế GTGT đầu vào.
Doanh nghiệp cần đối chiếu hợp đồng, hóa đơn, chứng từ giao nhận và chứng từ thanh toán đối với từng giao dịch, bảo đảm phương thức thanh toán đáp ứng điều kiện khấu trừ thuế GTGT theo quy định hiện hành.
3. Phương pháp loại bỏ rủi ro hóa đơn bất hợp pháp xâm phạm nghĩa vụ thuế
Doanh nghiệp không nên chỉ căn cứ vào hóa đơn để thực hiện hạch toán và khấu trừ thuế GTGT đầu vào mà cần kiểm tra tính thực tế của giao dịch.
Theo khoản 1 Điều 8 Nghị định số 254/2026/NĐ-CP, người bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ có trách nhiệm lập hóa đơn điện tử theo quy định. Nội dung của hóa đơn điện tử phải đáp ứng yêu cầu tại Điều 10 Nghị định số 254/2026/NĐ-CP.
Doanh nghiệp nên đối chiếu thông tin hóa đơn trên hệ thống của cơ quan thuế trước khi hạch toán, đồng thời lưu trữ hồ sơ chứng minh giao dịch thực tế gồm hợp đồng, phiếu nhập kho, biên bản giao nhận, chứng từ vận chuyển và chứng từ thanh toán.
Trường hợp sử dụng hóa đơn không hợp pháp hoặc sử dụng không hợp pháp hóa đơn, chứng từ, hành vi vi phạm có thể bị xử phạt.
III. Giải pháp kiểm soát thuế GTGT trong quá trình lưu thông và bán sản phẩm
Sau khi hoàn thành sản xuất, sản phẩm bước vào giai đoạn lưu thông và tiêu thụ, nơi phát sinh nghĩa vụ lập hóa đơn và kê khai doanh thu thuế GTGT đầu ra. Ba giải pháp kiểm soát dưới đây giúp doanh nghiệp hạn chế sai sót khi xuất bán sản phẩm.
1. Chuẩn hóa thời điểm lập hóa đơn điện tử khi xuất kho giao hàng sản phẩm
Theo khoản 1 Điều 9 Nghị định số 254/2026/NĐ-CP, thời điểm lập hóa đơn đối với bán hàng hóa là thời điểm chuyển giao quyền sở hữu hoặc quyền sử dụng hàng hóa cho người mua, không phân biệt đã thu được tiền hay chưa.
Doanh nghiệp sản xuất cần đồng bộ hệ thống quản lý kho, bán hàng và hóa đơn điện tử để xác định và lập hóa đơn đúng thời điểm chuyển giao quyền sở hữu hoặc quyền sử dụng hàng hóa cho người mua, hạn chế tình trạng lập hóa đơn chậm hoặc gộp nhiều lần giao hàng không đúng quy định.
2. Kê khai doanh thu chính xác đối với hàng hóa bán trả góp hoặc trao đổi nội bộ
Đối với hàng hóa bán trả chậm, trả góp, giá tính thuế GTGT được xác định theo quy định tại Điều 7 Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15 và các văn bản hướng dẫn thi hành.
Đối với hàng hóa dùng để cho, biếu, tặng, trao đổi, trả thay lương cho người lao động hoặc tiêu dùng nội bộ, người bán có trách nhiệm lập hóa đơn theo khoản 1 Điều 8 Nghị định số 254/2026/NĐ-CP, trừ các trường hợp pháp luật có quy định khác.
3. Kiểm soát hồ sơ chứng từ thuế GTGT áp dụng thuế suất 0% cho sản phẩm xuất khẩu
Theo khoản 1 Điều 9 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024, hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu thuộc trường hợp áp dụng thuế suất thuế GTGT 0% nếu đáp ứng các điều kiện theo quy định.
Các điều kiện và hồ sơ áp dụng thuế suất 0% được hướng dẫn tại Nghị định số 181/2025/NĐ-CP, đã được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định số 359/2025/NĐ-CP và Nghị định số 144/2026/NĐ-CP.
Doanh nghiệp cần chuẩn bị và lưu trữ đầy đủ hồ sơ của từng lô hàng xuất khẩu, bao gồm hợp đồng xuất khẩu, chứng từ thanh toán và hồ sơ hải quan theo quy định, trước khi áp dụng thuế suất 0% và thực hiện thủ tục hoàn thuế nếu đáp ứng điều kiện.
>>> Xem thêm: Cách phát hiện vi phạm thuế VAT của doanh nghiệp sớm nhất
IV. Dịch vụ luật sư tư vấn phòng ngừa rủi ro thuế tại Công ty Luật LCP
Công ty Luật LCP cung cấp dịch vụ tư vấn pháp lý thuế cho doanh nghiệp sản xuất, kinh doanh với các công việc cụ thể sau:
- Rà soát quy trình kê khai doanh thu, hóa đơn đầu vào, đầu ra.
- Đánh giá rủi ro hóa đơn không hợp pháp, hóa đơn của nhà cung cấp bỏ địa chỉ kinh doanh trước khi ký kết hợp đồng mua nguyên vật liệu.
- Xây dựng quy trình kiểm soát nội bộ về định mức tiêu hao nguyên vật liệu, xử lý phế liệu thu hồi và hàng hóa tổn thất trong sản xuất.
- Tư vấn xử lý hồ sơ khi cơ quan thuế thanh tra, kiểm tra, đại diện làm việc và giải trình.
- Tư vấn xử lý vi phạm hành chính về thuế, hóa đơn
- Đánh giá dấu hiệu hình sự liên quan đến hành vi trốn thuế.
Kết luận
Quý khách hàng có nhu cầu rà soát rủi ro thuế GTGT trong hoạt động sản xuất, kinh doanh có thể liên hệ Công ty Luật LCP để được luật sư đánh giá hồ sơ cụ thể.
Đội ngũ luật sư tư vấn trực tiếp quy trình kê khai doanh thu, hóa đơn đầu vào, đầu ra và làm việc với cơ quan thuế khi phát sinh thanh tra, kiểm tra. Quý khách liên hệ hotline 0962275827 để được tiếp nhận và tư vấn.
