Quy định lập biên bản thanh tra vi phạm thuế VAT chi phối toàn bộ quá trình ghi nhận hành vi vi phạm hành chính về thuế tại doanh nghiệp, từ căn cứ ban hành Quyết định thanh tra thuế đến thời hạn hoàn thiện Biên bản vi phạm.
1. Tổng quan về hoạt động thanh tra và kiểm tra thuế doanh nghiệp
Hoạt động thanh tra, kiểm tra thuế là một trong những phương thức quản lý thuế nhằm kiểm tra việc tuân thủ pháp luật thuế của doanh nghiệp, xác định chính xác nghĩa vụ thuế và kịp thời xử lý các trường hợp vi phạm nếu có.
1.1. Bản chất pháp lý của hoạt động kiểm tra thuế và thanh tra thuế
Kiểm tra thuế và thanh tra thuế là hai hoạt động khác nhau về thẩm quyền, quy mô và thủ tục tiến hành. Kiểm tra thuế thuộc thẩm quyền của cơ quan thuế quản lý trực tiếp, thực hiện thường xuyên tại trụ sở người nộp thuế hoặc trụ sở cơ quan thuế.
Thanh tra thuế thuộc thẩm quyền của bộ phận thanh tra chuyên trách, áp dụng đối với trường hợp có dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế, giải quyết khiếu nại tố cáo hoặc theo kế hoạch phân loại rủi ro.
1.2. Xác định phạm vi và đối tượng chịu sự thanh tra về thuế
Đối tượng chịu sự thanh tra thuế bao gồm tổ chức, hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh có nghĩa vụ đăng ký thuế, kê khai thuế và nộp thuế theo quy định pháp luật.
Phạm vi thanh tra thường tập trung vào việc kê khai thuế giá trị gia tăng, thuế thu nhập doanh nghiệp, sử dụng hóa đơn và chấp hành chế độ kế toán trong một khoảng thời gian xác định, phổ biến là theo kỳ tính thuế hoặc theo từng đợt thanh tra chuyên đề.
1.3. Ý nghĩa thực tiễn của việc tuân thủ pháp luật về thuế GTGT
Việc tuân thủ pháp luật về thuế GTGT làm giảm rủi ro bị xử phạt hành chính về thuế và hạn chế phát sinh khoản truy thu kèm tiền chậm nộp.
Doanh nghiệp lưu trữ đầy đủ hóa đơn, chứng từ, sổ sách kế toán theo đúng quy định giúp rút ngắn thời gian làm việc với đoàn thanh tra và tạo cơ sở giải trình khi phát sinh chênh lệch số liệu.
Ngược lại, hồ sơ thuế thiếu minh bạch dẫn đến việc đoàn thanh tra mở rộng phạm vi kiểm tra, kéo dài thời hạn thanh tra và tăng khả năng bị lập biên bản vi phạm hành chính về thuế đối với nhiều hành vi cùng lúc.
2. Quy trình ban hành Quyết định thanh tra thuế và chuẩn bị hồ sơ
Từ 01/7/2026, hoạt động kiểm tra thuế được thực hiện theo Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 và các văn bản hướng dẫn thi hành.
2.1. Căn cứ pháp lý để cơ quan nhà nước ra Quyết định thanh tra thuế
Thủ trưởng cơ quan quản lý thuế các cấp có thẩm quyền ban hành Quyết định thanh tra thuế khi có dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế.
Trước khi ban hành, bộ phận thanh tra thu thập thông tin, phân tích rủi ro và trình hồ sơ gồm tờ trình, dự thảo quyết định thanh tra kèm nội dung phân tích theo mẫu quy định. Trường hợp thanh tra đột xuất do có dấu hiệu vi phạm, hồ sơ trình phải kèm chứng cứ liên quan đến dấu hiệu vi phạm đó.
2.2. Thời gian và thủ tục thông báo trước khi tiến hành thanh tra
Quyết định thanh tra thuế phải được gửi cho đối tượng thanh tra chậm nhất là ba ngày làm việc kể từ ngày ký. Quyết định thanh tra phải nêu rõ căn cứ pháp lý, đối tượng, nội dung, phạm vi, nhiệm vụ, thời hạn thanh tra và thành phần đoàn thanh tra.
Việc công bố quyết định thanh tra được lập thành biên bản công bố quyết định thanh tra, có xác nhận của đại diện doanh nghiệp và trưởng đoàn thanh tra.
Thời hạn thanh tra thuế được xác định cụ thể trong quyết định thanh tra và có thể được gia hạn khi trưởng đoàn thanh tra có văn bản đề nghị nêu rõ lý do, thời gian gia hạn gửi người ra quyết định thanh tra.
2.3. Danh mục tài liệu và sổ sách kế toán doanh nghiệp cần chuẩn bị
Doanh nghiệp cần chuẩn bị hồ sơ đăng ký kinh doanh, hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng theo từng kỳ tính thuế, sổ sách kế toán, hóa đơn đầu vào và đầu ra, chứng từ thanh toán, hợp đồng kinh tế liên quan đến nội dung thanh tra.
Đối với thuế GTGT, đoàn thanh tra thường đối chiếu số liệu kê khai với dữ liệu hóa đơn điện tử, dòng tiền ngân hàng và các nguồn dữ liệu điện tử khác của cơ quan thuế.
3. Trình tự thực hiện Lập biên bản thanh tra thuế và ghi nhận vi phạm
3.1. Các bước tiến hành Lập biên bản thanh tra thuế tại đơn vị
Lập biên bản thanh tra thuế được thực hiện sau khi đoàn thanh tra hoàn thành việc xác minh số liệu tại trụ sở doanh nghiệp.
Đoàn thanh tra tiến hành lập biên bản xác nhận số liệu thanh tra với doanh nghiệp trước, làm căn cứ để lập biên bản thanh tra chính thức.
Trường hợp phạm vi thanh tra bao gồm nhiều đơn vị thành viên, đoàn thanh tra lập biên bản thanh tra đối với từng đơn vị, sau đó lập biên bản tổng hợp kết quả thanh tra.
3.2. Phương thức phát hiện và xác định hành vi vi phạm hành chính về thuế
Hành vi vi phạm hành chính về thuế được xác định thông qua đối chiếu doanh thu kê khai với dữ liệu hóa đơn điện tử, đối chiếu chi phí được trừ với chứng từ hợp lệ, và kiểm tra việc áp dụng đúng tỷ lệ thuế suất thuế GTGT theo từng nhóm hàng hóa, dịch vụ.
Nghị định số 125/2020/NĐ-CP được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định số 310/2025/NĐ-CP, mở rộng khái niệm vi phạm hành chính về thuế và bổ sung đối tượng bị xử phạt gồm cả tổ chức, cá nhân được ủy quyền thực hiện nghĩa vụ thuế thay cho người nộp thuế.
Khi phát hiện chênh lệch số liệu hoặc hành vi không đúng quy định, đoàn thanh tra lập biên bản về việc vi phạm của đối tượng thanh tra theo mẫu biên bản vi phạm hành chính thống nhất áp dụng theo văn bản hướng dẫn Luật Xử lý vi phạm hành chính.
3.3. Quy định cụ thể về thời hạn hoàn thiện Biên bản vi phạm
Đối tượng thanh tra có trách nhiệm ký biên bản thanh tra trong thời hạn năm ngày làm việc kể từ ngày kết thúc thanh tra thuế.
Đối với hình thức lập biên bản vi phạm hành chính điện tử, cơ quan thuế lập và gửi biên bản cho người nộp thuế qua cổng thông tin điện tử của cơ quan quản lý thuế trong thời hạn quy định tại Nghị định số 310/2025/NĐ-CP.
Quyết định thanh tra lại, nếu phát sinh, phải được công bố chậm nhất là mười lăm ngày kể từ ngày ký và phải được đoàn thanh tra lập biên bản công bố quyết định thanh tra lại theo Luật Thanh tra số 11/2022/QH15.
4. Quyền lợi, nghĩa vụ của doanh nghiệp và thủ tục giải trình kết luận
Nội dung dưới đây quy định chi tiết về các quyền lợi hợp pháp mà doanh nghiệp được hưởng, các nghĩa vụ bắt buộc phải chấp hành, cùng quy trình, thủ tục giải trình đối với các kết luận được đưa ra.
4.1. Quyền khiếu nại và bảo vệ quyền lợi hợp pháp của doanh nghiệp
Doanh nghiệp có quyền khiếu nại quyết định xử lý, quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế theo quy định pháp luật về khiếu nại và pháp luật về xử lý vi phạm hành chính.
Trường hợp khiếu nại không đạt kết quả mong muốn, doanh nghiệp có quyền khởi kiện ra Tòa án, đồng thời cần lưu ý thời hiệu khiếu nại và thời hiệu khởi kiện tương ứng với từng nội dung tranh chấp.
4.2. Thời gian tiếp nhận và xử lý văn bản giải trình từ phía doanh nghiệp
Trước khi ban hành quyết định xử phạt chính thức, cơ quan thuế gửi dự thảo kết luận thanh tra cho doanh nghiệp.
Người nộp thuế có quyền giải trình bằng văn bản hoặc giải trình trực tiếp khi mức phạt tối đa của khung tiền phạt đối với hành vi vi phạm:
– Từ 15.000.000 (mười lăm triệu) đồng trở lên đối với cá nhân,
– Từ 30.000.000 (ba mươi triệu) đồng trở lên đối với tổ chức, hoặc trong trường hợp lập biên bản vi phạm hành chính điện tử.
Theo quy định tại Nghị định số 310/2025/NĐ-CP sửa đổi, bổ sung Nghị định số 125/2020/NĐ-CP, phù hợp với quyền giải trình quy định tại Luật Xử lý vi phạm hành chính.
4.3. Biện pháp khắc phục hậu quả và chấp hành quyết định xử phạt
Sau khi quyết định xử phạt có hiệu lực, doanh nghiệp có nghĩa vụ chấp hành các biện pháp khắc phục hậu quả, bao gồm nộp đủ số tiền thuế thiếu, khai lại hồ sơ thuế không chính xác, hủy hóa đơn lập sai và nộp tiền chậm nộp theo mức 0,03%/ngày tính trên số tiền thuế chậm nộp.
Thời hiệu truy thu thuế tối đa là mười năm, thời hiệu xử phạt hành chính về thuế tối đa là năm năm, riêng thời hiệu tính tiền chậm nộp không giới hạn thời gian, căn cứ Luật Quản lý thuế.
Trường hợp doanh nghiệp không chấp hành quyết định thanh tra thuế trong thời hạn quy định, cơ quan thuế có quyền ấn định số thuế phải nộp và áp dụng các biện pháp cưỡng chế hành chính thuế theo thẩm quyền.
>>> Xem thêm: Cách phòng ngừa rủi ro quyết toán thuế ở công ty
5. Dịch vụ pháp lý tư vấn và hỗ trợ thanh tra thuế tại LCP Law Firm
Luật LCP hỗ trợ doanh nghiệp trong toàn bộ quá trình làm việc với đoàn thanh tra thuế, từ giai đoạn chuẩn bị hồ sơ đến giai đoạn khiếu nại quyết định xử phạt. Nội dung công việc luật sư thực hiện cho Quý khách hàng bao gồm:
- Rà soát hồ sơ khai thuế, hóa đơn, chứng từ kế toán trước thời điểm công bố Quyết định thanh tra thuế.
- Tư vấn quyền và nghĩa vụ của doanh nghiệp trong suốt quá trình thanh tra, kiểm tra thuế.
- Trực tiếp làm việc, trao đổi với đoàn thanh tra thuế thay mặt hoặc cùng đại diện doanh nghiệp.
- Soạn thảo văn bản giải trình, hồ sơ chứng minh kèm theo trước khi ký biên bản thanh tra.
- Đại diện doanh nghiệp thực hiện thủ tục khiếu nại quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế.
- Tư vấn phương án khắc phục hậu quả, giảm thiểu số tiền phạt và tiền chậm nộp phát sinh.
Kết luận
Quy định lập biên bản thanh tra vi phạm thuế VAT đòi hỏi doanh nghiệp nắm rõ trình tự công bố quyết định thanh tra, thời hạn ký biên bản và quyền giải trình trước khi cơ quan thuế ban hành quyết định xử phạt.
Luật LCP đồng hành cùng doanh nghiệp trong toàn bộ quá trình thanh tra thuế, từ rà soát hồ sơ đến khiếu nại quyết định xử phạt. Quý khách hàng cần tư vấn, vui lòng liên hệ Hotline: 0962275827.
