Căn cứ xác định vi phạm thuế VAT của doanh nghiệp là hệ thống dữ liệu, hồ sơ và quy trình đối chiếu mà cơ quan thuế sử dụng để kết luận một hành vi có cấu thành vi phạm hay không. Luật LCP phân tích từng căn cứ cụ thể mà cơ quan thuế áp dụng khi kết luận doanh nghiệp vi phạm thuế GTGT dưới đây.
1. Căn cứ đối chiếu hồ sơ khai thuế GTGT và sổ sách kế toán của doanh nghiệp
Cơ quan thuế xác định vi phạm trước tiên bằng cách đối chiếu chéo giữa tờ khai thuế GTGT, báo cáo tài chính và sổ sách kế toán nội bộ của doanh nghiệp.
1.1. Sự bất hợp lý giữa Tờ khai thuế GTGT hàng tháng với Báo cáo tài chính năm
Tổng doanh thu, thuế GTGT đầu ra cộng dồn từ các tờ khai hàng tháng phải khớp với chỉ tiêu doanh thu trên báo cáo tài chính năm; chênh lệch phát sinh khi doanh nghiệp điều chỉnh hóa đơn sau kỳ kê khai mà không cập nhật lại tờ khai, hoặc hạch toán doanh thu vào tài khoản không đúng bản chất giao dịch chịu thuế.
Căn cứ khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế 2025, doanh nghiệp phát hiện sai sót được khai bổ sung trong thời hạn 5 năm kể từ ngày hết hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ có sai sót, trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra; nếu không chủ động điều chỉnh, chênh lệch tồn đọng nhiều kỳ liên tiếp trở thành căn cứ để cơ quan thuế xác định vi phạm khi đối chiếu quyết toán năm.
1.2. Chênh lệch doanh thu tính thuế GTGT và doanh thu ghi nhận thuế Thu nhập doanh nghiệp
Doanh thu tính thuế GTGT xác định theo Điều 7 Luật Thuế GTGT 2024 và doanh thu tính thuế thu nhập doanh nghiệp không phải lúc nào cũng trùng khớp tuyệt đối do khác biệt về thời điểm ghi nhận hoặc khoản mục được loại trừ; tuy nhiên chênh lệch bất thường, lặp lại nhiều kỳ mà doanh nghiệp không giải trình được nguyên nhân hợp lý là căn cứ cơ quan thuế đưa vào diện nghi vấn kê khai thiếu doanh thu.
1.3. Hồ sơ chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt khi Khấu trừ thuế GTGT đầu vào
Theo khoản 2 Điều 14 Luật Thuế GTGT 2024, hàng hóa, dịch vụ mua vào từ 5 triệu đồng trở lên phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt mới đủ điều kiện khấu trừ; căn cứ Điều 25, Điều 26 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, trường hợp mua nhiều lần trong ngày với tổng giá trị đạt ngưỡng quy định cũng áp dụng yêu cầu tương tự. Hồ sơ khấu trừ thiếu chứng từ thanh toán, hoặc chứng từ không đứng tên doanh nghiệp mua hàng, là căn cứ trực tiếp và phổ biến nhất để cơ quan thuế loại số thuế đã khấu trừ khi kiểm tra.
2. Căn cứ xác định vi phạm từ hệ thống cơ sở dữ liệu hóa đơn điện tử
Ba nhóm căn cứ phát sinh từ dữ liệu điện tử gồm chênh lệch đối soát đầu vào – đầu ra, dấu hiệu sử dụng hóa đơn từ doanh nghiệp bỏ trốn và sai lệch thời điểm lập hóa đơn.
2.1. Dữ liệu đối soát hóa đơn đầu vào và đầu ra trên hệ thống của cơ quan Thuế
Căn cứ Điều 26 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 về hóa đơn điện tử và Nghị định 254/2026/NĐ-CP quy định chi tiết thi hành, cơ quan thuế xây dựng cơ sở dữ liệu hóa đơn điện tử tập trung, tự động đối soát số lượng, giá trị hóa đơn đầu vào bên mua kê khai với hóa đơn đầu ra bên bán đã xuất. Doanh nghiệp kê khai khấu trừ hóa đơn không tồn tại trên hệ thống, hoặc giá trị khấu trừ vượt số hóa đơn bên bán đã xuất, bị hệ thống tự động đánh dấu là căn cứ vi phạm để chuyển sang bước kiểm tra.
2.2. Dấu hiệu Doanh nghiệp vi phạm sử dụng hóa đơn từ các đơn vị bỏ trốn
Hóa đơn của tổ chức đã bị cơ quan thuế thông báo không hoạt động tại địa chỉ đăng ký kinh doanh hoặc bỏ trốn không còn giá trị khấu trừ dù hình thức chứng từ đầy đủ; theo Điều 28 Nghị định 125/2020/NĐ-CP, doanh nghiệp sử dụng loại hóa đơn này bị xác định là hành vi sử dụng hóa đơn không hợp pháp và bị xử phạt độc lập với việc bị loại số thuế đã khấu trừ. Dữ liệu về doanh nghiệp bỏ trốn được cơ quan thuế cập nhật và chia sẻ trên hệ thống hóa đơn điện tử, nên đây là căn cứ dễ xác định nhất khi rà soát hồ sơ khấu trừ.
2.3. Sai lệch thời điểm lập hóa đơn so với thời điểm phát sinh nghĩa vụ nộp thuế
Theo khoản 1 Điều 8 Luật Thuế GTGT 2024 và Điều 9 Nghị định 254/2026/NĐ-CP, thời điểm lập hóa đơn bán hàng là thời điểm chuyển giao quyền sở hữu hoặc quyền sử dụng hàng hóa, còn đối với dịch vụ là thời điểm hoàn thành cung cấp hoặc thời điểm thu tiền nếu thu trước. Hóa đơn lập sau thời điểm phát sinh nghĩa vụ thuế là căn cứ xử phạt theo Điều 24 Nghị định 125/2020/NĐ-CP, được sửa đổi bởi Nghị định 310/2025/NĐ-CP; nếu chênh lệch thời điểm còn kéo theo dịch chuyển doanh thu, số thuế sang kỳ sau thì đồng thời là căn cứ truy thu số thuế nộp thiếu.
3. Căn cứ kết luận hành vi vi phạm và quyết định xử phạt vi phạm hành chính
Ba căn cứ quyết định trực tiếp đến việc ra quyết định xử phạt gồm biên bản kiểm tra thực tế, yếu tố cố ý hoặc vô ý và mức độ thiệt hại ngân sách.
3.1. Biên bản kiểm tra thanh tra thuế và giải trình thực tế của doanh nghiệp
Căn cứ Điều 22 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, cơ quan thuế thực hiện kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế trong các trường hợp hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoặc sau hoàn thuế, hồ sơ khai thuế cần làm rõ hoặc có dấu hiệu vi phạm. Biên bản kiểm tra, cùng văn bản giải trình của doanh nghiệp trong quá trình làm việc, là căn cứ pháp lý trực tiếp để cơ quan thuế kết luận hành vi vi phạm; doanh nghiệp không có mặt hoặc không giải trình được số liệu bất thường thường bị kết luận theo hướng bất lợi.
3.2. Yếu tố cố ý hoặc vô ý dẫn đến vi phạm quy định của pháp luật thuế
Theo khoản 1 Điều 2 Nghị định 125/2020/NĐ-CP, được sửa đổi bởi Nghị định 310/2025/NĐ-CP, vi phạm hành chính về thuế là hành vi có lỗi của tổ chức, cá nhân vi phạm quy định pháp luật quản lý thuế mà không cấu thành tội phạm; hành vi vô ý như kê khai nhầm chỉ tiêu vẫn bị xử phạt hành chính, trong khi hành vi cố ý che giấu doanh thu, sử dụng hóa đơn khống mang tính chất nghiêm trọng hơn và có thể bị xem xét trách nhiệm hình sự. Yếu tố lỗi cố ý hay vô ý không quyết định việc có vi phạm hay không, nhưng là căn cứ quan trọng để xác định khung hình phạt áp dụng.
3.3. Mức độ thiệt hại ngân sách và các tình tiết tăng nặng giảm nhẹ áp dụng
Căn cứ khoản 3 Điều 5 Nghị định 125/2020/NĐ-CP, được sửa đổi bởi Nghị định 310/2025/NĐ-CP, doanh nghiệp có từ hai tình tiết giảm nhẹ trở lên được áp dụng mức phạt tối thiểu của khung, ngược lại có từ hai tình tiết tăng nặng trở lên bị áp dụng mức tối đa. Vi phạm có quy mô lớn được xác định khi số tiền trốn thuế từ 100 triệu đồng trở lên hoặc vi phạm hóa đơn liên quan từ 10 số trở lên; đây là căn cứ trực tiếp để cơ quan thuế áp dụng tình tiết tăng nặng khi ra quyết định xử phạt.
4. Dịch vụ luật sư tư vấn và rà soát căn cứ pháp lý thuế tại LCP Law Firm
Luật LCP hỗ trợ doanh nghiệp rà soát toàn bộ căn cứ có thể dẫn đến kết luận vi phạm thuế GTGT trước khi cơ quan thuế tiến hành kiểm tra.
Đội ngũ luật sư thực hiện các công việc sau:
- Đối chiếu tờ khai thuế GTGT hàng tháng với báo cáo tài chính năm để phát hiện chênh lệch trước kỳ quyết toán.
- Rà soát tính hợp lệ của hóa đơn, chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt khi khấu trừ thuế GTGT đầu vào.
- Kiểm tra dữ liệu hóa đơn điện tử trên hệ thống của cơ quan thuế, phát hiện sớm dấu hiệu liên quan hóa đơn từ đơn vị bỏ trốn.
- Đánh giá yếu tố lỗi, tình tiết tăng nặng, giảm nhẹ để xây dựng phương án giảm nhẹ mức xử phạt.
- Đại diện khiếu nại quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế khi có căn cứ pháp lý phù hợp.
Kết luận
Xác định đúng căn cứ vi phạm thuế VAT giúp doanh nghiệp chủ động phòng ngừa rủi ro trước khi bị truy thu, xử phạt. Quý khách hàng có nhu cầu rà soát căn cứ pháp lý thuế GTGT hoặc cần luật sư đồng hành khi làm việc với cơ quan thuế, xin liên hệ Luật LCP qua Hotline: 0962275827 để được tư vấn trực tiếp.
