Hướng dẫn rà soát rủi ro thuế cho doanh nghiệp tập trung vào ba nội dung cốt lõi: rà soát hồ sơ khai thuế nội bộ, kiểm tra tính hợp lệ của hóa đơn và tra cứu danh sách doanh nghiệp rủi ro từ dữ liệu cơ quan thuế.
Bài viết dưới đây trình bày phương pháp rà soát thuế doanh nghiệp theo từng bước, giúp Quý khách hàng chủ động kiểm soát rủi ro trước khi cơ quan thuế vào cuộc.
1. Phương pháp rà soát thuế doanh nghiệp và tự phát hiện các rủi ro phát sinh
Rà soát thuế doanh nghiệp là hoạt động định kỳ nhằm phát hiện sớm chênh lệch giữa số liệu kế toán và số liệu đã kê khai với cơ quan thuế.
Phương pháp rà soát cần bao quát toàn bộ chu trình từ ghi nhận doanh thu, chi phí đến lập hồ sơ khai thuế từng kỳ.
1.1. Thực hiện rà soát hồ sơ khai thuế và đối chiếu chứng từ kế toán định kỳ
Doanh nghiệp cần đối chiếu hồ sơ khai thuế với sổ kế toán, báo cáo tài chính, hóa đơn và chứng từ gốc, bảo đảm số liệu kê khai phản ánh đúng giao dịch thực tế.
Việc rà soát cần tập trung vào:
- Doanh thu trên sổ kế toán, hóa đơn và hồ sơ khai thuế;
- Chi phí và các khoản điều chỉnh khi xác định thu nhập chịu thuế;
- Thuế GTGT đầu vào, đầu ra và số thuế phải nộp;
- Hóa đơn, hợp đồng, chứng từ giao nhận và chứng từ thanh toán;
- Các khoản thuế đã nộp, còn phải nộp hoặc được khấu trừ.
Theo khoản 1 Điều 12 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, người nộp thuế phải khai chính xác, trung thực, đầy đủ nội dung hồ sơ khai thuế và tự xác định số thuế phải nộp. Trường hợp phát hiện hồ sơ đã nộp có sai, sót, người nộp thuế được khai bổ sung trong các trường hợp và thời hạn luật định.
1.2. Phân tích biến động doanh thu–chi phí để kiểm soát rủi ro về thuế
Phân tích biến động doanh thu–chi phí giữa các kỳ kê khai là công cụ giúp doanh nghiệp nhận diện rủi ro về thuế trước khi cơ quan thuế thực hiện phân tích tương tự trên hệ thống quản lý rủi ro của ngành thuế.
Doanh nghiệp cần so sánh tỷ lệ giá vốn trên doanh thu, tỷ suất lợi nhuận gộp giữa các kỳ và giữa doanh nghiệp với mức trung bình ngành.
Biến động bất thường về doanh thu–chi phí, đặc biệt trường hợp doanh thu tăng nhưng số thuế giá trị gia tăng phải nộp giảm, là dấu hiệu cơ quan thuế thường đưa vào diện phân tích rủi ro cao.
Doanh nghiệp cần lưu giữ đầy đủ tài liệu giải trình cho các biến động doanh thu–chi phí có nguyên nhân khách quan như thay đổi chính sách giá, biến động thị trường nguyên liệu hoặc thay đổi cơ cấu sản phẩm.
Việc chuẩn bị sẵn hồ sơ giải trình giúp doanh nghiệp rút ngắn thời gian làm việc khi cơ quan thuế yêu cầu cung cấp thông tin bổ sung, đồng thời giảm khả năng bị đưa vào danh sách doanh nghiệp rủi ro theo tiêu chí phân tích dữ liệu của cơ quan thuế.
2. Kiểm tra tính hợp lệ của hóa đơn theo quy định
Hóa đơn, chứng từ là một trong những căn cứ quan trọng để doanh nghiệp hạch toán giao dịch, kê khai thuế GTGT và xác định chi phí được trừ khi tính thuế TNDN.
Doanh nghiệp cần kiểm tra hóa đơn ngay khi phát sinh giao dịch, đồng thời đối chiếu với hợp đồng, hàng hóa, dịch vụ thực tế, chứng từ giao nhận và thanh toán.
Quy định về hóa đơn hiện hành được thực hiện theo Nghị định 254/2026/NĐ-CP.
2.1. Nhận diện các dấu hiệu vi phạm và rủi ro liên quan đến hóa đơn đầu vào
Hóa đơn đầu vào có thể tiềm ẩn rủi ro khi thông tin trên hóa đơn không phù hợp với thông tin của bên bán; bên bán có tình trạng hoạt động bất thường; nội dung, giá trị hàng hóa, dịch vụ không phù hợp với giao dịch thực tế; hoặc hóa đơn có dấu hiệu được sử dụng không hợp pháp.
Một số dấu hiệu cần lưu ý gồm: thời điểm lập hóa đơn không phù hợp với thời điểm phát sinh giao dịch; thông tin hàng hóa, dịch vụ, số lượng, đơn giá, giá trị không phù hợp thực tế; thiếu hồ sơ, chứng từ liên quan để chứng minh giao dịch.
Theo khoản 1 Điều 4 Nghị định 254/2026/NĐ-CP, người bán phải lập hóa đơn điện tử với đầy đủ nội dung theo quy định và hóa đơn phải phản ánh đầy đủ, chính xác nội dung nghiệp vụ kinh tế phát sinh.
Đối với trường hợp thuộc diện áp dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế, doanh nghiệp cần kiểm tra loại hóa đơn và thông tin mã của cơ quan thuế trên hóa đơn.
Do đó, khi nhận hóa đơn từ đối tác có dấu hiệu rủi ro về thuế, hóa đơn, doanh nghiệp cần tra cứu thông tin hóa đơn trên hệ thống dữ liệu hóa đơn điện tử, đồng thời đối chiếu với hợp đồng, chứng từ giao nhận, thanh toán và bản chất giao dịch thực tế trước khi hạch toán và kê khai thuế.
2.2. Xử lý rủi ro khi phát sinh sai sót chứng từ thanh toán và kê khai hóa đơn
Khi phát hiện giao dịch mua vào từ 05 triệu đồng trở lên không đáp ứng điều kiện thanh toán không dùng tiền mặt, doanh nghiệp cần rà soát điều kiện khấu trừ thuế GTGT và chi phí được trừ khi tính thuế TNDN.
Trường hợp hóa đơn có dấu hiệu bất thường hoặc đối tác có rủi ro về thuế, doanh nghiệp cần đối chiếu hợp đồng, hóa đơn, chứng từ giao nhận, thanh toán và bản chất giao dịch theo Điều 4, Điều 10 Nghị định 254/2026/NĐ-CP.
Nếu phát hiện sai sót làm thay đổi nghĩa vụ thuế, doanh nghiệp cần khai bổ sung, điều chỉnh số thuế phải nộp và thực hiện đầy đủ nghĩa vụ tài chính phát sinh theo Điều 12 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, qua đó hạn chế rủi ro khi cơ quan thuế kiểm tra, thanh tra.
3. Quy trình tra cứu danh sách doanh nghiệp rủi ro từ dữ liệu cơ quan thuế
Tra cứu danh sách doanh nghiệp rủi ro là bước không thể thiếu trong quy trình rà soát thuế doanh nghiệp, đặc biệt trước khi ký kết hợp đồng với đối tác mới hoặc nhận hóa đơn từ nhà cung cấp chưa từng giao dịch trước đó.
Dữ liệu về doanh nghiệp rủi ro do cơ quan thuế công bố công khai, cho phép doanh nghiệp chủ động kiểm tra trước khi phát sinh giao dịch.
Việc tra cứu thông tin định kỳ giúp doanh nghiệp phòng ngừa tổn thất tài chính và pháp lý phát sinh từ giao dịch với đối tác không hợp pháp.
3.1. Tra cứu thông tin doanh nghiệp rủi ro
Bước 1: Truy cập vào website tra cứu thông tin hóa đơn điện tử của Tổng cục Thuế tại địa chỉ tracuuhoadon.gdt.gov.vn, chọn mục danh sách doanh nghiệp rủi ro, vi phạm.
Bước 2: Nhập mã số thuế hoặc tên doanh nghiệp cần tra cứu vào ô tìm kiếm trên hệ thống.
Bước 3: Đối chiếu kết quả hiển thị về tình trạng hoạt động và cảnh báo rủi ro của doanh nghiệp được tra cứu với thông tin trên hóa đơn, hợp đồng đã nhận từ đối tác.
Ngoài hệ thống tra cứu thông tin hóa đơn điện tử, doanh nghiệp có thể tra cứu thông tin người nộp thuế trên cổng thông tin của Tổng cục Thuế để kiểm tra tình trạng hoạt động, ngành nghề đăng ký kinh doanh và cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
Việc kết hợp cả hai nguồn dữ liệu giúp doanh nghiệp có căn cứ đầy đủ hơn khi đánh giá mức độ rủi ro của đối tác trước khi ghi nhận giao dịch vào sổ sách kế toán.
3.2. Đánh giá giao dịch với doanh nghiệp rủi ro cao để phòng ngừa tổn thất
Khi phát hiện đối tác nằm trong danh sách doanh nghiệp rủi ro, doanh nghiệp cần đánh giá lại toàn bộ giao dịch đã và đang thực hiện với đối tác đó, bao gồm kiểm tra tính xác thực của hàng hóa, dịch vụ đã nhận, chứng từ giao nhận và chứng từ thanh toán.
Doanh nghiệp rủi ro cao thường có dấu hiệu không hoạt động tại địa chỉ đăng ký, kê khai thuế không phát sinh liên tục hoặc bị cơ quan thuế cảnh báo về hành vi sử dụng hóa đơn không hợp pháp.
Doanh nghiệp cần xây dựng quy định nội bộ về việc tra cứu thông tin đối tác trước khi ký hợp đồng, quy định rõ trách nhiệm của bộ phận mua hàng, kế toán trong việc lưu trữ kết quả tra cứu làm căn cứ chứng minh doanh nghiệp đã thực hiện đầy đủ trách nhiệm kiểm tra khi cơ quan thuế yêu cầu giải trình sau này.
Phòng ngừa tổn thất từ giao dịch với doanh nghiệp rủi ro cao không chỉ bảo vệ quyền lợi thuế mà còn hạn chế rủi ro liên đới về trách nhiệm hình sự trong trường hợp đối tác có hành vi mua bán hóa đơn.
>>> Xem thêm: Xử lý rủi ro từ các hành vi vi phạm về thuế phổ biến của doanh nghiệp
4. Dịch vụ luật sư tư vấn rà soát thuế cho doanh nghiệp tại LCP Law Firm
Luật LCP cung cấp dịch vụ tư vấn rà soát thuế cho doanh nghiệp theo quy trình khép kín, từ kiểm tra hồ sơ nội bộ đến rà soát đối tác giao dịch. Đội ngũ luật sư của LCP Law Firm thực hiện các công việc sau cho Quý khách hàng:
- Rà soát hồ sơ khai thuế, chứng từ kế toán và đối chiếu số liệu doanh thu–chi phí theo từng kỳ kê khai.
- Kiểm tra tính hợp lệ của hóa đơn đầu vào, đầu ra và nhận diện dấu hiệu vi phạm liên quan đến hóa đơn.
- Tra cứu thông tin doanh nghiệp rủi ro từ dữ liệu cơ quan thuế trước khi doanh nghiệp ký kết hợp đồng với đối tác mới.
- Tư vấn xây dựng quy định nội bộ về kiểm soát rủi ro thuế và lưu trữ hồ sơ chứng minh giao dịch có thật.
- Hỗ trợ lập hồ sơ khai bổ sung, điều chỉnh số liệu kê khai khi phát hiện sai sót qua quá trình rà soát.
- Tư vấn phương án xử lý khi doanh nghiệp phát hiện đã giao dịch với đối tác thuộc danh sách doanh nghiệp rủi ro.
Kết luận
Hướng dẫn rà soát rủi ro thuế cho doanh nghiệp trên đây cung cấp quy trình cụ thể để Quý khách hàng chủ động kiểm soát hồ sơ khai thuế, hóa đơn và đối tác giao dịch trước khi cơ quan thuế vào cuộc.
Luật LCP đồng hành cùng doanh nghiệp trong toàn bộ quá trình rà soát và xử lý rủi ro về thuế, giúp Quý khách hàng hạn chế tổn thất tài chính và pháp lý. Quý khách hàng có nhu cầu tư vấn và rà soát thuế cho doanh nghiệp, vui lòng liên hệ Hotline: 0962275827 để được luật sư của LCP Law Firm hỗ trợ trực tiếp.
