Những lưu ý quan trọng tránh vi phạm thuế VAT của doanh nghiệp tập trung vào ba nhóm rủi ro: hóa đơn đầu vào không hợp pháp, điều kiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng chưa đầy đủ và chậm trễ nghĩa vụ kê khai theo luật quản lý thuế.
Nội dung dưới đây trình bày quy trình tra cứu, kiểm tra hóa đơn và kê khai đúng quy định để doanh nghiệp giảm nguy cơ bị truy thu, xử phạt.
1. Hướng dẫn tra cứu danh sách hóa đơn đầu vào để tránh rủi ro vi phạm
Hóa đơn đầu vào là căn cứ quan trọng để doanh nghiệp xác định số thuế GTGT được khấu trừ.
1.1. Hướng dẫn cách kiểm tra hóa đơn điện tử hợp pháp trên hệ thống của cơ quan thuế quản lý
Việc tra cứu cần được thực hiện đồng thời với việc kiểm tra hồ sơ mua hàng, tránh trường hợp chỉ dựa vào bản thể hiện hóa đơn do người bán cung cấp.
Theo khoản 1 Điều 4 Nghị định số 254/2026/NĐ-CP, khi bán hàng hóa hoặc cung cấp dịch vụ, người bán phải lập hóa đơn điện tử để giao cho người mua, trừ trường hợp pháp luật quy định không phải sử dụng hóa đơn điện tử.
Hóa đơn điện tử phải được lập theo định dạng chuẩn dữ liệu, ghi đầy đủ nội dung theo quy định và phản ánh đầy đủ, trung thực nghiệp vụ kinh tế phát sinh.
1.2. Tra cứu danh sách doanh nghiệp thuộc diện rủi ro cao về thuế
Theo Điều 13 Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15, pháp luật nghiêm cấm hành vi tạo lập giao dịch mua bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ không có thật và sử dụng hóa đơn, chứng từ không hợp pháp để khấu trừ hoặc hoàn thuế.
Trường hợp người bán sau đó bị xác định không còn hoạt động tại địa chỉ đăng ký hoặc thuộc diện rủi ro, doanh nghiệp mua hàng cần chuẩn bị hồ sơ chứng minh giao dịch thực tế.
Hồ sơ có thể bao gồm hợp đồng, báo giá, đơn đặt hàng, biên bản giao nhận, chứng từ vận chuyển, nghiệm thu và thanh toán.
1.3. Quy trình xác minh đối tác giao dịch trước khi ký hợp đồng để tránh rủi ro hóa đơn giả
Trước khi ký hợp đồng, doanh nghiệp nên kiểm tra thông tin đăng ký, mã số thuế, địa chỉ, ngành nghề kinh doanh và tình trạng hoạt động của đối tác.
Đối với giao dịch có giá trị lớn hoặc có dấu hiệu rủi ro, cần đánh giá thêm năng lực thực tế của đối tác trong việc cung cấp hàng hóa hoặc thực hiện dịch vụ.
Trong quá trình giao dịch, doanh nghiệp cần xây dựng chuỗi chứng từ đầy đủ từ báo giá, hợp đồng, giao nhận, nghiệm thu đến thanh toán. Theo khoản 1 Điều 4 Nghị định số 254/2026/NĐ-CP, người bán chịu trách nhiệm về tính chính xác của hóa đơn đã lập.
2. Lưu ý quan trọng khi kê khai khấu trừ và hoàn thuế giá trị gia tăng
Điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào đã thay đổi đáng kể kể từ khi Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15 có hiệu lực từ ngày 01/7/2025. Ba nội dung dưới đây là những điểm doanh nghiệp thường bỏ sót trong thực tế.
2.1. Tra cứu thời điểm xuất hóa đơn đúng quy định để đảm bảo điều kiện khấu trừ thuế
Theo điểm a khoản 2 Điều 14 Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15, cơ sở kinh doanh phải có hóa đơn GTGT mua hàng hóa, dịch vụ hoặc chứng từ nộp thuế GTGT theo quy định để được xem xét khấu trừ thuế đầu vào.
Từ ngày 01/7/2026, thời điểm lập hóa đơn được thực hiện theo Điều 9 Nghị định số 254/2026/NĐ-CP. Doanh nghiệp cần đối chiếu ngày lập hóa đơn với thời điểm giao hàng, hoàn thành dịch vụ hoặc nghiệm thu thực tế để kịp thời phát hiện sai lệch.
Theo điểm g khoản 1 Điều 10 Nghị định số 254/2026/NĐ-CP, thời điểm lập hóa đơn là một trong những nội dung phải thể hiện trên hóa đơn theo quy định. Vì vậy, việc kiểm tra chỉ tiêu này là cần thiết trước khi sử dụng hóa đơn để kê khai thuế.
2.2. Kiểm tra chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hóa đơn đủ điều kiện theo quy định
Theo điểm b khoản 2 Điều 14 Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15, cơ sở kinh doanh phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào thuộc trường hợp pháp luật quy định.
Theo khoản 1 Điều 26 Nghị định số 181/2025/NĐ-CP, hàng hóa, dịch vụ mua vào có giá trị từ 05 triệu đồng trở lên, đã bao gồm thuế GTGT, phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt để đáp ứng điều kiện khấu trừ. Quy định này đã thay thế ngưỡng 20 triệu đồng trước đây.
Chứng từ bên mua nộp tiền mặt trực tiếp vào tài khoản của bên bán không được xem là chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt theo quy định này.
Đối với trường hợp mua trả chậm, trả góp, doanh nghiệp cần theo dõi thời hạn thanh toán để thực hiện điều chỉnh thuế khi không đáp ứng điều kiện chứng từ theo quy định.
2.3. Rà soát phân bổ thuế giá trị gia tăng đầu vào cho hoạt động chịu thuế và không chịu thuế
Theo nguyên tắc tại Điều 14 Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15, thuế đầu vào chỉ được khấu trừ tương ứng với hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho hoạt động chịu thuế.
Đối với khoản chi phí phục vụ riêng từng hoạt động, doanh nghiệp nên hạch toán riêng ngay từ đầu. Trường hợp hàng hóa, dịch vụ được sử dụng chung thì cần thực hiện phân bổ theo quy định hướng dẫn để xác định chính xác số thuế được khấu trừ.
3. Quản lý thời hạn kê khai và nghĩa vụ nợ thuế theo Luật Quản lý thuế
Nghĩa vụ kê khai và nộp thuế đúng hạn là điều kiện tiên quyết để doanh nghiệp không phát sinh tiền chậm nộp và không bị áp dụng biện pháp cưỡng chế.
3.1. Tuân thủ các mốc thời gian nộp tờ khai thuế GTGT định kỳ để tránh phạt nộp chậm
Theo khoản 1 Điều 14 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, đối với trường hợp người nộp thuế tự tính thuế, thời hạn nộp thuế chậm nhất là ngày cuối cùng của thời hạn nộp hồ sơ khai thuế, trừ các trường hợp pháp luật có quy định khác.
Việc chậm nộp tiền thuế làm phát sinh tiền chậm nộp theo điểm a khoản 1 và điểm a khoản 2 Điều 16 Luật Quản lý thuế 2025. Người nộp thuế chậm nộp tiền thuế so với thời hạn quy định phải nộp tiền chậm nộp với mức 0,03%/ngày tính trên số tiền thuế chậm nộp.
3.2. Theo dõi tình trạng nợ thuế của doanh nghiệp để chủ động khắc phục, tránh bị cưỡng chế
Theo khoản 1 Điều 14 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, trường hợp người nộp thuế tự tính thuế thì thời hạn nộp thuế chậm nhất là ngày cuối cùng của thời hạn nộp hồ sơ khai thuế.
Trường hợp không thực hiện nghĩa vụ nộp thuế đúng thời hạn, người nộp thuế có thể phát sinh tiền chậm nộp và bị áp dụng các biện pháp quản lý nợ, cưỡng chế theo quy định của pháp luật về quản lý thuế. Luật số 108/2025/QH15 có hiệu lực từ ngày 01/7/2026.
3.3. Kê khai điều chỉnh bổ sung kịp thời khi phát hiện sai sót trước khi cơ quan thuế kiểm tra
Khi phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp có sai sót, doanh nghiệp cần chủ động khai bổ sung theo khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 trong thời hạn 05 năm kể từ ngày hết hạn nộp hồ sơ khai thuế.
Theo điểm a khoản 5 Điều 12, người nộp thuế được khai bổ sung trước khi cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra. Các trường hợp khác được thực hiện theo điểm b, c và d khoản 5 Điều 12 của Luật này.
4. Dịch vụ luật sư tư vấn và hỗ trợ phòng ngừa rủi ro thuế tại LCP Law Firm
Luật LCP hỗ trợ doanh nghiệp kiểm soát rủi ro thuế GTGT theo quy trình chuyên trách, bao gồm các công việc:
- Rà soát toàn bộ hóa đơn đầu vào, đối chiếu với dữ liệu trên hệ thống hóa đơn điện tử của cơ quan thuế quản lý.
- Tra cứu và đánh giá tình trạng pháp lý của đối tác giao dịch trước khi doanh nghiệp ký kết hợp đồng.
- Tư vấn điều kiện khấu trừ, phân bổ thuế GTGT đầu vào theo đúng quy định.
- Xây dựng quy trình kiểm soát nội bộ về thời hạn kê khai, nộp thuế, hạn chế phát sinh tiền chậm nộp.
- Đại diện doanh nghiệp làm việc, giải trình với cơ quan thuế quản lý trong quá trình thanh tra, kiểm tra thuế.
- Soạn thảo hồ sơ khiếu nại quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế, hóa đơn khi có căn cứ pháp lý phù hợp.
- Cập nhật và tư vấn kịp thời các văn bản pháp luật thuế mới ban hành có ảnh hưởng đến hoạt động của doanh nghiệp.
>>> Xem thêm: Khởi kiện người lao động khi vi phạm hợp đồng đào tạo nghề
Kết luận:
Việc phòng ngừa vi phạm thuế VAT đòi hỏi doanh nghiệp duy trì đồng thời ba hoạt động: kiểm soát hóa đơn đầu vào, tuân thủ điều kiện khấu trừ thuế và quản lý chặt thời hạn kê khai theo Luật Quản lý thuế.
Quý khách hàng có nhu cầu tư vấn, rà soát hồ sơ thuế hoặc đại diện làm việc với cơ quan thuế, vui lòng liên hệ Luật LCP qua Hotline: 0962275827 để được hỗ trợ trực tiếp.
