Trường hợp vi phạm thuế VAT của doanh nghiệp được miễn phạt bao gồm việc chịu thiệt hại do thiên tai, dịch bệnh, hỏa hoạn, sự cố bất khả kháng hoặc khai bổ sung hồ sơ khai thuế theo quy định tại Luật Quản lý thuế 2025. Bài viết này Luật LCP phân tích chi tiết quy định pháp luật và thủ tục thực hiện. Những trường hợp vi phạm thuế VAT của doanh nghiệp được miễn phạt
1. Trường hợp được miễn xử phạt vi phạm hành chính về thuế VAT do sự kiện bất khả kháng
Sự kiện bất khả kháng là căn cứ pháp lý cốt lõi để loại trừ trách nhiệm hành chính cho người nộp thuế.
1.1. Doanh nghiệp chịu thiệt hại vật chất do thiên tai, dịch bệnh hoặc hỏa hoạn
Thiên tai, thảm họa, dịch bệnh, hỏa hoạn hoặc chiến tranh, bạo loạn, đình công trực tiếp gây thất thoát tài sản, tài liệu, hóa đơn và sổ sách kế toán của người nộp thuế. Khi xảy ra sự kiện bất khả kháng có xác nhận của cơ quan nhà nước có thẩm quyền hoặc cơ quan công an, doanh nghiệp chịu tổn thất về vốn, vật tư, hàng hóa làm mất khả năng chấp hành nghĩa vụ thuế đúng thời hạn. Mức tiền phạt vi phạm hành chính được miễn tối đa bằng giá trị tài sản, hàng hóa bị thiệt hại sau khi trừ đi các khoản bồi thường từ bảo hiểm hoặc bên gây ra thiệt hại.
1.2. Phát sinh sự cố kỹ thuật hoặc tai nạn bất ngờ ngoài tầm kiểm soát của doanh nghiệp
Sự cố kỹ thuật tại hệ thống hạ tầng công nghệ thông tin của cơ quan thuế hoặc sự cố mạng diện rộng trực tiếp gián đoạn quá trình truyền nhận dữ liệu tờ khai thuế VAT và chứng từ nộp thuế điện tử. Bên cạnh đó, tai nạn bất ngờ ảnh hưởng nghiêm trọng đến tính mạng, sức khỏe của người đại diện theo pháp luật hoặc nhân sự phụ trách kế toán cũng được ghi nhận là lý do khách quan. Doanh nghiệp cần văn bản xác nhận từ đơn vị vận hành hệ thống, đơn vị cung cấp dịch vụ viễn thông hoặc cơ quan y tế để làm căn cứ chứng minh sự cố xảy ra khách quan ngoài tầm kiểm soát.
2. Các trường hợp vi phạm thuế VAT không bị xử phạt theo quy định pháp luật
Hành vi vi phạm thuế VAT của doanh nghiệp sẽ không bị ra quyết định xử phạt tiền nếu thuộc các trường hợp miễn trừ trách nhiệm hành chính theo Nghị định 310/2025/NĐ-CP và Nghị định 125/2020/NĐ-CP. Các trường hợp vi phạm thuế VAT không bị xử phạt
2.1. Doanh nghiệp thực hiện khai bổ sung hồ sơ thuế VAT đúng thời hạn pháp lý
Theo quy định tại Luật Quản lý thuế 2025 và Nghị định 310/2025/NĐ-CP, doanh nghiệp khai bổ sung hồ sơ khai thuế VAT trước thời điểm cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế sẽ không bị xử phạt về hành vi khai sai. Việc chủ động phát hiện sai sót và nộp đủ số tiền thuế phát sinh cùng tiền chậm nộp (nếu có) vào ngân sách nhà nước là căn cứ loại trừ hành vi vi phạm hành chính.
2.2. Khai sai nhưng không làm thiếu số tiền thuế VAT phải nộp hoặc số tiền thuế được hoàn
Trường hợp doanh nghiệp khai sai các chỉ tiêu trên tờ khai thuế VAT nhưng không làm dẫn đến thiếu số thuế giá trị gia tăng phải nộp hoặc chưa làm tăng số thuế VAT được hoàn, được khấu trừ chuyển kỳ sau thì không bị xử phạt về hành vi khai thiếu thuế. Hành vi này chỉ bị xem xét xử phạt về hành vi vi phạm thủ tục thuế theo quy định tại Nghị định 125/2020/NĐ-CP (được sửa đổi bởi Nghị định 310/2025/NĐ-CP), trừ trường hợp đã tự nguyện khai bổ sung đúng quy định.
2.3. Thực hiện hành vi vi phạm thuế VAT theo đúng văn bản hướng dẫn của cơ quan thuế
Theo quy định tại Nghị định 310/2025/NĐ-CP và Nghị định 125/2020/NĐ-CP, người nộp thuế làm theo văn bản hướng dẫn, quyết định xử lý của cơ quan thuế hoặc cơ quan nhà nước có thẩm quyền liên quan đến nội dung xác định nghĩa vụ thuế VAT sẽ không bị xử phạt vi phạm hành chính về thuế. Quy định này đảm bảo tính thống nhất của pháp luật và bảo vệ quyền lợi hợp pháp của doanh nghiệp khi tuân thủ đúng chỉ đạo bằng văn bản của cơ quan quản lý.
3. Điều kiện và hồ sơ đề nghị miễn phạt vi phạm hành chính về thuế VAT
Quy trình giải quyết miễn tiền phạt thuế VAT yêu cầu người nộp thuế lập và nộp hồ sơ tới Chi cục Thuế hoặc Cục Thuế quản lý trực tiếp theo Nghị định 310/2025/NĐ-CP và Nghị định 125/2020/NĐ-CP. Điều kiện và hồ sơ đề nghị miễn phạt vi phạm hành chính về thuế VAT
3.1. Xác định hạn mức tiền phạt vi phạm được xem xét miễn dựa trên mức độ thiệt hại
Số tiền phạt vi phạm thuế VAT được miễn không vượt quá giá trị tổn thất thực tế của tài sản, hàng hóa sau khi đã bù đắp bằng các nguồn bồi thường từ đơn vị bảo hiểm hoặc tổ chức, cá nhân gây ra thiệt hại. Thủ trưởng cơ quan thuế quản lý trực tiếp căn cứ trên Biên bản kiểm tra, hồ sơ xác định giá trị thiệt hại để ban hành quyết định miễn phạt vi phạm tương ứng với giá trị tổn thất.
3.2. Chuẩn bị văn bản đề nghị và chứng cứ chứng minh lý do miễn xử phạt
Hồ sơ đề nghị miễn phạt thuế VAT bao gồm:
Văn bản đề nghị miễn tiền phạt theo Mẫu quy định tại Nghị định 310/2025/NĐ-CP và Nghị định 125/2020/NĐ-CP.
Văn bản xác nhận của cơ quan Công an, UBND cấp xã hoặc cơ quan chức năng có thẩm quyền về hỏa hoạn, thiên tai, thảm họa, dịch bệnh.
Biên bản kiểm kê, xác định giá trị thiệt hại tài sản, tài liệu do doanh nghiệp lập.
Hồ sơ xác nhận sự cố kỹ thuật của đơn vị cung cấp dịch vụ hoặc xác nhận của cơ quan y tế đối với trường hợp tai nạn bất ngờ.
Bảng kê chứng từ bồi thường thiệt hại của tổ chức bảo hiểm (nếu có).
3.3. Trình tự nộp hồ sơ và thời hạn giải quyết của cơ quan thuế có thẩm quyền
Doanh nghiệp gửi hồ sơ đề nghị miễn phạt thuế VAT bằng phương thức điện tử hoặc nộp trực tiếp, gửi qua đường bưu chính đến cơ quan thuế quản lý. Trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày nhận hồ sơ chưa đầy đủ, cơ quan thuế phải thông báo bằng văn bản để người nộp thuế bổ sung. Trong thời hạn 30 ngày kể từ ngày nhận đủ hồ sơ hợp lệ, Thủ trưởng cơ quan thuế ra Quyết định miễn tiền phạt hoặc thông báo bằng văn bản lý do không thuộc trường hợp được miễn.
4. Dịch vụ luật sư tư vấn và hỗ trợ thủ tục miễn phạt thuế VAT tại LCP Law Firm
Luật LCP hỗ trợ doanh nghiệp đánh giá quyết định phạt vi phạm thuế VAT, xác định trường hợp được miễn và xây dựng phương án làm việc với cơ quan thuế. Hồ sơ phải dựa trên dữ liệu khai thuế, hóa đơn điện tử, chứng từ kế toán và chứng cứ về sự kiện khách quan. Việc chuẩn bị đúng từ đầu giúp doanh nghiệp phân biệt khoản thuế phải nộp, tiền chậm nộp và tiền phạt có thể đề nghị miễn hoặc không xử phạt.Luật sư thực hiện các công việc sau:
Rà soát tờ khai thuế GTGT, hồ sơ khai bổ sung, hóa đơn điện tử và quyết định xử phạt;
Xác định hành vi thuộc diện không xử phạt, miễn phạt hoặc phải nộp tiền chậm nộp;
Đánh giá chứng cứ về thiên tai, hỏa hoạn, dịch bệnh, tai nạn, sự cố kỹ thuật và thiệt hại thực tế;
Soạn văn bản giải trình, đơn đề nghị miễn phạt, hồ sơ khai bổ sung và văn bản làm việc với cơ quan thuế;
Đại diện hoặc hỗ trợ doanh nghiệp làm việc với Cục Thuế, cơ quan thanh tra thuế và cơ quan có thẩm quyền;
Tư vấn khiếu nại quyết định xử phạt khi có căn cứ cho rằng việc xử phạt không đúng pháp luật;
Miễn phạt vi phạm thuế VAT chỉ áp dụng khi doanh nghiệp có căn cứ và chứng cứ phù hợp; không phải mọi trường hợp nộp chậm hoặc khai sai đều được miễn.
Kết luận
Quý khách hàng cần rà soát ngay quyết định xử phạt, thời điểm cơ quan thuế công bố kiểm tra và hồ sơ khai bổ sung để chọn đúng phương án. Liên hệ Luật LCP qua Hotline: 0962275827 để được luật sư đánh giá hồ sơ và hỗ trợ thủ tục.
