Cách quản lý chứng từ tránh vi phạm về thuế Giá trị gia tăng (VAT) của doanh nghiệp bắt đầu từ việc kiểm soát chặt chẽ hóa đơn đầu vào, đầu ra và các chứng từ thanh toán liên quan đến từng giao dịch. Nội dung dưới đây trình bày cụ thể các quy định pháp lý liên quan.
I. Các dạng rủi ro về hóa đơn chứng từ làm phát sinh vi phạm thuế VAT
Rủi ro về hóa đơn chứng từ của doanh nghiệp phát sinh từ nhiều nguồn khác nhau, từ đối tác cung cấp hóa đơn đến sai sót nội bộ trong khâu kê khai.
Nhận diện đúng dạng rủi ro là bước đầu tiên để doanh nghiệp xây dựng biện pháp phòng ngừa phù hợp.
Ba nhóm rủi ro phổ biến nhất gồm hóa đơn từ doanh nghiệp bỏ trốn, sai lệch chứng từ dẫn đến chậm nộp hoặc nộp thiếu thuế, và tính hợp lệ của hóa đơn theo quy định mới nhất.
1. Rủi ro từ hóa đơn đầu vào của doanh nghiệp bỏ trốn hoặc ngưng hoạt động.
Khoản 9 Điều 3 Nghị định số 123/2020/NĐ-CP quy định hóa đơn mua hàng hóa, dịch vụ có ngày lập từ ngày cơ quan thuế xác định bên bán không hoạt động tại địa chỉ kinh doanh đã đăng ký là hóa đơn không hợp pháp.
Điều 4 Nghị định 123/2020/NĐ-CP quy định cụ thể các hành vi sử dụng hóa đơn, chứng từ không hợp pháp và sử dụng không hợp pháp hóa đơn, chứng từ.
Doanh nghiệp tiếp nhận hóa đơn từ đối tác đã bỏ trốn, không hoạt động tại địa chỉ đăng ký có nguy cơ bị coi là sử dụng hóa đơn không hợp pháp, dù việc mua bán hàng hóa, dịch vụ có xảy ra trên thực tế.
2. Rủi ro khi nộp chậm tờ khai thuế, nộp thiếu số tiền thuế phải nộp do sai lệch chứng từ.
Điều 13 Nghị định số 125/2020/NĐ-CP quy định mức phạt đối với hành vi nộp chậm tờ khai thuế VAT. Điều 16 Nghị định 125/2020/NĐ-CP quy định phạt 20% số tiền thuế khai thiếu đối với hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp.
3. Rủi ro về tính hợp lệ và thời điểm lập hóa đơn VAT theo quy định mới nhất.
Nghị định số 70/2025/NĐ-CP sửa đổi, bổ sung Nghị định 123/2020/NĐ-CP và Thông tư số 91/2026/TT-BTC quy định chi tiết về thời điểm lập hóa đơn, nội dung bắt buộc trên hóa đơn điện tử.
Doanh nghiệp lập hóa đơn không đúng thời điểm hoặc thiếu nội dung bắt buộc đều đối mặt với rủi ro hóa đơn bị coi là không hợp lệ khi cơ quan thuế kiểm tra, đối chiếu.
II. Quy trình phòng ngừa và kiểm soát chứng từ thuế VAT chặt chẽ tại doanh nghiệp
Doanh nghiệp xây dựng quy trình kiểm soát chứng từ chủ động ngay từ khâu tiếp nhận hóa đơn giúp giảm thiểu đáng kể rủi ro bị truy thu, xử phạt sau này.
Quy trình này cần thực hiện đồng bộ ở nhiều khâu, từ xác minh đối tác đến lưu trữ hồ sơ lâu dài. Bốn bước cơ bản gồm kiểm tra thông tin doanh nghiệp, tra cứu danh sách rủi ro, đối chiếu chứng từ thanh toán, và lưu trữ chứng từ điện tử.
1. Kiểm tra thông tin doanh nghiệp trên hóa đơn và xác minh mã số thuế bên bán.
Trước khi hạch toán hóa đơn đầu vào, doanh nghiệp cần đối chiếu tên, địa chỉ, mã số thuế của bên bán trên hóa đơn với thông tin đăng ký kinh doanh và tình trạng hoạt động thực tế, thông qua hệ thống hóa đơn điện tử của Tổng cục Thuế tại địa chỉ hoadondientu.gdt.gov.vn.
Việc kiểm tra này giúp phát hiện sớm hóa đơn có nguồn gốc từ doanh nghiệp không hoạt động tại địa chỉ đăng ký, thuộc trường hợp hóa đơn không hợp pháp theo khoản 9 Điều 3 Nghị định 123/2020/NĐ-CP.
2. Tra cứu danh sách doanh nghiệp thuộc diện rủi ro cao về thuế trên cổng thông tin điện tử.
Thông tư số 31/2021/TT-BTC (Bộ Tài chính ban hành ngày 17/5/2021, hiện đang có hiệu lực) quy định về áp dụng quản lý rủi ro trong quản lý thuế, trong đó Điều 10, Điều 11 quy định tiêu chí đánh giá tuân thủ pháp luật thuế và phân loại mức độ rủi ro của người nộp thuế.
Doanh nghiệp có thể tra cứu danh sách doanh nghiệp thuộc diện rủi ro cao về thuế tại Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế theo địa chỉ gdt.gov.vn/wps/portal/home/dnrrvt.
Tra cứu danh sách doanh nghiệp rủi ro, vi phạm tại địa chỉ tracuuhoadon.gdt.gov.vn/dnrrvp.htmltrước khi quyết định giao dịch với đối tác mới hoặc nhận hóa đơn từ đối tác đó.
3. Đối chiếu bộ chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt và hợp đồng kinh tế kèm theo.
Điểm b khoản 2 Điều 14 Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15 quy định điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào, trừ một số trường hợp đặc thù theo quy định của Chính phủ.
Khoản 3 Điều 26 Nghị định số 181/2025/NĐ-CP quy định cụ thể ngưỡng giá trị 5.000.000 đồng trở lên bắt buộc phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, kể cả trường hợp mua nhiều lần trong ngày của cùng một người bán có tổng giá trị từ 5.000.000 đồng trở lên.
Doanh nghiệp cần đối chiếu đầy đủ hóa đơn, hợp đồng kinh tế và chứng từ thanh toán qua ngân hàng cho từng giao dịch để bảo đảm đủ điều kiện khấu trừ thuế GTGT.
4. Thiết lập quy trình lưu trữ và sao lưu chứng từ điện tử phục vụ giải trình cơ quan thuế.
Doanh nghiệp cần thiết lập hệ thống lưu trữ hóa đơn điện tử, chứng từ thanh toán, hợp đồng kinh tế theo trình tự thời gian và theo từng đối tác, bảo đảm khả năng truy xuất nhanh chóng khi cơ quan thuế yêu cầu giải trình.
Việc sao lưu định kỳ trên nhiều nền tảng lưu trữ giúp doanh nghiệp tránh mất dữ liệu chứng từ trong trường hợp sự cố kỹ thuật, đồng thời đáp ứng yêu cầu về thời hạn lưu trữ chứng từ kế toán theo quy định của pháp luật kế toán.
III. Biện pháp xử lý sự cố chứng từ thuế VAT khi phát hiện sai sót hoặc cảnh báo
Khi doanh nghiệp phát hiện sai sót trong chứng từ hoặc nhận được cảnh báo từ cơ quan thuế về hóa đơn đầu vào có rủi ro. Hai biện pháp xử lý chính gồm khai bổ sung điều chỉnh nghĩa vụ thuế và lập hồ sơ giải trình giao dịch thực tế.
1. Khai bổ sung và điều chỉnh nghĩa vụ thuế VAT kịp thời khi phát hiện chứng từ không hợp lệ
Doanh nghiệp tự phát hiện hóa đơn đầu vào không hợp lệ hoặc sai sót trong kê khai cần chủ động khai bổ sung hồ sơ khai thuế, điều chỉnh giảm số thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ đối với hóa đơn không đủ điều kiện, trước khi cơ quan thuế công bố quyết định thanh tra, kiểm tra.
Thực hiện đúng thời điểm này giúp doanh nghiệp tránh mức phạt 20% theo Điều 16 hoặc mức phạt từ 01 đến 03 lần số tiền thuế trốn theo Điều 17 Nghị định 125/2020/NĐ-CP.
Chỉ phải nộp đủ số tiền thuế điều chỉnh cùng tiền chậm nộp theo mức 0,03%/ngày quy định tại khoản 2 Điều 16 Luật Quản lý thuế 2025.
2. Lập hồ sơ giải trình thực tế giao dịch hàng hóa dịch vụ với cơ quan thuế trực tiếp quản lý
Trường hợp cơ quan thuế phát hiện hóa đơn đầu vào có nguồn gốc từ doanh nghiệp thuộc diện rủi ro cao hoặc đã bỏ trốn, doanh nghiệp cần chuẩn bị hồ sơ chứng minh giao dịch thực tế như hợp đồng, chứng từ thanh toán, phiếu giao nhận và biên bản nghiệm thu.
Nếu chứng minh được giao dịch có thật, lỗi thuộc về bên bán và đã hạch toán đầy đủ, doanh nghiệp có thể bị xử phạt 20% theo Điều 16 thay vì mức phạt từ 20–50 triệu đồng theo Điều 28 Nghị định 125/2020/NĐ-CP.
Đối với hành vi thuộc Điều 16, Điều 17 và Điều 18, người nộp thuế có quyền giải trình theo khoản 1 Điều 37 Nghị định 125/2020/NĐ-CP đã được sửa đổi, bổ sung.
>>> Xem thêm: Trường hợp nào thì xử lý kỷ luật sa thải đối với người lao động
IV. Dịch vụ tư vấn và hỗ trợ pháp lý quản lý chứng từ thuế của LCP Law Firm
Luật LCP cung cấp dịch vụ tư vấn và hỗ trợ pháp lý cho Quý khách hàng liên quan đến quản lý chứng từ tránh vi phạm thuế VAT, bao gồm các công việc sau:
- Tư vấn xây dựng quy trình kiểm soát chứng từ, hóa đơn nội bộ phù hợp với quy mô và đặc thù kinh doanh của doanh nghiệp.
- Rà soát, xác minh thông tin đối tác và tình trạng hoạt động của doanh nghiệp cung cấp hóa đơn trước khi giao dịch.
- Đối chiếu điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào, chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.
- Tư vấn thực hiện khai bổ sung, điều chỉnh nghĩa vụ thuế kịp thời khi phát hiện chứng từ, hóa đơn không hợp lệ.
- Soạn thảo hồ sơ giải trình giao dịch thực tế khi doanh nghiệp bị cơ quan thuế cảnh báo về hóa đơn rủi ro cao.
- Đại diện làm việc với cơ quan thuế trong quá trình thanh tra, kiểm tra liên quan đến hóa đơn, chứng từ.
- Tư vấn phòng ngừa rủi ro hình sự đối với hành vi sử dụng hóa đơn không hợp pháp có dấu hiệu trốn thuế.
Kết luận
Cách quản lý chứng từ tránh vi phạm thuế VAT của doanh nghiệp đòi hỏi sự chủ động kiểm soát ngay từ khâu tiếp nhận hóa đơn đến khâu lưu trữ lâu dài.
Luật LCP với đội ngũ luật sư có kinh nghiệm trong lĩnh vực thuế sẵn sàng hỗ trợ Quý khách hàng xây dựng quy trình quản lý chứng từ chặt chẽ và xử lý kịp thời khi phát sinh rủi ro. Quý khách hàng có nhu cầu tư vấn, vui lòng liên hệ Hotline: 0962275827 để được hỗ trợ trực tiếp.
