Khi nào doanh nghiệp dễ gặp rủi ro thanh tra thuế là câu hỏi cơ quan thuế xác định dựa trên dữ liệu kê khai, hóa đơn và mức độ tuân thủ pháp luật thuế qua từng kỳ. Doanh nghiệp mở rộng quy mô nhưng nghĩa vụ thuế không tăng tương ứng, báo cáo lỗ kéo dài hoặc chênh lệch số liệu giữa các tờ khai đều là dấu hiệu bị đưa vào diện thanh tra thuế doanh nghiệp. Nội dung dưới đây phân tích các dấu hiệu rủi ro và quy trình xử lý khi bị kiểm tra.
1. Dấu hiệu tài chính khiến doanh nghiệp dễ vào danh sách thanh tra thuế
Cơ quan thuế áp dụng cơ chế quản lý tuân thủ kết hợp quản lý rủi ro để phân loại người nộp thuế trước khi lập kế hoạch thanh tra, kiểm tra. Theo Thông tư 94/2026/TT-BTC, cách tiếp cận đã mở rộng từ “quản lý rủi ro” sang “quản lý tuân thủ, quản lý rủi ro”, cho phù hợp với Luật Quản lý thuế 2025 và thông lệ quốc tế.
Cụ thể, Thông tư 94/2026/TT-BTC phân loại người nộp thuế theo hai trục đánh giá song song:
- Mức độ tuân thủ pháp luật thuế: gồm 4 mức — tuân thủ tốt, tuân thủ trung bình, tuân thủ thấp và không tuân thủ (thay cho cách gọi “tuân thủ cao/trung bình/thấp/không tuân thủ” trước đây).
- Mức độ rủi ro: được thống nhất phân loại theo từng nghiệp vụ quản lý thuế cụ thể (đăng ký thuế, kê khai, hoàn thuế, quản lý nợ, hóa đơn điện tử…) theo 3 mức: rủi ro cao, rủi ro trung bình, rủi ro thấp.
Việc đánh giá được thực hiện dựa trên kết hợp giữa kết quả phân loại mức độ tuân thủ và các tiêu chí rủi ro riêng của từng lĩnh vực nghiệp vụ, thông qua Phân hệ quản lý tuân thủ và rủi ro thuế — hệ thống chuyên ngành ứng dụng dữ liệu lớn và các phương pháp chấm điểm, xếp hạng, học máy (machine learning) để phân tích, cảnh báo và hỗ trợ cơ quan thuế ra quyết định.
Doanh nghiệp tuân thủ thấp hoặc rủi ro cao sẽ được quản lý chặt chẽ hơn; doanh nghiệp tuân thủ tốt được hỗ trợ và giảm tần suất kiểm tra.
1.1. Doanh nghiệp mở rộng quy mô nhưng nghĩa vụ thuế không tăng tương ứng
Doanh thu, số lượng lao động hoặc quy mô đầu tư tăng nhanh nhưng số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp không tăng tương ứng là dấu hiệu bất thường trong dữ liệu kê khai. Cơ quan thuế đối chiếu chỉ số này với biên độ lợi nhuận trung bình ngành để xác định khả năng doanh nghiệp kê khai thiếu doanh thu hoặc đẩy chi phí không hợp lý.
1.2. Báo cáo lỗ liên tục nhiều năm hoặc biến động doanh thu thất thường
Doanh nghiệp báo lỗ nhiều kỳ liên tiếp nhưng vẫn duy trì hoạt động, mở rộng quy mô hoặc có giao dịch với bên liên kết thường nằm trong nhóm rủi ro cao về chuyển giá. Biến động doanh thu tăng giảm bất thường giữa các quý mà không có lý giải hợp lý cũng là tiêu chí đưa vào diện giám sát.
1.3. Rủi ro hóa đơn và chênh lệch số liệu giữa các báo cáo kê khai
Chênh lệch số liệu giữa tờ khai thuế giá trị gia tăng, báo cáo tài chính và hóa đơn điện tử theo Nghị định 254/2026/NĐ-CP về hóa đơn, chứng từ điện tử là căn cứ trực tiếp để Phân hệ quản lý tuân thủ và rủi ro thuế cảnh báo. Sử dụng hóa đơn không hợp pháp hoặc hóa đơn của doanh nghiệp đã ngừng hoạt động cũng làm giảm mức độ tuân thủ và tăng mức xếp hạng rủi ro của doanh nghiệp. Theo Thông tư 94/2026/TT-BTC, doanh nghiệp có hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng bị xếp vào diện rủi ro cao sẽ thuộc trường hợp kiểm tra trước, hoàn thuế sau.
2. Tần suất và quy định thời gian cơ quan thuế tiến hành kiểm tra doanh nghiệp
Việc kiểm tra thuế tại trụ sở doanh nghiệp phải tuân thủ nguyên tắc hạn chế trùng lặp, tránh gây cản trở hoạt động sản xuất kinh doanh. Thông tư 94/2026/TT-BTC quy định rõ nguyên tắc khách quan, minh bạch, không phân biệt đối xử, lấy dữ liệu làm gốc trong quản lý tuân thủ và quản lý rủi ro (Điều 4 Thông tư này), đồng thời kết quả phân loại rủi ro trực tiếp quyết định việc doanh nghiệp có bị kiểm tra hồ sơ khai thuế tại trụ sở cơ quan thuế hay không:
- Rủi ro cao: cơ quan thuế thực hiện phân tích hồ sơ, lập danh sách trình kế hoạch kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế và tiến hành kiểm tra hồ sơ khai thuế, khoản thu khác theo quy định.
- Rủi ro trung bình và rủi ro thấp: chưa thực hiện kiểm tra hồ sơ khai thuế tại trụ sở cơ quan thuế trong kỳ đánh giá, mà tiếp tục đánh giá, phân loại mức độ tuân thủ và mức độ rủi ro cho kỳ tiếp theo.
Doanh nghiệp cần nắm rõ căn cứ pháp lý để chủ động theo dõi kế hoạch thanh tra, kiểm tra hằng năm.
2.1. Khi nào doanh nghiệp kinh doanh bị kiểm tra định kỳ
Theo khoản 1 Điều 4 Nghị quyết 198/2025/QH15, số lần thanh tra, kiểm tra đối với mỗi doanh nghiệp không được quá 1 lần trong năm, trừ trường hợp có dấu hiệu vi phạm rõ ràng. Đối với cùng một nội dung quản lý nhà nước, nếu đã tiến hành thanh tra thì không thực hiện kiểm tra trong cùng năm, hoặc ngược lại.
2.2. Quy mô doanh nghiệp nhỏ có bị thanh tra thuế hay không?
Doanh nghiệp nhỏ vẫn thuộc đối tượng thanh tra thuế nếu bị phân loại tuân thủ thấp hoặc rủi ro cao theo Thông tư 94/2026/TT-BTC, không phụ thuộc quy mô vốn hay doanh thu. Tuy nhiên, Nghị quyết 198/2025/QH15 khuyến khích ưu tiên thanh tra, kiểm tra từ xa dựa trên dữ liệu điện tử và miễn kiểm tra thực tế đối với doanh nghiệp tuân thủ tốt, giúp giảm áp lực cho doanh nghiệp nhỏ có lịch sử tuân thủ tốt. Thông tư 94/2026/TT-BTC cũng quy định cơ chế hỗ trợ riêng cho nhóm người nộp thuế được xếp hạng tuân thủ tốt, ví dụ ưu tiên trong giải quyết hồ sơ hoàn thuế, giảm tần suất kiểm tra tại trụ sở.
>>> Xem thêm: 05 nhóm các hành vi vi phạm về thuế phổ biến của doanh nghiệp
3. Quy trình chuẩn bị và cách xử lý rủi ro khi bị thanh tra thuế
3.1. Hướng dẫn kế toán rà soát hồ sơ tài chính như thế nào trước kỳ kiểm tra
Trước khi có quyết định thanh tra, doanh nghiệp cần rà soát toàn bộ hồ sơ:
- Đối chiếu số liệu giữa tờ khai thuế giá trị gia tăng theo Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 (sửa đổi, bổ sung năm 2025, 2026) và báo cáo tài chính;
- Kiểm tra tính hợp lệ của hóa đơn đầu vào, đầu ra theo quy định về hóa đơn điện tử tại Nghị định 254/2026/NĐ-CP;
- Rà soát chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế theo Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025 (sửa đổi, bổ sung năm 2026);
- Chuẩn bị hồ sơ chứng minh giao dịch liên kết nếu doanh nghiệp có phát sinh giao dịch với bên liên kết;
- Chủ động theo dõi kết quả xếp hạng mức độ tuân thủ và mức độ rủi ro của doanh nghiệp trên hệ thống thuế điện tử để kịp thời giải trình nếu bị xếp vào nhóm tuân thủ thấp hoặc rủi ro cao theo tiêu chí tại Thông tư 94/2026/TT-BTC.
3.2. Biện pháp giảm thiểu rủi ro bị phạt hành chính và truy thu nghĩa vụ tài chính
Nếu tự phát hiện sai sót trước khi có quyết định thanh tra, doanh nghiệp nên chủ động kê khai bổ sung, nộp đủ số thuế thiếu và tiền chậm nộp để hạn chế mức phạt theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP (đã được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định 310/2025/NĐ-CP) về xử phạt vi phạm hành chính về thuế, hóa đơn.
Việc chủ động khắc phục sai sót trước thanh tra cũng góp phần cải thiện kết quả xếp hạng tuân thủ của doanh nghiệp trong kỳ đánh giá tiếp theo theo Thông tư 94/2026/TT-BTC. Trường hợp số tiền trốn thuế đạt mức từ 100 triệu đồng trở lên hoặc có tình tiết tăng nặng, hành vi có thể bị xem xét trách nhiệm hình sự theo Điều 200 Bộ luật Hình sự 2015 (sửa đổi, bổ sung năm 2017).
4. Dịch vụ luật sư tư vấn và hỗ trợ thanh tra thuế doanh nghiệp tại LCP Law Firm
Luật LCP cung cấp dịch vụ pháp lý dành cho các doanh nghiệp trong lĩnh vực thuế:
- Rà soát hồ sơ khai thuế, hóa đơn, chứng từ kế toán để xác định mức độ tuân thủ, mức độ rủi ro của doanh nghiệp.
- Tư vấn phân biệt hành vi bị xử phạt hành chính và hành vi có nguy cơ bị truy cứu trách nhiệm hình sự theo Điều 200 Bộ luật Hình sự.
- Hỗ trợ lập hồ sơ khai bổ sung, khắc phục sai sót nhằm chủ động nộp đủ số thuế trốn và tiền chậm nộp trước khi bị xử phạt, đồng thời cải thiện kết quả xếp hạng tuân thủ pháp luật thuế.
- Soạn thảo văn bản giải trình, đề xuất áp dụng tình tiết giảm nhẹ khi làm việc với cơ quan thuế hoặc cơ quan điều tra.
- Đại diện hoặc đồng hành cùng doanh nghiệp trong quá trình thanh tra, kiểm tra thuế và tố tụng hình sự nếu vụ việc bị khởi tố.
- Tư vấn lập đơn khiếu nại quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế hoặc hồ sơ khởi kiện vụ án hành chính khi cần thiết.
Kết luận
Rủi ro thanh tra thuế xuất phát từ dữ liệu kê khai bất thường, chênh lệch hóa đơn hoặc lịch sử tuân thủ thấp, và có thể dẫn đến hậu quả từ xử phạt hành chính đến trách nhiệm hình sự. Doanh nghiệp cần rà soát hồ sơ tài chính định kỳ để chủ động phòng ngừa.
Quý khách hàng có nhu cầu tư vấn hoặc hỗ trợ khi làm việc với cơ quan thuế, vui lòng liên hệ Luật LCP qua Hotline: 0962275827 để được hỗ trợ kịp thời.
