Quên nộp tờ khai quý xử lý vi phạm thuế VAT của doanh nghiệp là tình huống phổ biến khi kế toán bỏ sót thời hạn kê khai theo Luật Quản lý thuế. Hành vi này bị xử phạt theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP, mức phạt tính theo số ngày chậm nộp tờ khai thuế GTGT. Nội dung dưới đây trình bày cụ thể các quy định liên quan.Quên nộp tờ khai quý xử lý vi phạm thuế VAT
1. Mức xử phạt vi phạm hành chính khi doanh nghiệp quên nộp tờ khai thuế GTGT
Nghị định 125/2020/NĐ-CP quy định khung xử phạt đối với hành vi chậm nộp tờ khai thuế theo số ngày vi phạm. Doanh nghiệp, hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh đều thuộc phạm vi điều chỉnh.
1.1. Khung xử phạt tiền tùy thuộc theo số ngày chậm nộp tờ khai thuế quý
Theo Điều 13 Nghị định 125/2020/NĐ-CP, sửa đổi bởi khoản 10 Điều 1 Nghị định 310/2025/NĐ-CP:
Chậm từ 01 đến 05 ngày, có tình tiết giảm nhẹ: Phạt cảnh cáo.
Chậm từ 01 đến 30 ngày: Phạt tiền từ 2.000.000 đồng đến 5.000.000 đồng.
Chậm từ 31 đến 60 ngày: Phạt tiền từ 5.000.000 đồng đến 8.000.000 đồng.
Chậm từ 61 đến 90 ngày: Phạt tiền từ 8.000.000 đồng đến 15.000.000 đồng.
Theo khoản 5 Điều 5 Nghị định 125/2020/NĐ-CP, hộ kinh doanh, hộ gia đình và cá nhân thực hiện hành vi vi phạm hành chính về thuế, hóa đơn chịu mức phạt tiền bằng 1/2 mức phạt tiền đối với tổ chức.
1.2. Mức xử phạt đối với trường hợp chậm nộp tờ khai thuế nhưng không phát sinh số tiền thuế phải nộp
Trường hợp nộp hồ sơ khai thuế quá hạn trên 90 ngày nhưng không phát sinh số thuế phải nộp, doanh nghiệp vẫn bị xử phạt trong khung 8.000.000-15.000.000 đồng theo Điều 13 Nghị định 125/2020/NĐ-CP, kèm biện pháp khắc phục hậu quả.Nếu chậm trên 90 ngày, có phát sinh số thuế phải nộp, đã nộp đủ tiền thuế và tiền chậm nộp trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra hoặc thanh tra, mức phạt áp dụng 15.000.000-25.000.000 đồng.
1.3. Trường hợp bị truy cứu hành vi trốn thuế
Khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp bị xử phạt theo Điều 16 Nghị định 125/2020/NĐ-CP với mức phạt 20% số tiền thuế khai thiếu, cộng tiền chậm nộp. Trường hợp cơ quan thuế xác định hành vi cố ý, không kê khai nhằm che giấu doanh thu hoặc dùng chứng từ không hợp pháp.Hành vi bị xử lý theo Điều 17 Nghị định 125/2020/NĐ-CP về trốn thuế, mức phạt tính theo số lần số thuế trốn tùy tình tiết tăng nặng, giảm nhẹ, hoặc chuyển hồ sơ sang cơ quan điều tra nếu đủ dấu hiệu tội phạm.
2. Quy trình hướng dẫn kê khai và nộp bù tờ khai thuế quý bị quên
Khi phát hiện quên nộp tờ khai thuế quý, doanh nghiệp nộp bù ngay hồ sơ khai thuế GTGT trên hệ thống Thuế điện tử. Việc chủ động nộp bù trước khi cơ quan thuế lập biên bản vi phạm là căn cứ áp dụng tình tiết giảm nhẹ. Quy trình gồm các bước xác định kỳ tính thuế, chuẩn bị số liệu và nộp hồ sơ chính thức.Quy trình hướng dẫn kê khai và nộp bù tờ khai thuế quý
2.1. Các bước lập và nộp tờ khai thuế GTGT chính thức trên hệ thống Thuế điện tử
Doanh nghiệp đăng nhập Hệ thống thuế điện tử của cơ quan thuế bằng chữ ký số, chọn đúng kỳ tính thuế quý bị bỏ sót.Doanh nghiệp lập tờ khai thuế GTGT theo Mẫu 01/GTGT tại Phụ lục I ban hành kèm Thông tư 89/2026/TT-BTC. Số liệu kê khai gồm doanh thu, thuế GTGT đầu ra, đầu vào được khấu trừ và số thuế phải nộp hoặc còn được khấu trừ chuyển kỳ sau. Sau khi ký số và gửi tờ khai, hệ thống trả thông báo tiếp nhận làm căn cứ đối chiếu.
2.2. Hướng dẫn nộp bù cho trường hợp hộ kinh doanh có doanh thu dưới 500 triệu
Hộ kinh doanh có doanh thu dưới ngưỡng chịu thuế GTGT theo Luật Thuế giá trị gia tăng không phát sinh số thuế phải nộp, nhưng vẫn phải nộp tờ khai nếu thuộc diện đăng ký kê khai theo quý. Ví dụ, hộ kinh doanh có doanh thu dưới 500 triệu đồng một năm nhưng đã được cơ quan thuế thông báo áp dụng phương pháp kê khai, nếu quên nộp tờ khai vẫn bị xử phạt theo khung tại Điều 13 Nghị định 125/2020/NĐ-CP tương ứng số ngày chậm, dù không phát sinh thuế phải nộp.
2.3. Xử lý chứng từ mua hàng không có hóa đơn hợp lệ khi lập lại tờ khai thuế GTGT bổ sung
Khi lập lại tờ khai thuế GTGT bổ sung, doanh nghiệp rà soát toàn bộ chứng từ mua hàng. Chứng từ mua hàng không có hóa đơn hợp lệ không đủ điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo Luật Thuế giá trị gia tăng, làm số thuế phải nộp tăng so với số liệu ước tính ban đầu. Doanh nghiệp loại các khoản chi không hóa đơn, chứng từ hợp pháp khỏi bảng kê khấu trừ, lưu hồ sơ giải trình nguồn gốc hàng hóa phục vụ kiểm tra thuế sau này.
3. Biện pháp khắc phục hậu quả và tính tiền chậm nộp thuế giá trị gia tăng
Ngoài mức phạt hành chính đối với hành vi chậm nộp tờ khai, doanh nghiệp còn thực hiện biện pháp khắc phục hậu quả và chịu tiền chậm nộp tính trên số thuế phát sinh.Biện pháp khắc phục hậu quả và tính tiền chậm nộp thuế VAT
3.1. Cách tính tiền chậm nộp tiền thuế GTGT phát sinh theo quy định của Luật Quản lý thuế
Tiền chậm nộp tiền thuế được tính theo mức 0,03% mỗi ngày trên số tiền thuế chậm nộp, áp dụng từ ngày tiếp theo ngày cuối cùng của thời hạn nộp thuế đến ngày liền kề trước ngày nộp tiền thuế nợ vào ngân sách, tính cả ngày lễ, ngày nghỉ.
3.2. Chuẩn bị hồ sơ văn bản giải trình lý do vi phạm nộp tờ khai thuế quý để xin giảm nhẹ mức phạt
Doanh nghiệp lập văn bản giải trình lý do chậm nộp tờ khai thuế quý, nêu nguyên nhân, thời điểm phát hiện và biện pháp khắc phục đã thực hiện.Hồ sơ gồm công văn giải trình, tài liệu chứng minh nguyên nhân khách quan nếu có, và bản sao tờ khai đã nộp bù. Tình tiết giảm nhẹ được xem xét khi doanh nghiệp tự giác khắc phục hậu quả trước khi cơ quan thuế phát hiện, giúp giảm mức phạt trong khung quy định.
3.3. Các trường hợp doanh nghiệp chậm nộp tờ khai thuế GTGT do sự kiện bất khả kháng không bị xử phạt
Điều 9 Nghị định 125/2020/NĐ-CP quy định không xử phạt vi phạm hành chính về thuế trong trường hợp bất khả kháng như thiên tai, hỏa hoạn, dịch bệnh hoặc do sự cố kỹ thuật hệ thống đã được cơ quan thuế thông báo.Doanh nghiệp thuộc trường hợp này chuẩn bị hồ sơ chứng minh nguyên nhân bất khả kháng, kèm văn bản đề nghị miễn xử phạt gửi cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
4. Dịch vụ luật sư tư vấn và hỗ trợ xử lý vi phạm thuế tại LCP Law Firm
LCP Law Firm hỗ trợ doanh nghiệp xử lý quy trình khắc phục vi phạm liên quan đến việc quên nộp tờ khai thuế quý, từ xác định mức phạt đến làm việc với cơ quan thuế. Công việc luật sư thực hiện cho khách hàng gồm:
Rà soát hồ sơ thuế, xác định số ngày chậm nộp và khung phạt.
Lập và nộp bù tờ khai thuế GTGT trên hệ thống Thuế điện tử.
Soạn văn bản giải trình lý do vi phạm và hồ sơ đề nghị xem xét tình tiết giảm nhẹ.
Tính tiền chậm nộp tiền thuế theo Luật Quản lý thuế.
Đại diện làm việc với cơ quan thuế trong quá trình kiểm tra, xử phạt hành chính.
Tư vấn hồ sơ miễn xử phạt trường hợp bất khả kháng.
Quên nộp tờ khai quý xử lý vi phạm thuế VAT của doanh nghiệp đòi hỏi Quý khách hàng xác định đúng khung phạt, nộp bù tờ khai kịp thời và chuẩn bị hồ sơ giải trình phù hợp để giảm thiểu rủi ro tài chính. LCP Law Firm hỗ trợ Quý khách hàng rà soát hồ sơ, làm việc với cơ quan thuế và xử lý vướng mắc pháp lý liên quan. Quý khách hàng cần tư vấn cụ thể, vui lòng liên hệ Hotline: 0962275827.
