Cách phát hiện vi phạm thuế VAT của doanh nghiệp sớm nhất bắt đầu từ việc nhận diện dấu hiệu bất thường trong dữ liệu kê khai, hóa đơn điện tử và tỷ lệ khấu trừ thuế đầu vào. Theo Luật Quản lý thuế 2025, cơ quan thuế đang chuyển sang cơ chế quản lý dựa trên dữ liệu và phân loại rủi ro, khiến sai sót kê khai thuế GTGT dễ bị phát hiện hơn trước đây. Bài viết dưới đây phân tích dấu hiệu rủi ro, phương pháp kiểm tra nội bộ, kỹ thuật đối chiếu số liệu và giải pháp khắc phục dành cho doanh nghiệp.
I. Dấu hiệu doanh nghiệp có rủi ro cao về sai phạm kê khai thuế GTGT
Trước khi cơ quan thuế thanh tra, kiểm tra, doanh nghiệp có thể xuất hiện nhiều dấu hiệu rủi ro sai phạm thuế GTGT thông qua dữ liệu kê khai, hóa đơn điện tử và tỷ lệ khấu trừ thuế đầu vào. Nhận diện sớm giúp doanh nghiệp chủ động rà soát, khắc phục sai sót và hạn chế nguy cơ bị truy thu, xử phạt.
- Doanh thu bán ra và thuế GTGT phải nộp biến động bất thường: Theo khoản 2 Điều 8 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, thời điểm xác định thuế GTGT được căn cứ theo thời điểm chuyển giao hàng hóa, dịch vụ hoặc hoàn thành việc cung cấp dịch vụ theo quy định. Chênh lệch bất thường có thể là dấu hiệu xác định sai thời điểm tính thuế hoặc bỏ sót doanh thu chịu thuế.
- Dữ liệu hóa đơn điện tử không khớp với kê khai thuế: Cơ quan thuế sử dụng dữ liệu quản lý thuế để phân tích, đánh giá mức độ tuân thủ và rủi ro của người nộp thuế. Vì vậy, chênh lệch giữa hóa đơn điện tử và tờ khai thuế GTGT có thể làm phát sinh yêu cầu giải trình, rà soát.
- Tỷ lệ khấu trừ thuế GTGT đầu vào cao bất thường: Thuế GTGT đầu vào phải đáp ứng điều kiện khấu trừ theo Điều 14 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 và quy định liên quan về thanh toán không dùng tiền mặt. Tỷ lệ khấu trừ cao nhưng hồ sơ, hóa đơn, chứng từ không đầy đủ là dấu hiệu rủi ro thuế GTGT cần được kiểm tra sớm.
II. Phương pháp kiểm tra nội bộ để phát hiện sớm sai sót thuế GTGT
Doanh nghiệp nên xây dựng quy trình kiểm tra nội bộ thuế GTGT định kỳ để phát hiện và xử lý sớm sai sót trước khi cơ quan thuế thanh tra, kiểm tra. Trọng tâm là rà soát nhà cung cấp, đối chiếu hóa đơn đầu vào và kiểm tra chứng từ thanh toán.
- Rà soát nhà cung cấp có dấu hiệu bỏ trốn hoặc ngừng hoạt động: Theo Điều 14 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024, thuế GTGT đầu vào được khấu trừ phải đáp ứng điều kiện về hóa đơn, chứng từ hợp pháp. Do đó, doanh nghiệp cần kiểm tra tình trạng hoạt động của nhà cung cấp để hạn chế rủi ro hóa đơn bị loại khi kiểm tra thuế.
- Đối chiếu hóa đơn mua vào trên hệ thống thuế điện tử: Doanh nghiệp cần thường xuyên kiểm tra dữ liệu hóa đơn điện tử, đối chiếu với sổ kế toán và chứng từ thực tế nhằm phát hiện kịp thời hóa đơn sai thông tin, chênh lệch giá trị hoặc dữ liệu chưa đầy đủ.
- Kiểm tra chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt: Theo Điều 26 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định 144/2026/NĐ-CP, hàng hóa, dịch vụ mua vào từ 05 triệu đồng trở lên (đã bao gồm thuế GTGT) phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt theo quy định để đáp ứng điều kiện khấu trừ.
III. Kỹ thuật đối chiếu số liệu thuế GTGT và thuế thu nhập doanh nghiệp
Đối chiếu số liệu thuế GTGT và thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) là kỹ thuật kiểm soát giúp doanh nghiệp phát hiện sai lệch trong quá trình kê khai thuế. Doanh thu, chi phí và dòng tiền cần được phản ánh thống nhất, có căn cứ trên các hồ sơ, tờ khai thuế liên quan.
Đối chiếu doanh thu tính thuế GTGT và thuế TNDN
Doanh nghiệp cần kiểm tra sự phù hợp giữa doanh thu tính thuế TNDN và doanh thu tính thuế GTGT theo khoản 2 Điều 8 Nghị định 181/2025/NĐ-CP. Chênh lệch doanh thu cần được xác định rõ nguyên nhân và có đầy đủ chứng từ chứng minh.
Kiểm tra chi phí đầu vào và hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT
Chi phí được trừ khi tính thuế TNDN phải đáp ứng điều kiện về hồ sơ, hóa đơn, chứng từ theo quy định. Đồng thời, doanh nghiệp nên đối chiếu chi phí đầu vào với hóa đơn GTGT và hàng hóa, dịch vụ thực tế phát sinh để hạn chế sai lệch.
Đối chiếu dòng tiền và thời điểm lập hóa đơn GTGT
Theo Nghị định 181/2025/NĐ-CP, thời điểm xác định thuế GTGT không phụ thuộc vào thời điểm thu tiền trong các trường hợp luật định. Vì vậy, doanh nghiệp cần đối chiếu dòng tiền thực tế, thời điểm lập hóa đơn và kỳ kê khai thuế để xác định đúng nghĩa vụ thuế.
Việc đối chiếu định kỳ giúp doanh nghiệp kiểm soát rủi ro thuế, hạn chế sai sót kê khai và chủ động giải trình khi cơ quan thuế kiểm tra.
Xem thêm: Hướng dẫn giải trình vi phạm thuế VAT của doanh nghiệp với cơ quan thuế
IV. Giải pháp khắc phục khi phát hiện sớm vi phạm thuế GTGT tại doanh nghiệp
Khi phát hiện sớm sai sót, doanh nghiệp cần áp dụng giải pháp khắc phục đúng trình tự pháp luật quy định. Giải pháp này gồm lập hồ sơ khai bổ sung, tự tính và nộp số thuế, tiền chậm nộp phát sinh, đồng thời chuẩn bị tài liệu giải trình. Thực hiện đúng quy trình giúp doanh nghiệp giảm mức xử phạt và hạn chế nguy cơ bị chuyển hồ sơ sang cơ quan điều tra.
- Áp dụng quy trình tự lập hồ sơ khai bổ sung điều chỉnh tờ khai thuế GTGT: Luật Quản lý thuế 2025 (Luật số 108/2025/QH15) quy định người nộp thuế được chủ động khai bổ sung hồ sơ khai thuế khi phát hiện sai sót, làm căn cứ giảm nhẹ trách nhiệm khi xử lý vi phạm.
- Truy thu số tiền thuế phát sinh và tự tính tiền chậm nộp vào Kho bạc Nhà nước: Việc chủ động nộp đủ số thuế truy thu và tiền chậm nộp trước khi có quyết định thanh tra, kiểm tra của cơ quan thuế là tình tiết giảm nhẹ được xem xét khi xác định mức phạt tiền cụ thể theo Nghị định 68/2025/NĐ-CP sửa đổi, bổ sung Nghị định 118/2021/NĐ-CP.
- Chuẩn bị tài liệu giải trình tính hợp lý của số liệu thuế trước kỳ kiểm tra: Nghị định 118/2021/NĐ-CP, được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định 68/2025/NĐ-CP và Nghị định 190/2025/NĐ-CP, quy định trình tự, thủ tục xử phạt vi phạm hành chính về thuế. Doanh nghiệp có quyền giải trình trước khi cơ quan thuế ra quyết định xử phạt theo Luật Xử lý vi phạm hành chính 2012 (sửa đổi, bổ sung 2020, 2025).
V. Dịch vụ luật sư tư vấn và rà soát rủi ro thuế tại Công ty Luật LCP
Luật LCP cung cấp dịch vụ pháp lý dành cho các doanh nghiệp trong lĩnh vực thuế:
- Rà soát hồ sơ khai thuế, hóa đơn, chứng từ kế toán để xác định mức độ tuân thủ, mức độ rủi ro của doanh nghiệp.
- Tư vấn phân biệt hành vi bị xử phạt hành chính và hành vi có nguy cơ bị truy cứu trách nhiệm hình sự theo Điều 200 Bộ luật Hình sự.
- Hỗ trợ lập hồ sơ khai bổ sung, khắc phục sai sót nhằm chủ động nộp đủ số thuế trốn và tiền chậm nộp trước khi bị xử phạt, đồng thời cải thiện kết quả xếp hạng tuân thủ pháp luật thuế.
- Soạn thảo văn bản giải trình, đề xuất áp dụng tình tiết giảm nhẹ khi làm việc với cơ quan thuế hoặc cơ quan điều tra.
- Đại diện hoặc đồng hành cùng doanh nghiệp trong quá trình thanh tra, kiểm tra thuế và tố tụng hình sự nếu vụ việc bị khởi tố.
- Tư vấn lập đơn khiếu nại quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế hoặc hồ sơ khởi kiện vụ án hành chính khi cần thiết.
Kết luận
Phát hiện sớm vi phạm thuế GTGT giúp doanh nghiệp chủ động khắc phục, giảm mức xử phạt và tránh nguy cơ bị truy cứu trách nhiệm hình sự theo Điều 200 Bộ luật Hình sự.
Khi rà soát hồ sơ khai thuế hoặc gặp vướng mắc trong quá trình làm việc với cơ quan thuế, Quý khách hàng có thể liên hệ Công ty Luật LCP để được luật sư tư vấn trực tiếp, xây dựng phương án xử lý phù hợp với từng vụ việc cụ thể qua Hotline: 0962275827.
