Những lưu ý về hóa đơn điện tử tránh vi phạm thuế VAT của doanh nghiệp xoay quanh việc lập hóa đơn đúng thời điểm, đúng nội dung và đúng đối tượng giao dịch. Nhiều doanh nghiệp bị xử phạt hoặc bị ngừng sử dụng hóa đơn chỉ vì sai sót kỹ thuật nhỏ trong quá trình xuất hóa đơn. Nội dung dưới đây trình bày các vấn đề pháp lý và giải pháp thực tiễn liên quan.
1. Nhận diện các hành vi vi phạm về hóa đơn điện tử phổ biến của doanh nghiệp
Vi phạm về hóa đơn điện tử xuất phát từ nhiều nguyên nhân khác nhau, từ sai sót kỹ thuật đến hành vi cố ý gian lận thuế VAT. Doanh nghiệp cần phân biệt rõ các nhóm hành vi vi phạm để có biện pháp phòng ngừa phù hợp.
1.1. Sai phạm về thời điểm lập hóa đơn điện tử theo quy định xuất hàng hóa dịch vụ
Theo khoản 1 Điều 9 Nghị định 254/2026/NĐ-CP, thời điểm lập hóa đơn đối với bán hàng hóa là thời điểm chuyển giao quyền sở hữu hoặc quyền sử dụng hàng hóa cho người mua, không phân biệt doanh nghiệp đã thu được tiền hay chưa. Doanh nghiệp lập hóa đơn chậm hơn thời điểm quy định, kể cả do chờ thu tiền hoặc chờ đối chiếu công nợ, đều bị coi là vi phạm về thời điểm lập hóa đơn, trừ các nhóm dịch vụ đặc thù được phép đối soát trong thời hạn tối đa 7 ngày theo quy định riêng của nghị định.
1.2. Sử dụng hóa đơn điện tử không hợp pháp và khai khống thuế VAT đầu vào
Hành vi sử dụng hóa đơn không hợp pháp và sử dụng không hợp pháp hóa đơn được xác định tại Điều 4 Nghị định 125/2020/NĐ-CP, bao gồm việc dùng hóa đơn giả, hóa đơn đã hết hiệu lực sử dụng, hóa đơn của tổ chức đã ngừng hoạt động, hoặc hóa đơn không phản ánh đúng giá trị giao dịch thực tế để kê khai khấu trừ thuế VAT đầu vào.
Nghị định 310/2025/NĐ-CP, có hiệu lực từ ngày 16/1/2026, sửa đổi Nghị định 125/2020/NĐ-CP theo hướng tính mức phạt lũy tiến dựa trên số lượng hóa đơn vi phạm thay vì áp dụng chung một khung phạt cho mọi hành vi, với mức phạt cho, bán hóa đơn dao động từ 20 đến 50 triệu đồng, và có thể lên đến 60-80 triệu đồng khi số lượng hóa đơn vi phạm từ 50 số trở lên.
1.3. Các lỗi sai sót thông tin trên hóa đơn điện tử dễ dẫn đến rủi ro bị xuất phạt
Điều 10 Thông tư 91/2026/TT-BTC, có hiệu lực từ ngày 1/7/2026, quy định cụ thể cách xử lý hóa đơn điện tử đã lập có sai sót, bao gồm cả trường hợp sai số tiền bằng chữ hoặc nội dung khác nhưng không sai mã số thuế và số tiền ghi trên hóa đơn. Doanh nghiệp phát hiện sai sót phải thông báo cho cơ quan thuế theo mẫu quy định và lựa chọn phương án lập hóa đơn điều chỉnh hoặc hóa đơn thay thế tùy theo tính chất sai sót, tránh để kéo dài dẫn đến sai lệch số liệu kê khai thuế VAT trong kỳ tính thuế.
2. Biện pháp tra cứu và nhận diện cảnh báo rủi ro hóa đơn điện tử từ đối tác
Doanh nghiệp cần chủ động tra cứu thông tin hóa đơn và tình trạng pháp lý của đối tác trước khi ghi nhận hóa đơn đầu vào phục vụ kê khai thuế VAT.
2.1. Hướng dẫn tra cứu thông tin hóa đơn điện tử trên Cổng thông tin của Cục Thuế
Tổng cục Thuế trước đây đã được tổ chức lại thành Cục Thuế trực thuộc Bộ Tài chính, tiếp tục vận hành Cổng thông tin điện tử hóa đơn cùng ứng dụng eTax, eTax Mobile phục vụ tra cứu hóa đơn điện tử. Doanh nghiệp nhập mã số thuế người bán, ký hiệu và số hóa đơn để kiểm tra tính hợp lệ, tình trạng hóa đơn đã hủy, đã điều chỉnh hay đã thay thế trước khi ghi nhận vào sổ sách kế toán.
2.2. Kiểm tra danh sách doanh nghiệp thuộc diện cảnh báo rủi ro cao về thuế và hóa đơn
Cơ quan thuế công khai danh sách người nộp thuế thuộc diện cảnh báo rủi ro cao về hóa đơn, bao gồm doanh nghiệp có dấu hiệu mua bán hóa đơn bất hợp pháp, doanh nghiệp bỏ địa chỉ kinh doanh hoặc doanh nghiệp đang bị cơ quan thuế xác minh dấu hiệu vi phạm. Doanh nghiệp đối chiếu mã số thuế của đối tác với danh sách này trước khi phát sinh giao dịch mua bán hàng hóa, dịch vụ có giá trị lớn để giảm thiểu rủi ro nhận hóa đơn từ nguồn không hợp pháp.
2.3. Theo dõi chỉ số hệ số K và những thay đổi rủi ro từ nhà cung cấp ngừng hoạt động
Hệ số K là tham số cảnh báo rủi ro hóa đơn điện tử, được xác định bằng tỷ số giữa tổng giá trị hàng hóa bán ra trên hóa đơn với tổng giá trị hàng tồn kho cộng tổng giá trị hàng hóa mua vào, theo hướng dẫn tại Công văn 2392/TCT-QLRR năm 2023 của cơ quan thuế. Doanh nghiệp có hệ số K vượt ngưỡng an toàn theo từng ngành nghề sẽ bị đưa vào danh sách giám sát xuất hóa đơn vượt ngưỡng, và có thể bị xem xét ngừng sử dụng hóa đơn nếu cơ quan thuế xác minh có hành vi xuất hóa đơn khống theo quy định tại khoản 1 Điều 8 Thông tư 91/2026/TT-BTC.
Doanh nghiệp cần theo dõi thêm tình trạng hoạt động của nhà cung cấp, kịp thời phát hiện trường hợp nhà cung cấp ngừng hoạt động, bỏ địa chỉ kinh doanh hoặc bị cưỡng chế hóa đơn để tránh ghi nhận hóa đơn phát sinh sau thời điểm nhà cung cấp không còn hoạt động hợp pháp.
3. Quy trình rà soát và khắc phục xử lý vi phạm về hóa đơn điện tử nội bộ
Doanh nghiệp cần xây dựng quy trình rà soát hóa đơn định kỳ để phát hiện sớm sai sót trước khi cơ quan thuế thực hiện thanh tra, kiểm tra. Việc chủ động khắc phục vi phạm giúp giảm mức độ xử phạt và hạn chế tình tiết tăng nặng khi bị xử lý vi phạm hành chính.
3.1. Đối chiếu chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt với hóa đơn điện tử đầu vào
Doanh nghiệp cần đối chiếu từng hóa đơn điện tử đầu vào với chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với khoản chi từ 20 triệu đồng trở lên, theo điều kiện khấu trừ thuế VAT đầu vào và điều kiện chi phí được trừ khi xác định thuế thu nhập doanh nghiệp. Việc thiếu chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt tương ứng khiến hóa đơn đầu vào không đủ điều kiện khấu trừ thuế VAT, dù hóa đơn được lập hợp pháp và phản ánh đúng giao dịch thực tế.
3.2. Lập hóa đơn điều chỉnh hoặc thay thế khi phát hiện vi phạm về hóa đơn
Khi phát hiện hóa đơn điện tử đã lập có sai sót, doanh nghiệp thực hiện thông báo với cơ quan thuế theo mẫu quy định và lựa chọn lập hóa đơn điều chỉnh hoặc hóa đơn thay thế theo hướng dẫn tại Điều 10 Thông tư 91/2026/TT-BTC. Trường hợp sai về giá trị trên hóa đơn, doanh nghiệp lập hóa đơn điều chỉnh tăng bằng cách ghi dấu dương hoặc điều chỉnh giảm bằng cách ghi dấu âm đúng với giá trị thực tế cần điều chỉnh.
3.3. Xây dựng quy trình kiểm soát nội bộ ngăn chặn vi phạm hóa đơn điện tử phát sinh
Doanh nghiệp nên xây dựng quy trình kiểm soát nội bộ gồm các bước phê duyệt trước khi xuất hóa đơn, đối chiếu hợp đồng, phiếu giao hàng, biên bản nghiệm thu dịch vụ với thời điểm lập hóa đơn thực tế. Quy trình cần phân công rõ trách nhiệm giữa bộ phận kinh doanh, kế toán và pháp chế trong việc tra cứu tình trạng hóa đơn của nhà cung cấp trước khi ghi nhận vào hệ thống. Doanh nghiệp cũng cần định kỳ rà soát hệ số K nội bộ, đối chiếu số liệu tồn kho, mua vào và bán ra để chủ động điều chỉnh trước khi bị cơ quan thuế đưa vào danh sách cảnh báo rủi ro.
4. Dịch vụ luật sư tư vấn và hỗ trợ rà soát rủi ro hóa đơn tại LCP Law Firm
LCP Law Firm hỗ trợ doanh nghiệp toàn diện trong việc rà soát và phòng ngừa rủi ro vi phạm hóa đơn điện tử, bao gồm:
- Rà soát toàn bộ hóa đơn điện tử đầu vào, đầu ra để phát hiện sớm sai sót về thời điểm lập, nội dung và tính hợp pháp của hóa đơn.
- Tư vấn quy trình lập hóa đơn điều chỉnh, hóa đơn thay thế đúng quy định.
- Xây dựng quy trình kiểm soát nội bộ về hóa đơn, chứng từ phù hợp với quy mô và đặc thù hoạt động của doanh nghiệp.
- Đại diện doanh nghiệp giải trình với cơ quan thuế khi bị cảnh báo hệ số K hoặc nghi ngờ sử dụng hóa đơn không hợp pháp.
- Tư vấn xử lý hậu quả pháp lý, giảm nhẹ mức phạt khi doanh nghiệp phát hiện và tự nguyện khắc phục vi phạm về hóa đơn.
Kết luận
Doanh nghiệp cần nắm rõ những lưu ý về hóa đơn điện tử tránh vi phạm thuế VAT của doanh nghiệp để tránh bị xử phạt hoặc bị ngừng sử dụng hóa đơn giữa lúc hoạt động kinh doanh đang diễn ra.
LCP Law Firm đồng hành cùng doanh nghiệp trong suốt quá trình rà soát và khắc phục rủi ro hóa đơn. Quý khách hàng có nhu cầu tư vấn vui lòng liên hệ hotline 0962275827 để được hỗ trợ kịp thời.
