Kê khai bổ sung tránh vi phạm thuế VAT của doanh nghiệp là yêu cầu pháp lý đặt ra khi hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng đã nộp cho cơ quan thuế phát sinh sai sót. Nội dung dưới đây trình bày quy định pháp luật, nguyên tắc điều chỉnh số thuế GTGT được khấu trừ, và trình tự thực hiện khai bổ sung hồ sơ thuế điện tử. 

1. Quy định pháp luật về khai bổ sung hồ sơ thuế doanh nghiệp

1.1. Bản chất pháp lý của hoạt động kê khai và sửa đổi tờ khai thuế

Khai bổ sung hồ sơ thuế là cơ chế pháp lý cho phép người nộp thuế sửa chữa, điều chỉnh hồ sơ khai thuế đã nộp khi phát hiện có sai sót. 

Theo khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế số 2025, người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp có sai, sót được khai bổ sung trong thời hạn 05 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai, sót, nếu thuộc các trường hợp luật định.

1.2. Xác định các trường hợp doanh nghiệp bắt buộc phải thực hiện khai bổ sung

Theo quy định hiện hành, việc khai bổ sung được thực hiện đối với hồ sơ thuộc một trong các trường hợp như: 

• Trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra;
• Hồ sơ không thuộc phạm vi, thời kỳ thanh tra, kiểm tra thuế, khoản thu khác nêu tại quyết định thanh tra, kiểm tra
• Hồ sơ không thuộc trường hợp cơ quan điều tra yêu cầu không được khai bổ sung hồ sơ khai thuế, khoản thu khác để phục vụ điều tra vụ án
• Hồ sơ khai thuế đã nộp còn sai, sót liên quan đến phạm vi, thời kỳ đã thanh tra, kiểm tra dẫn đến phát sinh tăng số thuế phải nộp, giảm số thuế đã được miễn, giảm, hoàn, giảm số thuế được khấu trừ, giảm số thuế đã nộp thừa;
• Trường hợp thực hiện theo kết luận, quyết định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền liên quan đến nội dung xác định nghĩa vụ thuế của người nộp thuế.
• Quy định của Chính phủ về yêu cầu của cơ quan điều tra và việc khai bổ sung theo kết luận, quyết định của cơ quan thẩm quyền

2. Nguyên tắc và phương pháp điều chỉnh số liệu thuế GTGT

Việc xử lý số liệu sau khai bổ sung phụ thuộc vào loại chênh lệch phát sinh. 

2.1. Quy định về việc điều chỉnh số thuế GTGT được khấu trừ qua các kỳ

Doanh nghiệp cần phân biệt rõ sai sót làm tăng và sai sót làm giảm số thuế GTGT được khấu trừ, vì mỗi loại kéo theo cách xử lý số liệu và nghĩa vụ tài chính khác nhau. 

Theo khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế, nếu hồ sơ khai thuế đã quá 05 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ mà doanh nghiệp phát hiện sai, sót làm tăng số thuế phải nộp, giảm số thuế được miễn, giảm, hoàn hoặc giảm số thuế GTGT được khấu trừ chuyển kỳ sau, doanh nghiệp không được khai bổ sung hồ sơ thuế.  

2.2 Xử lý các biến động liên quan đến nghĩa vụ đóng thuế thu nhập và giá trị gia tăng

Biến động về nghĩa vụ thuế thu nhập doanh nghiệp và thuế giá trị gia tăng thường phát sinh đồng thời khi doanh thu, chi phí đầu vào bị điều chỉnh, do hai sắc thuế cùng dựa trên chứng từ gốc là hóa đơn mua vào, bán ra. 

Theo điểm a khoản 6 Điều 12 Nghị định 252/2026/NĐ-CP, nếu khai bổ sung làm tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số thuế được miễn, giảm, hoàn, doanh nghiệp phải nộp phần thuế tăng thêm và tiền chậm nộp (nếu có). Trường hợp làm giảm số thuế phải nộp thì được điều chỉnh giảm tiền chậm nộp và xử lý số thuế nộp thừa theo quy định.

2.3. Nguyên tắc xử lý số liệu thuế giá trị gia tăng sau thanh tra của cơ quan nhà nước

Theo điểm b khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, trường hợp hồ sơ không thuộc phạm vi, thời kỳ thanh tra, kiểm tra thuế, khoản thu khác nêu tại quyết định thanh tra, kiểm tra và người nộp thuế phát hiện sai, sót thì việc xử lý được thực hiện theo quy định về khai bổ sung và giải trình hồ sơ thuế.

Theo khoản 7 Điều 12 Nghị định 252/2026/NĐ-CP, đối với sai sót được phát hiện sau thanh tra, kiểm tra làm thay đổi số thuế GTGT được khấu trừ chuyển kỳ sau, người nộp thuế thực hiện điều chỉnh số chênh lệch vào kỳ tính thuế theo quy định. Trường hợp làm tăng số thuế phải nộp thì phải nộp bổ sung số thuế tăng thêm và tiền chậm nộp (nếu có).

3. Trình tự và thủ tục thực hiện khai bổ sung hồ sơ thuế điện tử

Thủ tục khai bổ sung trên hệ thống thuế điện tử được thực hiện theo trình tự cố định, áp dụng thống nhất cho từng hồ sơ khai thuế có sai, sót. Ba nội dung cần xác định sau cần được lưu ý. 

3.1. Hướng dẫn các bước lập và gửi tờ khai bổ sung trên hệ thống thuế điện tử

Theo Điều 12 Nghị định 252/2026/NĐ-CP và khoản 3 Điều 17 Thông tư 89/2026/TT-BTC, doanh nghiệp thực hiện khai bổ sung hồ sơ thuế theo các bước sau:

• Bước 1: Rà soát tờ khai đã nộp, hóa đơn, chứng từ và sổ kế toán để xác định kỳ tính thuế, chỉ tiêu và số tiền cần điều chỉnh.
• Bước 2: Đăng nhập Cổng thông tin điện tử của cơ quan thuế, chọn chức năng Khai bổ sung, lựa chọn đúng loại tờ khai và kỳ tính thuế có sai sót.
• Bước 3: Lập Bản giải trình khai bổ sung mẫu 01-1/KHBS theo quy định tại Thông tư 89/2026/TT-BTC, nêu rõ nội dung sai sót, nguyên nhân và số liệu trước, sau điều chỉnh.
• Bước 4: Kiểm tra số thuế phải nộp tăng, giảm; số thuế GTGT được khấu trừ chuyển kỳ sau và tiền chậm nộp (nếu có).
• Bước 5: Kiểm tra toàn bộ thông tin, ký điện tử và gửi hồ sơ khai bổ sung qua hệ thống thuế điện tử. Sau khi gửi, doanh nghiệp theo dõi thông báo tiếp nhận và kết quả xử lý của cơ quan thuế.

3.2. Thời hạn pháp lý cho phép thực hiện việc kê khai điều chỉnh sai sót

Theo khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, người nộp thuế được khai bổ sung hồ sơ khai thuế trong thời hạn 05 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai, sót, nếu thuộc các trường hợp được phép khai bổ sung.

Sau thời hạn 05 năm, doanh nghiệp không được khai bổ sung đối với các trường hợp quy định tại điểm a, b khoản 5 Điều 12 mà chỉ được bổ sung hồ sơ giải trình với cơ quan thuế theo quy định tại khoản 8  Điều 12 Nghị định 252/2026/NĐ-CP.

3.3. Phương án xử lý chênh lệch số liệu tiền thuế phát sinh sau khi điều chỉnh

Theo khoản 6 Điều 12 Nghị định 252/2026/NĐ-CP, trường hợp khai bổ sung làm tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số thuế được miễn, giảm, hoàn, doanh nghiệp phải nộp phần thuế tăng thêm và tiền chậm nộp (nếu có) vào ngân sách nhà nước.

Trường hợp khai bổ sung làm giảm số thuế phải nộp, doanh nghiệp được điều chỉnh giảm tiền chậm nộp và xử lý số tiền thuế nộp thừa theo quy định. Đối với thuế GTGT, nếu khai bổ sung làm giảm số thuế GTGT được khấu trừ chuyển kỳ sau, doanh nghiệp phải điều chỉnh phần chênh lệch theo quy định.

>>> Xem thêm: Cách phòng ngừa rủi ro quyết toán thuế ở công ty 

4. Dịch vụ pháp lý tư vấn kê khai và giải quyết tranh chấp thuế tại LCP Law Firm

Luật LCP cung cấp dịch vụ tư vấn khai bổ sung hồ sơ thuế và giải quyết tranh chấp thuế cho doanh nghiệp, bao gồm các công việc cụ thể sau:

• Rà soát hồ sơ khai thuế GTGT, thuế thu nhập doanh nghiệp đã nộp để xác định kỳ tính thuế có sai, sót
• Xác định căn cứ pháp lý áp dụng cho từng trường hợp khai bổ sung.
• Lập hồ sơ khai bổ sung, bản giải trình khai bổ sung và tính toán số tiền chậm nộp phải nộp (nếu có).
• Đại diện doanh nghiệp làm việc với cơ quan thuế trong quá trình thanh tra, kiểm tra liên quan đến số liệu đã điều chỉnh.
• Tư vấn phương án xử lý chênh lệch số thuế GTGT được khấu trừ chuyển kỳ sau.
• Soạn thảo văn bản khiếu nại thuế đối với trường hợp khai bổ sung làm tăng số thuế được khấu trừ, hoàn thuế bị từ chối.

Kết luận

Kê khai bổ sung tránh vi phạm thuế VAT của doanh nghiệp đòi hỏi xác định đúng kỳ tính thuế, đúng căn cứ pháp lý và đúng thời hạn nộp hồ sơ. Quý khách hàng có nhu cầu rà soát hồ sơ khai thuế GTGT hoặc xử lý số liệu sau thanh tra, vui lòng liên hệ Luật LCP qua Hotline: 0962275827 để được tư vấn trực tiếp và hỗ trợ lập hồ sơ khai bổ sung đúng quy định.