Hướng dẫn mới về xử lý vi phạm thuế VAT của doanh nghiệp FDI tập trung vào các thay đổi từ Nghị định số 169/2026/NĐ-CP cùng khung pháp lý hiện hành về khai thuế, hóa đơn và hoàn thuế giá trị gia tăng. Nội dung dưới đây trình bày điểm mới của quy định pháp luật, hành vi vi phạm phổ biến và phương án xử lý dành cho doanh nghiệp FDI.Hướng dẫn mới về xử lý vi phạm thuế VAT của doanh nghiệp FDI
1. Điểm mới trong quy định pháp luật về xử lý vi phạm hành chính thuế GTGT
Khung pháp lý về xử phạt vi phạm hành chính thuế GTGT đã được cập nhật đồng bộ từ giữa năm 2026. Thay đổi tập trung vào lĩnh vực hải quan, quản lý rủi ro dữ liệu và mức phạt tiền áp dụng cho từng nhóm hành vi. Doanh nghiệp FDI cần đối chiếu hoạt động thực tế với quy định mới để tránh áp dụng nhầm văn bản đã hết hiệu lực.
1.1. Các thay đổi quan trọng theo Nghị định số 169/2026/NĐ-CP về xử phạt thuế
Nghị định số 169/2026/NĐ-CP, quy định xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan, bao gồm vi phạm về quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu. Nghị định thay thế Nghị định số 128/2020/NĐ-CP, áp dụng trực tiếp cho doanh nghiệp FDI có hoạt động nhập khẩu máy móc, nguyên vật liệu phát sinh thuế GTGT hàng nhập khẩu. Thời hiệu xử phạt đối với vi phạm quản lý thuế theo Nghị định số 169/2026/NĐ-CP là 05 năm kể từ ngày thực hiện hành vi vi phạm.
1.2. Siết chặt quản lý rủi ro đối với hoạt động khai thuế VAT của doanh nghiệp FDI
Cơ quan thuế và cơ quan hải quan tăng cường phương thức quản lý dựa trên phân tích dữ liệu rủi ro, ứng dụng xác thực sinh trắc học đối với người đại diện theo pháp luật khi đăng ký thuế và thực hiện giao dịch điện tử. Doanh nghiệp FDI thuộc nhóm giao dịch liên kết, có kim ngạch xuất nhập khẩu lớn hoặc phát sinh hoàn thuế GTGT thường xuyên nằm trong danh mục ưu tiên rà soát. Việc siết chặt quản lý rủi ro đòi hỏi doanh nghiệp chuẩn hóa hồ sơ khai thuế ngay từ khâu lập chứng từ ban đầu.
1.3. Cập nhật các mức phạt tiền và biện pháp khắc phục hậu quả áp dụng mới nhất
Theo Nghị định số 169/2026/NĐ-CP, hành vi trốn thuế không bị truy cứu trách nhiệm hình sự bị phạt 01 lần số tiền thuế trốn nếu không có tình tiết tăng nặng.Mỗi tình tiết tăng nặng làm tăng thêm 0,2 lần mức phạt nhưng không vượt quá 03 lần số thuế trốn, đồng thời buộc nộp đủ số tiền thuế trốn vào ngân sách nhà nước.Đối với vi phạm hành chính về thuế, hóa đơn nội địa không thuộc phạm vi quản lý của hải quan, doanh nghiệp FDI vẫn chịu điều chỉnh của Nghị định số 125/2020/NĐ-CP, được sửa đổi bởi Nghị định số 310/2025/NĐ-CP và Nghị định số 291/2026/NĐ-CP.
2. Các hành vi vi phạm thuế VAT phổ biến ở doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài
Doanh nghiệp FDI phát sinh vi phạm thuế VAT chủ yếu ở ba nhóm hành vi liên quan đến khai báo hải quan, hoàn thuế và chứng từ đầu vào. Hành vi vi phạm thuế VAT phổ biến ở doanh nghiệp FDI
2.1. Sai sót trong kê khai thuế GTGT hàng nhập khẩu và xác định giá trị tính thuế
Theo Nghị định số 169/2026/NĐ-CP, hành vi này bị xử phạt theo khung riêng nếu doanh nghiệp đã được Bộ Tài chính hoặc cơ quan hải quan hướng dẫn về mã số, thuế suất trước đó nhưng vẫn khai sai. Doanh nghiệp cần đối chiếu văn bản hướng dẫn phân loại hàng hóa của cơ quan hải quan trước khi khai báo để tránh lặp lại vi phạm.
2.2. Vi phạm quy định về hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư và hàng xuất khẩu
Theo Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2025/QH15 và Nghị định số 181/2025/NĐ-CP quy định chi tiết, cơ sở kinh doanh chỉ được hoàn thuế GTGT nếu bên bán đã kê khai và nộp thuế GTGT đối với hóa đơn đã xuất cho cơ sở đề nghị hoàn thuế. Doanh nghiệp FDI có dự án đầu tư hoặc hoạt động xuất khẩu thường vi phạm khi lập hồ sơ hoàn thuế dựa trên hóa đơn của nhà cung cấp chưa hoàn thành nghĩa vụ kê khai, dẫn đến số thuế đề nghị hoàn không đủ điều kiện.
2.3. Sử dụng hóa đơn không hợp pháp và kê khai chi phí đầu vào không đủ điều kiện
Hành vi sử dụng hóa đơn không hợp pháp, hóa đơn của doanh nghiệp bỏ địa chỉ kinh doanh hoặc chứng từ thanh toán không qua ngân hàng đối với giao dịch từ 20 triệu đồng trở lên khiến chi phí đầu vào không đủ điều kiện khấu trừ thuế GTGT. Theo Nghị định số 125/2020/NĐ-CP được sửa đổi bởi Nghị định số 310/2025/NĐ-CP, hành vi sử dụng hóa đơn không hợp pháp để khấu trừ thuế bị xử phạt và buộc điều chỉnh lại số thuế đã kê khai.
3. Trình tự giải trình và khắc phục khi doanh nghiệp FDI bị kiểm tra vi phạm
Chủ động khắc phục sớm giúp giảm mức phạt và hạn chế phát sinh biện pháp cưỡng chế. Ba bước dưới đây phản ánh trình tự xử lý phổ biến trong thực tiễn.
3.1. Hướng dẫn lập hồ sơ giải trình số liệu khai thuế theo yêu cầu của cơ quan thuế
Doanh nghiệp cần chuẩn bị hồ sơ giải trình gồm bảng đối chiếu số liệu kê khai, chứng từ gốc, hợp đồng mua bán và tờ khai hải quan liên quan đến giao dịch bị yêu cầu làm rõ. Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 định hướng phương thức kiểm tra thuế dựa trên phân tích rủi ro dữ liệu, do đó nội dung giải trình cần tập trung vào chênh lệch số liệu mà hệ thống rủi ro đã cảnh báo.
3.2. Quy trình chủ động nộp bổ sung tiền thuế GTGT và tiền chậm nộp để giảm nhẹ mức phạt
Doanh nghiệp tự nguyện khai bổ sung hồ sơ khai thuế và nộp đủ số tiền thuế GTGT còn thiếu cùng tiền chậm nộp trước khi cơ quan thuế công bố quyết định thanh tra.Đối với hành vi vi phạm do cơ quan tố tụng hình sự chuyển đến, việc tự nguyện nộp đủ số tiền thuế trước thời điểm ban hành quyết định xử phạt cũng là căn cứ để không bị xử phạt bổ sung theo Nghị định số 169/2026/NĐ-CP.
3.3. Thực hiện khiếu nại hoặc khởi kiện quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế
Trường hợp không đồng ý với quyết định xử phạt, doanh nghiệp có quyền khiếu nại đến cơ quan đã ban hành quyết định hoặc khởi kiện vụ án hành chính tại tòa án có thẩm quyền theo Luật Khiếu nại 2011 và Luật Tố tụng hành chính 2015.Đối với quyết định xử phạt đã ban hành trước ngày Nghị định số 169/2026/NĐ-CP có hiệu lực nhưng còn khiếu nại, quy định cũ tại Nghị định số 128/2020/NĐ-CP tiếp tục được áp dụng để giải quyết.
4. Phương án kiểm soát rủi ro thuế VAT tuân thủ Luật Thuế cho nhà đầu tư nước ngoài
Kiểm soát rủi ro thuế VAT cần được thực hiện chủ động, thay vì chờ đến khi phát sinh yêu cầu giải trình từ cơ quan thuế. Ba nhóm giải pháp dưới đây phù hợp với đặc thù hoạt động của nhà đầu tư nước ngoài tại Việt Nam.Phương án kiểm soát rủi ro thuế VAT cho nhà đầu tư nước ngoài
4.1. Thực hiện rà soát định kỳ hệ thống hóa đơn GTGT và chứng từ thanh toán qua ngân hàng
Doanh nghiệp cần đối chiếu định kỳ hóa đơn đầu vào, đầu ra với chứng từ thanh toán qua ngân hàng, bảo đảm giao dịch từ 20 triệu đồng trở lên có đầy đủ chứng từ không dùng tiền mặt theo quy định pháp luật hiện hành tại Việt Nam. Việc rà soát nên thực hiện theo từng quý, song song với kỳ kê khai thuế GTGT, nhằm phát hiện sớm hóa đơn của nhà cung cấp có dấu hiệu rủi ro trước khi ghi nhận chi phí. Hệ thống hóa đơn điện tử của cơ quan thuế cho phép doanh nghiệp tra cứu tình trạng hoạt động của bên bán theo thời gian thực.
4.2. Chuẩn hóa quy trình kê khai thuế theo quy định pháp luật hiện hành tại Việt Nam
Quy trình chuẩn hóa cần cập nhật kịp thời các văn bản mới như Nghị định số 169/2026/NĐ-CP, Nghị định số 181/2025/NĐ-CP và các Nghị định sửa đổi Nghị định số 125/2020/NĐ-CP. Doanh nghiệp FDI có công ty mẹ tại nước ngoài nên đối chiếu thêm quy định về giao dịch liên kết để bảo đảm tính nhất quán giữa hồ sơ thuế trong nước và báo cáo hợp nhất.
4.3. Tham vấn chuyên gia tư vấn thuế trước các đợt thanh tra, kiểm tra thuế định kỳ
Trước khi cơ quan thuế công bố kế hoạch thanh tra, kiểm tra định kỳ, doanh nghiệp nên chủ động tham vấn chuyên gia tư vấn thuế để rà soát toàn diện hồ sơ khai thuế GTGT trong các kỳ liên quan. Việc tham vấn sớm giúp doanh nghiệp phát hiện và tự nguyện khắc phục sai sót trước khi bị xử phạt, đồng thời chuẩn bị phương án giải trình phù hợp với quy định pháp luật hiện hành.
5. Dịch vụ tư vấn và hỗ trợ xử lý vi phạm thuế FDI của LCP Law Firm
Luật LCP hỗ trợ Quý khách hàng là doanh nghiệp FDI rà soát toàn diện rủi ro vi phạm thuế GTGT và xây dựng phương án xử lý phù hợp với quy định pháp luật hiện hành. Đội ngũ luật sư của Luật LCP thực hiện các công việc sau:
Rà soát hồ sơ khai thuế GTGT hàng nhập khẩu, đối chiếu với hướng dẫn phân loại mã số, thuế suất của cơ quan hải quan.
Đánh giá điều kiện hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư và hàng xuất khẩu.
Kiểm tra tính hợp pháp của hóa đơn đầu vào và chứng từ thanh toán qua ngân hàng trước khi nộp hồ sơ khai thuế.
Soạn thảo hồ sơ giải trình số liệu khai thuế theo yêu cầu của cơ quan thuế, cơ quan hải quan.
Tư vấn phương án nộp bổ sung tiền thuế GTGT và tiền chậm nộp để được xem xét tình tiết giảm nhẹ.
Đại diện Quý khách hàng thực hiện khiếu nại hoặc khởi kiện quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế.
Doanh nghiệp FDI phát sinh vi phạm thuế VAT hoặc nhận được yêu cầu giải trình từ cơ quan thuế, cơ quan hải quan nên chủ động tìm kiếm tư vấn pháp lý trước khi hồ sơ chuyển sang giai đoạn xử phạt chính thức. Luật LCP sẵn sàng đồng hành cùng Quý khách hàng rà soát hồ sơ, xây dựng phương án giải trình và bảo vệ quyền lợi hợp pháp trong suốt quá trình làm việc với cơ quan quản lý thuế. Quý khách hàng vui lòng liên hệ Hotline 0962275827 để được luật sư tư vấn trực tiếp và kịp thời.
