Khấu trừ sai quy định vi phạm thuế VAT của doanh nghiệp phát sinh khi kế toán hạch toán thuế GTGT đầu vào không đúng điều kiện khấu trừ. Trường hợp khấu trừ thuế GTGT đầu vào không đúng quy định dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc làm tăng số tiền thuế được hoàn, miễn, giảm thì có thể bị xử phạt theo Điều 16 Nghị định 125/2020/NĐ-CP và các văn bản sửa đổi, bổ sung hiện hành. Nội dung dưới đây trình bày cụ thể quy định liên quan.Khấu trừ sai quy định vi phạm thuế VAT của doanh nghiệp
1. Mức xử phạt khai sai khi khấu trừ sai quy định thuế VAT của doanh nghiệp
Khấu trừ sai quy định thuế GTGT đầu vào thuộc nhóm hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp. Mức phạt tiền căn cứ trên số thuế khai thiếu, không phụ thuộc tỷ lệ chênh lệch so với số phải nộp.
1.1. Mức phạt 20% trên số tiền thuế kê khai thiếu
Theo Điều 16 Nghị định 125/2020/NĐ-CP, hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn bị phạt 20% số tiền thuế khai thiếu hoặc số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn cao hơn quy định. Việc sử dụng hóa đơn, chứng từ không hợp pháp phải được xem xét theo bản chất giao dịch, hậu quả về thuế và các dấu hiệu tại Điều 16, Điều 17 Nghị định 125/2020/NĐ-CP; không phải mọi trường hợp đều được xử lý theo cùng một chế tài. Doanh nghiệp còn bị buộc nộp đủ số tiền thuế thiếu và điều chỉnh lại số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ chuyển kỳ sau.
1.2. Xử phạt hành chính đối với hành vi kê khai sai nhiều tờ khai trong cùng một năm tài chính
Trường hợp sai sót xuất hiện trên nhiều hồ sơ khai thuế, doanh nghiệp cần xác định từng hành vi thuộc vi phạm thủ tục thuế, khai sai theo Điều 16 hay trốn thuế theo Điều 17. Nguyên tắc xử lý nhiều hành vi được áp dụng theo khoản 3 Điều 5 Nghị định 125/2020/NĐ-CP sau khi được sửa đổi bởi Nghị định 310/2025/NĐ-CP; không nên mặc nhiên coi việc sai nhiều tờ khai là tình tiết tăng nặng “vi phạm nhiều lần”. Nếu các tờ khai sai được phát hiện tại các thời điểm khác nhau, mỗi hành vi bị xử phạt riêng theo Điều 16. Số lần vi phạm ảnh hưởng trực tiếp đến mức phạt tiền cuối cùng áp dụng cho doanh nghiệp.
1.3. Xác định thời hiệu xử phạt hành vi khấu trừ sai thuế giá trị gia tăng theo quy định
Theo điểm b khoản 2 Điều 8 Nghị định 125/2020/NĐ-CP, sửa đổi bởi điểm b khoản 6 Điều 1 Nghị định 310/2025/NĐ-CP, thời hiệu xử phạt đối với hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp là 05 năm kể từ ngày thực hiện hành vi vi phạm.Ngày thực hiện hành vi vi phạm là ngày tiếp theo ngày cuối cùng của thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế phát sinh khai thiếu.Quá thời hiệu, doanh nghiệp không bị phạt tiền nhưng vẫn phải nộp đủ số thuế thiếu và tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước.
2. Ranh giới giữa vi phạm khấu trừ sai thuế và hành vi trốn thuế giá trị gia tăng
Không phải mọi trường hợp khấu trừ sai đều bị xử lý theo mức phạt 20% quy định tại Điều 16. Cơ quan thuế xem xét yếu tố lỗi, mục đích và mức độ nghiêm trọng để xác định hành vi có chuyển sang trốn thuế hay không.Ranh giới giữa vi phạm khấu từ sai thuế và hành vi trốn thuế VAT
2.1. Phân biệt lỗi khai sai kỹ thuật với hành vi cố tình sử dụng hóa đơn không hợp pháp
Lỗi khai sai kỹ thuật phát sinh từ sai sót nghiệp vụ, nhầm lẫn số liệu hoặc lỗi phần mềm kế toán, không có yếu tố cố ý che giấu doanh thu. Hành vi cố tình sử dụng hóa đơn, chứng từ không hợp pháp, mua bán hóa đơn khống hoặc hạch toán khống chi phí đầu vào nhằm giảm nghĩa vụ thuế thuộc nhóm hành vi trốn thuế theo Điều 17 Nghị định 125/2020/NĐ-CP.
2.2. Mức xử phạt tiền từ 1 đến 3 lần số tiền thuế khi vi phạm chuyển sang hành vi trốn thuế
Theo Điều 17 Nghị định 125/2020/NĐ-CP, hành vi trốn thuế chưa đến mức truy cứu trách nhiệm hình sự bị phạt từ 1–3 lần số thuế trốn, tùy tình tiết tăng nặng, giảm nhẹ. Ngoài ra, doanh nghiệp phải nộp đủ số thuế trốn và điều chỉnh số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ (nếu có).
2.3. Rủi ro bị truy cứu trách nhiệm hình sự khi khấu trừ sai dẫn đến trốn thuế số lượng lớn
Theo khoản 1 Điều 200 Bộ luật Hình sự năm 2015, được sửa đổi, bổ sung năm 2017, hành vi sử dụng hóa đơn, chứng từ không hợp pháp nhằm làm giảm số thuế phải nộp hoặc tăng số thuế được khấu trừ.Hoàn thuế có thể bị truy cứu về tội trốn thuế nếu số tiền trốn thuế từ 100 triệu đồng trở lên hoặc thuộc trường hợp luật định.Đối với pháp nhân thương mại, điều kiện truy cứu trách nhiệm hình sự được quy định tại khoản 5 Điều 200 Bộ luật Hình sự. Việc chuyển hồ sơ sang cơ quan điều tra phụ thuộc vào dấu hiệu tội phạm và kết quả xác minh của cơ quan có thẩm quyền.
3. Doanh nghiệp nộp bổ sung hoặc khấu trừ sai thì làm như thế nào để khắc phục
Khi phát hiện khấu trừ sai quy định, doanh nghiệp chủ động lập tờ khai bổ sung trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra, thanh tra. Việc tự giác khắc phục giúp hạn chế mức phạt và tránh phát sinh hành vi bị coi là trốn thuế. Quy trình xử lý gồm điều chỉnh tờ khai, rà soát các sắc thuế liên quan và chuẩn bị hồ sơ giải trình.
3.1. Quy trình lập tờ khai bổ sung điều chỉnh giảm số thuế GTGT được khấu trừ
Doanh nghiệp thực hiện khai bổ sung theo khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, xác định đúng kỳ tính thuế và số thuế GTGT đầu vào không đủ điều kiện khấu trừ. Việc khai bổ sung được thực hiện trong thời hạn 05 năm kể từ ngày hết hạn nộp hồ sơ khai thuế, thuộc các trường hợp luật cho phép.
3.2. Phương pháp xử lý đồng thời khi phát sinh sai sót thuế thu nhập cá nhân và thuế TNDN
Sai sót về khấu trừ thuế GTGT thường kéo theo sai lệch chi phí được trừ khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp và số liệu khấu trừ thuế thu nhập cá nhân đối với các khoản chi liên quan đến người lao động. Doanh nghiệp rà soát đồng thời ba sắc thuế, lập tờ khai bổ sung riêng cho từng loại theo đúng kỳ tính thuế phát sinh sai sót. Xử lý đồng bộ giúp tránh tình trạng bị xử phạt nhiều lần cho cùng một nguyên nhân gốc.
3.3. Chuẩn bị hồ sơ giải trình lý do sai sót nhằm giảm thiểu rủi ro bị truy thu và xử phạt
Hồ sơ giải trình gồm công văn nêu nguyên nhân khấu trừ sai, bảng đối chiếu số liệu trước và sau điều chỉnh, chứng từ gốc liên quan đến hóa đơn bị loại khỏi bảng kê khấu trừ. Doanh nghiệp nộp hồ sơ này kèm tờ khai bổ sung để cơ quan thuế xem xét tình tiết giảm nhẹ khi xác định mức xử phạt. Hồ sơ đầy đủ, nhất quán với sổ sách kế toán giúp rút ngắn thời gian giải quyết khi bị yêu cầu giải trình.
4. Giải pháp phòng ngừa vi phạm khấu trừ sai quy định thuế giá trị gia tăng
Phòng ngừa vi phạm khấu trừ sai đòi hỏi doanh nghiệp kiểm soát chứng từ đầu vào ngay từ khâu ghi nhận giao dịch. Ba nhóm giải pháp chính gồm kiểm soát điều kiện thanh toán, xác minh tính hợp pháp của hóa đơn và thiết lập quy trình tự kiểm tra định kỳ. Giải pháp phòng ngừa vi phạm khấu trừ sai quy định thuế VAT
4.1. Đối soát điều kiện thanh toán không dùng tiền mặt đối với hóa đơn mua vào
Theo điểm b khoản 2 Điều 14 Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15 và Điều 26 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, hóa đơn mua vào từ 5 triệu đồng trở lên phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt để được khấu trừ thuế GTGT, trừ trường hợp đặc biệt theo quy định. Do đó, mức 20.000.000 đồng theo quy định trước đây không còn là ngưỡng áp dụng để xác định điều kiện về chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt. Doanh nghiệp cần rà soát các hóa đơn mua vào từ 5 triệu đồng trở lên để bảo đảm đủ điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào.
4.2. Kiểm tra tính hợp pháp của hóa đơn đầu vào và tình trạng hoạt động của doanh nghiệp bán
Doanh nghiệp tra cứu tình trạng hoạt động của bên bán trên hệ thống hóa đơn điện tử của Tổng cục Thuế trước khi ghi nhận chi phí và kê khai khấu trừ. Hóa đơn phát hành từ doanh nghiệp đã ngừng hoạt động, bỏ địa chỉ kinh doanh hoặc bị thông báo không đủ điều kiện sử dụng hóa đơn không được coi là hóa đơn hợp pháp để khấu trừ.
4.3. Lập quy trình tự kiểm tra định kỳ chỉ tiêu thuế GTGT trước khi nộp tờ khai quý
Doanh nghiệp thiết lập quy trình đối chiếu chỉ tiêu thuế GTGT đầu ra, đầu vào với sổ sách kế toán và báo cáo tài chính trước mỗi kỳ nộp tờ khai quý. Quy trình gồm bước kiểm tra điều kiện khấu trừ, đối chiếu hóa đơn với hợp đồng, chứng từ thanh toán và xác nhận số liệu giữa bộ phận kế toán, bán hàng, mua hàng.
5. Dịch vụ luật sư tư vấn và giải quyết vi phạm thuế tại LCP Law Firm
LCP Law Firm hỗ trợ doanh nghiệp xử lý vấn đề pháp lý liên quan đến khấu trừ sai quy định thuế VAT, từ rà soát hồ sơ đến làm việc với cơ quan thuế. Công việc luật sư thực hiện cho khách hàng gồm:
Khấu trừ sai quy định vi phạm thuế VAT của doanh nghiệp cần xử lý kịp thời để tránh chuyển hóa thành hành vi trốn thuế với mức phạt cao hơn. Quý khách hàng nên rà soát chứng từ, nộp tờ khai bổ sung sớm và chuẩn bị hồ sơ giải trình đầy đủ. LCP Law Firm hỗ trợ Quý khách hàng đánh giá rủi ro và làm việc với cơ quan thuế. Quý khách hàng cần tư vấn cụ thể, vui lòng liên hệ Hotline: 0962275827.
