Cách phòng ngừa rủi ro quyết toán thuế ở công ty là rủi ro quyết toán thuế phát sinh khi kế toán, hóa đơn, hợp đồng, thanh toán và tờ khai không phản ánh cùng một giao dịch. Đối với doanh nghiệp, sai lệch có thể dẫn đến truy thu thuế, tiền chậm nộp, xử phạt khai sai hoặc bị loại chi phí khi xác định thu nhập chịu thuế.
1. Nhận diện các rủi ro kế toán đối với doanh nghiệp khi quyết toán thuế
Kế toán cần đối chiếu doanh thu, chi phí, công nợ, tồn kho, tiền lương và các tờ khai thuế theo cùng một kỳ. Rủi ro quyết toán thuế không chỉ nằm ở số tiền mà còn ở căn cứ chứng minh giao dịch. Cơ quan thuế thường kiểm tra tính có thật của nghiệp vụ, tính hợp pháp của chứng từ và sự phù hợp giữa hồ sơ nội bộ với dữ liệu hóa đơn điện tử.
1.1. Đánh giá những sai sót phổ biến về thuế thu nhập cá nhân và chi phí
Vi phạm về thuế thu nhập cá nhân phát sinh chủ yếu do xác định sai đối tượng chịu thuế, khấu trừ thiếu theo Nghị định 65/2013/NĐ-CP và không tổng hợp đủ các khoản phụ cấp, trợ cấp vào thu nhập chịu thuế. Doanh nghiệp thường hạch toán các khoản chi phí đãi ngộ, tiền thưởng, công tác phí thiếu chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hóa đơn từ 20 triệu đồng trở lên theo Khoản 10 Điều 1 Thông tư 26/2015/TT-BTC. Các khoản chi không đáp ứng đủ điều kiện thực tế phát sinh liên quan đến hoạt động sản xuất kinh doanh sẽ bị cơ quan thuế loại khỏi chi phí hợp lý khi tính thuế TNDN.
1.2. Phân loại các rủi ro hóa đơn chứng từ phát sinh trong kỳ báo cáo
Hóa đơn bất hợp pháp và hóa đơn sử dụng không hợp pháp theo quy định tại Điều 4 Nghị định 125/2020/NĐ-CP là nguyên nhân dẫn đến truy thu thuế và xử phạt hành chính. Doanh nghiệp gặp rủi ro lớn khi hạch toán hóa đơn từ các đơn vị bỏ trốn, ngừng hoạt động hoặc bị cơ quan thuế cảnh báo rủi ro cao về thuế. Việc thiếu bảng kê, biên bản nghiệm thu, hợp đồng kinh tế hoặc không đối chiếu mã tra cứu hóa đơn trên hệ thống của Tổng cục Thuế khiến toàn bộ thuế giá trị gia tăng đầu vào bị khấu trừ sai và chi phí bị loại bỏ.
2. Quy trình phòng ngừa và ngăn ngừa vi phạm nghĩa vụ kê khai tài chính
Phòng ngừa rủi ro quyết toán thuế cần được thực hiện theo tháng hoặc quý, thay vì chờ đến cuối năm. Người phụ trách kế toán cần lập bảng kiểm soát các chỉ tiêu có nguy cơ cao: doanh thu chưa xuất hóa đơn, chi phí không có hợp đồng, thanh toán tiền mặt, công nợ kéo dài và chênh lệch thuế giá trị gia tăng.
2.1. Kiểm tra đối chiếu sổ sách kế toán trước kỳ thanh tra quyết toán thuế
Doanh nghiệp nên đối chiếu sổ cái với báo cáo tài chính, tờ khai thuế giá trị gia tăng, tờ khai thuế thu nhập cá nhân, tờ khai tạm nộp thuế thu nhập doanh nghiệp và dữ liệu hóa đơn điện tử. Cần rà soát doanh thu theo hợp đồng, biên bản giao nhận, sao kê ngân hàng và công nợ để phát hiện giao dịch ghi nhận thiếu hoặc ghi nhận sai kỳ.
Thuế thu nhập doanh nghiệp được tạm nộp theo quý và quyết toán theo năm, trừ trường hợp khai theo từng lần phát sinh theo quy định Điều 21 Thông tư 89/2026/TT-BTC. Khi có quyết định thanh tra hoặc kiểm tra tại trụ sở, doanh nghiệp cần chuẩn bị sổ sách, dữ liệu kế toán, hóa đơn, hợp đồng, chứng từ thanh toán và hồ sơ lao động theo danh mục.
2.2. Xây dựng quy chế kiểm soát nội bộ và lưu trữ chứng từ tuân thủ
Quy chế kiểm soát nội bộ phải quy định rõ thẩm quyền phê duyệt chi tiêu, quy trình luân chuyển chứng từ và tiêu chuẩn chấp thuận hóa đơn đầu vào. Chứng từ kế toán phải được lưu trữ tối thiểu 10 năm theo quy định tại Điều 41 Luật Kế toán 2015 để phục vụ công tác thanh tra. Doanh nghiệp đóng gói hồ sơ theo từng bộ nghiệp vụ gồm: hợp đồng, hóa đơn, chứng từ thanh toán qua ngân hàng, biên bản bàn giao để bảo đảm tính pháp lý khi giải trình.
>>> Xem thêm: Các hành vi vi phạm về thuế phổ biến của doanh nghiệp cần tránh
3. Biện pháp xử lý và giải trình chênh lệch số liệu trước cơ quan thuế
Khi phát hiện chênh lệch giữa sổ sách kế toán và dữ liệu cơ quan thuế, doanh nghiệp cần triển khai biện pháp xử lý theo đúng trình tự pháp luật. Việc chuẩn bị tài liệu chứng minh nguồn gốc chi phí là căn cứ pháp lý duy nhất để bảo vệ số liệu đã kê khai.
3.1. Kỹ năng rà soát hồ sơ và tự phát hiện sai sót để kê khai bổ sung
Khi phát hiện sai sót, doanh nghiệp cần lập bảng mô tả nguyên nhân, số liệu trước điều chỉnh, số liệu sau điều chỉnh và chứng từ liên quan. Việc khai bổ sung trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra hoặc thanh tra có ý nghĩa trực tiếp trong việc giảm rủi ro xử phạt.
Trường hợp khai sai đã được tự khai bổ sung và người nộp thuế tự giác nộp đủ tiền thuế trước thời điểm cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra, thanh tra tại trụ sở hoặc trước khi hành vi bị phát hiện theo quy định, có thể không bị xử phạt về hành vi khai sai Điều 9 Nghị định 125/2020/NĐ-CP. Tuy nhiên, doanh nghiệp vẫn phải xác định đầy đủ nghĩa vụ thuế và khoản tiền chậm nộp nếu có theo quy định áp dụng.
3.2. Phương án giải trình chi tiết các khoản chi phí có nguy cơ bị bóc tách
Giải trình chi phí cần dựa trên chuỗi tài liệu chứng minh: nhu cầu kinh doanh, thẩm quyền phê duyệt, hợp đồng, kết quả thực hiện, hóa đơn và thanh toán. Không nên chỉ nộp hóa đơn nếu không có tài liệu thể hiện hàng hóa, dịch vụ đã được nhận và sử dụng cho hoạt động của doanh nghiệp.
Đối với chi phí lương, thưởng và phúc lợi, doanh nghiệp cần xuất trình quy chế, quyết định, danh sách chi trả, bảng lương, hồ sơ nhân sự và chứng từ thanh toán. Đối với chi phí thuê dịch vụ, cần có hồ sơ năng lực nhà cung cấp, phạm vi công việc, sản phẩm bàn giao hoặc biên bản nghiệm thu để giảm rủi ro cơ quan thuế đánh giá giao dịch không có thực.
4. Dịch vụ luật sư tư vấn phòng ngừa rủi ro quyết toán thuế tại LCP Law Firm
Luật LCP hỗ trợ doanh nghiệp rà soát hồ sơ trước thanh tra, kiểm tra và quyết toán thuế. Công việc tập trung vào rủi ro thực tế của từng giao dịch, không chỉ kiểm tra số liệu trên tờ khai. Luật sư phối hợp với bộ phận kế toán để xây dựng hồ sơ giải trình có căn cứ.
- Rà soát báo cáo tài chính, tờ khai thuế, sổ kế toán và dữ liệu hóa đơn điện tử;
- Kiểm tra hồ sơ thuế thu nhập cá nhân, tiền lương, người phụ thuộc và chứng từ khấu trừ;
- Đánh giá điều kiện chứng minh chi phí, hợp đồng, nghiệm thu, giao nhận và thanh toán;
- Lập danh mục các rủi ro quyết toán thuế theo mức độ và phương án khắc phục;
- Hỗ trợ kê khai bổ sung, chuẩn bị văn bản giải trình và làm việc với cơ quan thuế;
- Xây dựng quy chế kiểm soát chứng từ, quy trình hóa đơn và quy trình phê duyệt chi phí.
Kết luận
Rủi ro quyết toán thuế có thể được kiểm soát nếu doanh nghiệp đối chiếu dữ liệu định kỳ, lưu chứng từ theo giao dịch và xử lý sai sót trước khi bị kiểm tra. Luật LCP hỗ trợ rà soát hồ sơ, đánh giá các rủi ro và chuẩn bị phương án giải trình phù hợp với hoạt động thực tế của doanh nghiệp. Quý khách hàng cần tư vấn hồ sơ kế toán, hóa đơn hoặc thuế thu nhập cá nhân, liên hệ Hotline: 0962275827.
