Cơ quan thuế kiểm tra vi phạm thuế VAT của doanh nghiệp thông qua hệ thống quản lý rủi ro và dữ liệu hóa đơn điện tử tập trung. Khi phát hiện chênh lệch nghĩa vụ thuế giá trị gia tăng, cơ quan thuế sẽ đối soát chứng từ, dòng tiền và hóa đơn đầu vào. Bài viết Luật LCP phân tích các dấu hiệu rủi ro, quy trình cơ quan thuế kiểm tra và giải pháp xử lý pháp lý.
1. Dấu hiệu nhận diện khiến doanh nghiệp có rủi ro về thuế VAT
Khi phát hiện chênh lệch hoặc giao dịch thiếu căn cứ, cơ quan thuế có thể yêu cầu giải trình hoặc đưa doanh nghiệp vào kế hoạch kiểm tra.
1.1. Tiêu chí phân tích rủi ro đột biến về doanh thu và thuế giá trị gia tăng khấu trừ
Theo Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025, cơ quan thuế kiểm tra dữ liệu kê khai theo từng kỳ thuế để nhận diện biến động không phù hợp. Rủi ro thuế giá trị gia tăng thường xuất hiện khi doanh thu giảm nhưng thuế VAT đầu vào được khấu trừ tăng, hoặc doanh nghiệp liên tục có số thuế giá trị gia tăng âm lớn. Việc xin hoàn thuế VAT, chuyển khấu trừ nhiều kỳ hoặc phát sinh hóa đơn đầu vào giá trị cao cũng có thể được đưa vào diện phân tích.
Các dấu hiệu thường được đối chiếu gồm:
- Doanh thu trên tờ khai VAT không tương ứng với hóa đơn điện tử đã lập;
- Giá trị mua vào
- tăng mạnh nhưng không thể hiện năng lực kho bãi, nhân sự, máy móc hoặc hoạt động kinh doanh tương ứng;
- Thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ lớn hơn bất thường so với doanh thu đầu ra;
- Hàng hóa, dịch vụ mua vào không phục vụ hoạt động sản xuất, kinh doanh chịu thuế VAT;
- Doanh nghiệp kê khai hoàn thuế nhưng hồ sơ, nguồn hàng hoặc dòng tiền có điểm không thống nhất.
1.2. Doanh nghiệp phát sinh giao dịch mua bán hóa đơn với công ty bỏ trốn hoặc ngừng hoạt động
Rủi ro cao phát sinh khi doanh nghiệp nhận hóa đơn từ đơn vị đã bỏ trốn, không còn hoạt động tại địa chỉ đăng ký, ngừng hoạt động nhưng chưa hoàn tất thủ tục đóng mã số thuế, hoặc có dấu hiệu sử dụng hóa đơn không hợp pháp. Cơ quan thuế không chỉ xem tình trạng pháp lý của bên bán mà còn đối chiếu tính có thật của hàng hóa, dịch vụ và dòng tiền thanh toán.
Căn cứ Điều 16 Nghị định 125/2020/NĐ-CP, trường hợp người mua sử dụng hóa đơn, chứng từ không hợp pháp nhưng chứng minh lỗi thuộc về bên bán và đã hạch toán đầy đủ, hành vi có thể bị xử phạt theo nhóm khai sai; mức phạt là 20% số thuế thiếu hoặc số thuế hoàn cao hơn quy định, kèm nghĩa vụ nộp đủ thuế và tiền chậm nộp.
1.3. Công cụ tra cứu danh sách doanh nghiệp thuộc diện rủi ro cao về thuế của cơ quan thuế
Doanh nghiệp nên kiểm tra tình trạng mã số thuế và hóa đơn của đối tác trước khi ký hợp đồng hoặc thanh toán. Việc tra cứu nên thực hiện trên Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế, hệ thống tra cứu hóa đơn điện tử và dữ liệu đăng ký doanh nghiệp.
Danh sách cần kiểm tra gồm doanh nghiệp bỏ trốn, không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký, ngừng hoạt động, có thông báo hóa đơn không còn giá trị sử dụng hoặc có rủi ro về hóa đơn. Tuy nhiên, đối tác không nằm trong danh sách rủi ro không đồng nghĩa hóa đơn đương nhiên hợp pháp; doanh nghiệp vẫn phải chứng minh giao dịch thực tế.
2. Quy trình cơ quan thuế kiểm tra vi phạm thuế VAT tại trụ sở doanh nghiệp
Doanh nghiệp cần nắm rõ từng bước để chuẩn bị đúng hồ sơ, giải trình đúng trọng tâm và bảo lưu ý kiến khi nhận thấy nhận định của đoàn kiểm tra chưa phù hợp với chứng cứ.
2.1. Ban hành quyết định và thông báo kế hoạch kiểm tra thuế giá trị gia tăng
Theo Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025, cơ quan thuế kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp trên cơ sở quyết định kiểm tra của người có thẩm quyền. Quyết định xác định đối tượng kiểm tra, phạm vi, thời kỳ, nội dung, thời hạn và đoàn kiểm tra. Doanh nghiệp có trách nhiệm chuẩn bị hồ sơ, giải trình số liệu và bố trí người đại diện làm việc.
Kiểm tra thuế VAT thường tập trung vào các kỳ khai thuế có biến động lớn, kỳ hoàn thuế, hóa đơn đầu vào giá trị cao, giao dịch liên kết chuỗi hoặc giao dịch với đối tác rủi ro. Cơ quan thuế có thể yêu cầu doanh nghiệp cung cấp sổ cái tài khoản 133, 3331, bảng kê hóa đơn, tờ khai VAT, báo cáo tài chính và chứng từ liên quan.
2.2. Đối soát hóa đơn điện tử, hợp đồng kinh tế và chứng từ thanh toán dòng tiền qua ngân hàng
Trong quá trình cơ quan thuế kiểm tra, dữ liệu hóa đơn điện tử thường được đối chiếu với tờ khai thuế giá trị gia tăng, doanh thu trên báo cáo tài chính và hồ sơ giao dịch. Đoàn kiểm tra sẽ xem xét bên mua, bên bán, nội dung hàng hóa hoặc dịch vụ, thời điểm lập hóa đơn, thời điểm giao nhận và phương thức thanh toán.
Nếu thanh toán không phù hợp, không xác định được người thụ hưởng, dòng tiền quay vòng bất thường hoặc hồ sơ không thể hiện giao dịch thực tế, cơ quan thuế có thể bác thuế giá trị gia tăng đầu vào. Việc chỉ có hóa đơn mà không có chứng cứ giao dịch thực tế không đủ để bảo vệ quyền khấu trừ thuế VAT.
2.3. Lập biên bản kiểm tra và xác định các hành vi vi phạm của doanh nghiệp
Sau khi kết thúc kiểm tra, đoàn kiểm tra lập biên bản ghi nhận số liệu, tài liệu, giải trình của doanh nghiệp và nhận định về từng nội dung. Doanh nghiệp cần đọc kỹ biên bản, đối chiếu từng hóa đơn, từng kỳ thuế và ghi rõ ý kiến không thống nhất trước khi ký.
Nếu phát hiện khai sai dẫn đến thiếu thuế phải nộp hoặc tăng số thuế VAT được hoàn, cơ quan thuế có thể ban hành quyết định xử phạt và truy thu. Căn cứ Điều 16 Nghị định 125/2020/NĐ-CP (được sửa đổi, bổ sung Nghị định 310/2025/NĐ-CP), mức phạt thông thường là 20% số tiền thuế khai thiếu hoặc số tiền thuế hoàn cao hơn quy định; doanh nghiệp còn phải nộp đủ số thuế thiếu và tiền chậm nộp.
3. Các vi phạm thuế VAT phổ biến bị cơ quan thuế phát hiện và xử lý
Các vi phạm thuế VAT thường không chỉ được xác định từ một hóa đơn hoặc một tờ khai. Tùy bản chất và chứng cứ, hành vi có thể bị xác định là khai sai hoặc trốn thuế, dẫn đến truy thu, tiền chậm nộp và xử phạt.
3.1. Kê khai khấu trừ thuế VAT đầu vào đối với hóa đơn không hợp pháp hoặc chưa thanh toán đúng quy định
Vi phạm phổ biến là kê khai khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào từ hóa đơn không hợp pháp, hóa đơn không phản ánh giao dịch thực tế hoặc hóa đơn của doanh nghiệp bỏ trốn. Rủi ro cũng phát sinh khi doanh nghiệp thiếu hồ sơ chứng minh hàng hóa, dịch vụ đã mua và sử dụng cho hoạt động chịu thuế VAT.
Cơ quan thuế kiểm tra không chỉ căn cứ vào hóa đơn. Cơ quan thuế còn đánh giá hợp đồng, năng lực của nhà cung cấp, thực tế giao nhận, kho hàng, vận chuyển, nghiệm thu và dòng tiền thanh toán. Doanh nghiệp cần rà soát nhà cung cấp trước giao dịch, đặc biệt với giao dịch có giá trị lớn hoặc ngành nghề có rủi ro hóa đơn cao.
3.2. Khai khống chi phí và bỏ ngoài sổ sách doanh thu chịu thuế giá trị gia tăng
Doanh nghiệp có thể bị phát hiện khi ghi nhận chi phí không có giao dịch thực tế, mua hóa đơn đầu vào hoặc không xuất hóa đơn đối với hàng hóa, dịch vụ đã bán. Bỏ ngoài sổ sách doanh thu chịu thuế giá trị gia tăng thường được phát hiện qua dữ liệu hóa đơn điện tử, sao kê ngân hàng, đơn hàng, dữ liệu vận chuyển, hồ sơ hải quan hoặc thông tin từ khách hàng.
Khi hồ sơ chứng minh hành vi nhằm che giấu doanh thu hoặc sử dụng hóa đơn không hợp pháp để trốn thuế, rủi ro có thể chuyển từ khai sai sang trốn thuế. Số tiền thuế trốn được xác định là số thuế phải nộp mà cơ quan có thẩm quyền phát hiện và xác định trong biên bản vi phạm hành chính hoặc biên bản thanh tra, kiểm tra thuế.
3.3. Khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế VAT được hoàn
Khai sai có thể do áp dụng sai thuế suất, kê khai sai doanh thu, xác định sai thuế đầu vào được khấu trừ, hạch toán nhầm kỳ hoặc lập hồ sơ hoàn thuế không đầy đủ. Đối với doanh nghiệp, sai sót cần được phát hiện và xử lý trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra để giảm rủi ro xử phạt.
Biện pháp thực tế là rà soát định kỳ tờ khai VAT, hóa đơn đầu vào, hóa đơn đầu ra, bảng tổng hợp thanh toán và hồ sơ hoàn thuế. Khi phát hiện sai sót, doanh nghiệp cần xác định kỳ sai, số thuế chênh lệch, lập hồ sơ khai bổ sung và nộp phần thuế còn thiếu theo quy định.
4. Dịch vụ luật sư tư vấn và hỗ trợ khi cơ quan thuế kiểm tra tại LCP Law Firm
Luật LCP hỗ trợ doanh nghiệp chuẩn bị hồ sơ và làm việc có kiểm soát với cơ quan thuế khi kiểm tra thuế giá trị gia tăng. Cụ thể:
- Rà soát quyết định kiểm tra, phạm vi kiểm tra và thời kỳ kiểm tra thuế VAT;
- Kiểm tra hồ sơ hóa đơn điện tử, tờ khai VAT, hợp đồng, chứng từ thanh toán và sổ kế toán;
- Đánh giá giao dịch với doanh nghiệp bỏ trốn, ngừng hoạt động hoặc có rủi ro hóa đơn;
- Lập bảng đối chiếu thuế giá trị gia tăng đầu vào, đầu ra và số thuế phải nộp;
- Soạn văn bản giải trình, ý kiến đối với biên bản kiểm tra và tài liệu bổ sung;
- Tư vấn khiếu nại hoặc khởi kiện khi quyết định xử phạt không có căn cứ.
Kết luận
Cơ quan thuế kiểm tra thuế giá trị gia tăng chủ yếu dựa trên tính nhất quán giữa hóa đơn điện tử, tờ khai VAT, hàng hóa dịch vụ thực tế, chứng từ thanh toán và sổ sách kế toán. Liên hệ Luật LCP qua Hotline: 0962275827 để được luật sư hỗ trợ rà soát hồ sơ và phương án làm việc với cơ quan thuế.
