Công ty bị truy thu thuế cần đối chiếu ngày quyết định, biên bản và phụ lục tính tiền thuế để xác định đúng sắc thuế, kỳ tính thuế, căn cứ truy thu, tiền chậm nộp và tiền phạt. Việc xử lý đúng từ đầu giúp công ty hạn chế rủi ro bị cưỡng chế, phát sinh thêm tiền chậm nộp hoặc bị đánh giá là trốn thuế. Nội dung dưới đây, Luật LCP hướng dẫn cách kiểm tra hồ sơ, nộp tiền, hạch toán và bảo vệ quyền lợi khi bị truy thu thuế.
1. Quy trình xử lý ban đầu khi công ty bị truy thu thuế và phạt tiền
Công ty bị truy thu thuế tiền thuế cần thực hiện ngay các bước rà soát chứng từ hồ sơ khai thuế. Việc phân tích văn bản hành chính giúp doanh nghiệp chủ động phương án giải trình hoặc nộp bổ sung tiền thuế theo quy định.
1.1. Kiểm tra thông tin từ thông báo của cơ quan quản lý về số tiền nộp bổ sung
Khi nhận thông báo, doanh nghiệp tiến hành kiểm tra thông tin từ thông báo truy cập hoặc văn bản chính thức của cơ quan thuế quản lý trực tiếp. Doanh nghiệp rà soát căn cứ pháp lý, phương pháp tính, số tiền nộp bổ sung, số tiền phạt hành chính và tiền chậm nộp. Theo Điều 89 Luật Quản lý thuế 2019, thông báo nợ thuế và quyết định xử lý phải nêu rõ căn cứ pháp lý, thời hạn nộp và quyền khiếu nại của người nộp thuế. Trường hợp phát hiện sai lệch số liệu so với sổ sách kế toán, doanh nghiệp lập hồ sơ đối chiếu gửi cơ quan thuế.
1.2. Xác định nguyên nhân vì sao bị xử phạt và phân biệt giữa nhầm lẫn với trốn thuế
Công ty bị truy thu thuế có thể do hạch toán sai doanh thu, chi phí không đủ điều kiện, khấu trừ thuế giá trị gia tăng sai, kê khai thiếu thuế thu nhập doanh nghiệp, thuế thu nhập cá nhân hoặc dùng hóa đơn không hợp pháp. Đây có thể là hành vi khai sai, nhưng không phải mọi sai sót đều là trốn thuế.
Trốn thuế thường gắn với hành vi cố ý che giấu doanh thu, sử dụng hóa đơn hoặc chứng từ không hợp pháp, không xuất hóa đơn, lập hồ sơ giả hoặc khai sai để giảm số tiền thuế phải nộp. Nếu công ty chỉ thực hiện theo văn bản hướng dẫn hoặc quyết định xử lý của cơ quan có thẩm quyền về nghĩa vụ thuế, công ty có thể thuộc trường hợp không bị xử phạt và không bị tính tiền chậm nộp, trừ ngoại lệ luật định Điều 9 Nghị định 125/2020/NĐ-CP.
2. Hướng dẫn nộp đủ tiền thuế và thực hiện hạch toán kế toán theo đúng quy định
Sau khi xác định nghĩa vụ, bị truy thu thuế yêu cầu doanh nghiệp hoàn thành việc nộp tiền và điều chỉnh sổ sách kế toán. Quá trình này đảm bảo tuân thủ chuẩn mực kế toán và pháp luật quản lý thuế.
2.1. Nghĩa vụ hoàn thành số tiền bị truy thu thuế và tiền chậm nộp đúng thời hạn
Doanh nghiệp có nghĩa vụ nộp đủ tiền thuế truy thu thuế và tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước theo thời hạn ghi trên quyết định xử lý. Theo khoản 2 Điều 16 Điều 59 Luật Quản lý thuế 2025, mức tiền chậm nộp tính bằng 0,03%/ngày trên số tiền thuế chậm nộp. Quá 90 ngày kể từ ngày hết thời hạn nộp thuế, cơ quan thuế áp dụng các biện pháp cưỡng chế thi hành quyết định hành chính theo khoản 1 Điều 48 Luật Quản lý thuế 2025.
2.2. Phương pháp hạch toán sổ sách tài chính khi công ty bị xử phạt hành chính
Kế toán không nên hạch toán gộp toàn bộ khoản truy thu thuế vào một tài khoản chi phí. Cần tách tiền thuế truy thu, tiền chậm nộp và phạt tiền vì bản chất kế toán, thuế TNDN và chứng từ khác nhau. Hồ sơ tối thiểu gồm quyết định xử lý, bảng tính của cơ quan thuế, giấy nộp tiền, chứng từ điều chỉnh tờ khai và bút toán kế toán.
Tiền thuế truy thu cần được xác định thuộc kỳ nào và nguyên nhân nào để điều chỉnh báo cáo tài chính khi cần. Tiền phạt vi phạm hành chính về thuế và tiền chậm nộp thường không được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN; công ty cần theo dõi để loại trừ khi lập quyết toán thuế TNDN.
Nếu truy thu thuế liên quan hóa đơn, doanh thu hoặc chi phí của năm cũ, doanh nghiệp cần rà soát đồng thời thuế GTGT, thuế TNDN, thuế TNCN và báo cáo tài chính.
3.
Công ty có quyền phản đối phần quyết định truy thu thuế không đúng chứng từ, không đúng thời kỳ, áp sai thuế suất hoặc tính sai tiền chậm nộp. Khi có tranh chấp, công ty phải lựa chọn phương án giải trình, khiếu nại hoặc khởi kiện dựa trên hồ sơ chứng cứ.
3.1. Thủ tục giải trình và khiếu nại quyết định hành chính về nộp bổ sung tiền thuế
Trước khi ban hành quyết định xử phạt, công ty cần sử dụng đầy đủ cơ hội giải trình bằng văn bản, nộp tài liệu và đề nghị đối thoại với cơ quan thuế. Tài liệu trọng tâm gồm hợp đồng, chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, hóa đơn, tờ khai, biên bản đối chiếu công nợ, hồ sơ nhập khẩu và tài liệu chứng minh giao dịch có thật.
Nếu quyết định đã ban hành, công ty có thể khiếu nại theo thủ tục khiếu nại hành chính. Đơn khiếu nại cần xác định rõ số quyết định, nội dung không đồng ý, yêu cầu xử lý, chứng cứ kèm theo và chữ ký của người có thẩm quyền đại diện công ty.
Đối với hành vi vi phạm đã bị xử phạt trước khi Nghị định 125/2020/NĐ-CP có hiệu lực mà còn khiếu nại hoặc khởi kiện, việc giải quyết áp dụng quy định có hiệu lực tại thời điểm hành vi xảy ra Điều 45 Nghị định 125/2020/NĐ-CP.
3.2. Khởi kiện vụ án hành chính tại Tòa án để bảo vệ quyền lợi hợp pháp của công ty
Công ty có thể khởi kiện vụ án hành chính khi không đồng ý với quyết định hành chính về thuế hoặc hành vi hành chính của cơ quan thuế. Hồ sơ cần có quyết định bị kiện, tài liệu chứng minh quyền lợi bị ảnh hưởng, chứng cứ về sai sót trong truy thu thuế và tài liệu thể hiện quá trình làm việc với cơ quan thuế.
Trong vụ án hành chính, trọng tâm không phải chỉ là công ty có thiệt hại hay không, mà là cơ quan thuế có ban hành quyết định đúng thẩm quyền, đúng trình tự, đúng căn cứ và đúng số tiền hay không. Công ty cần bảo toàn chứng cứ điện tử, dữ liệu hóa đơn, email giao dịch và sao kê ngân hàng trước khi thực hiện khiếu nại hoặc khởi kiện.
>>> Xem thêm: Xử lý rủi ro từ các hành vi vi phạm về thuế phổ biến của doanh nghiệp
4. Dịch vụ luật sư tư vấn xử lý truy thu thuế tại LCP Law Firm
Luật LCP hỗ trợ doanh nghiệp kiểm tra quyết định truy thu thuế, đánh giá rủi ro phạt tiền và xây dựng phương án làm việc với cơ quan thuế. Dịch vụ tập trung vào chứng cứ, số tiền phải nộp và căn cứ pháp lý của từng hành vi. Luật sư không khuyến nghị né tránh nghĩa vụ tiền thuế hợp pháp, mà giúp công ty chỉ nộp đúng khoản phải nộp.
Luật sư của Luật LCP có thể thực hiện cho Quý khách hàng:
- Rà soát biên bản kiểm tra, kết luận thanh tra, thông báo nợ và quyết định truy thu thuế;
- Đối chiếu tiền thuế, tiền chậm nộp, phạt tiền với hồ sơ kế toán và chứng từ gốc;
- Phân tích dấu hiệu khai sai, thiếu thuế hoặc trốn thuế để xác định rủi ro xử phạt;
- Soạn văn bản giải trình, kiến nghị, đơn khiếu nại và hồ sơ khởi kiện hành chính;
- Đại diện hoặc tham gia cùng công ty trong buổi làm việc, đối thoại với cơ quan thuế;
- Tư vấn hạch toán, khắc phục hồ sơ thuế và kiểm soát rủi ro cho các kỳ khai thuế tiếp theo.
Kết luận
Công ty bị truy thu thuế cần xử lý theo hồ sơ và số liệu, không chỉ dựa vào thông báo tóm tắt của cơ quan thuế. Luật LCP có thể hỗ trợ Quý khách hàng rà soát căn cứ truy thu, xác định tiền thuế phải nộp và bảo vệ quyền lợi trong thủ tục giải trình, khiếu nại hoặc khởi kiện. Liên hệ Hotline: 0962275827 để được đánh giá hồ sơ và phương án xử lý phù hợp.
