Hướng dẫn giải trình vi phạm thuế VAT của doanh nghiệp với cơ quan thuế là quy trình pháp lý bắt buộc khi tờ khai, hóa đơn hoặc số liệu kế toán phát sinh chênh lệch so với dữ liệu cơ quan quản lý nắm giữ. Nội dung dưới đây trình bày cụ thể từng bước thực hiện.
I. Phân loại các tình huống vi phạm thuế VAT doanh nghiệp thường phải giải trình
1. Giải trình chênh lệch doanh thu và thuế VAT đầu ra giữa tờ khai và hóa đơn điện tử
Khi phát hiện chênh lệch, doanh nghiệp cần đối chiếu từng hóa đơn với sổ kế toán và tờ khai thuế để xác định nguyên nhân.
Trường hợp sai sót làm thiếu số thuế phải nộp, doanh nghiệp cần xác định đây là hành vi khai sai dẫn đến thiếu thuế hay trường hợp có dấu hiệu trốn thuế để áp dụng quy định xử lý phù hợp.
Theo quy định xử phạt hiện hành, hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc làm tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn thuộc trường hợp quy định tại Điều 16 Nghị định 125/2020/NĐ-CP, được sửa đổi, bổ sung bởi các nghị định có liên quan, trong đó có Nghị định 310/2025/NĐ-CP và Nghị định 291/2026/NĐ-CP.
2. Giải trình nghi vấn về hóa đơn đầu vào của doanh nghiệp bỏ trốn hoặc tạm dừng kinh doanh
2.1. Hồ sơ giải trình hóa đơn đầu vào của doanh nghiệp bỏ trốn, tạm ngừng kinh doanh
Doanh nghiệp có thể được yêu cầu giải trình hóa đơn đầu vào khi cơ quan thuế đặt vấn đề về hóa đơn do nhà cung cấp đã bỏ địa chỉ kinh doanh, không còn hoạt động tại địa chỉ đăng ký hoặc đang tạm ngừng kinh doanh.
Khi giải trình, doanh nghiệp cần tập trung chứng minh giao dịch mua hàng hóa, dịch vụ là có thật, đồng thời cung cấp đầy đủ hồ sơ, chứng từ liên quan, như:
- Hợp đồng và phụ lục hợp đồng;
- Đơn đặt hàng;
- Biên bản giao nhận hàng hóa, nghiệm thu dịch vụ;
- Phiếu nhập kho, xuất kho;
- Chứng từ thanh toán;
- Hồ sơ vận chuyển, giao nhận;
- Các tài liệu khác chứng minh hàng hóa, dịch vụ thực tế phát sinh.
Việc chuẩn bị đầy đủ hồ sơ giúp doanh nghiệp chứng minh bản chất giao dịch và tính hợp pháp của hóa đơn đầu vào, qua đó có cơ sở giải trình với cơ quan thuế.
2.2. Điều kiện khấu trừ thuế GTGT đối với hóa đơn đầu vào
Theo khoản 2 Điều 14 Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15, để được khấu trừ thuế GTGT đầu vào, cơ sở kinh doanh phải có hóa đơn GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào hoặc chứng từ nộp thuế GTGT trong các trường hợp luật định; đồng thời phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào, trừ các trường hợp đặc thù do Chính phủ quy định.
Điều 25 Nghị định 181/2025/NĐ-CP quy định cụ thể về hóa đơn, chứng từ làm căn cứ khấu trừ thuế GTGT đầu vào. Theo đó, doanh nghiệp phải có hóa đơn GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào hoặc chứng từ nộp thuế tương ứng theo quy định.
Theo Điều 26 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào có giá trị từ 05 triệu đồng trở lên, đã bao gồm thuế GTGT, doanh nghiệp phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, trừ các trường hợp đặc thù theo quy định.
Như vậy, khi phát sinh nghi vấn về hóa đơn đầu vào của doanh nghiệp bỏ trốn hoặc tạm ngừng kinh doanh, doanh nghiệp cần chủ động rà soát hồ sơ giao dịch, chứng từ thanh toán và các tài liệu chứng minh hàng hóa, dịch vụ thực tế phát sinh. Việc khấu trừ thuế GTGT đầu vào được thực hiện theo Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15, Nghị định 181/2025/NĐ-CP và các văn bản sửa đổi, bổ sung còn hiệu lực.
3. Giải trình sai sót kê khai khấu trừ thuế VAT do nhầm lẫn nghiệp vụ kế toán
Sai sót trong quá trình hạch toán và kê khai thuế có thể bao gồm kê khai trùng hóa đơn, kê khai sai kỳ, xác định không đúng thuế suất, tính sai số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ hoặc nhập sai số liệu trên tờ khai.
Theo khoản 6 Điều 23 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, trường hợp cơ sở kinh doanh phát hiện số thuế GTGT đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai, sót thì được khai bổ sung trước thời điểm cơ quan thuế hoặc cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra, thanh tra thuế. Cách thức khai bổ sung được phân biệt tùy theo hậu quả của sai sót.
Nếu sai sót không làm thiếu số thuế phải nộp và không làm tăng số thuế được miễn, giảm, hoàn, việc xử lý sẽ khác với trường hợp sai sót dẫn đến thiếu thuế.
Ngược lại, nếu việc kê khai sai làm giảm số thuế VAT phải nộp hoặc làm tăng số thuế được hoàn, doanh nghiệp cần xác định nghĩa vụ khai bổ sung và trách nhiệm xử lý vi phạm theo quy định hiện hành.
II. Quy trình chuẩn bị hồ sơ giải trình thuế VAT trước khi làm việc với cơ quan Thuế
1. Rà soát, đối chiếu lại toàn bộ hệ thống hóa đơn và sổ sách kế toán của doanh nghiệp
Trước khi gửi văn bản giải trình, doanh nghiệp cần rà soát toàn bộ hồ sơ liên quan đến nội dung mà cơ quan thuế yêu cầu làm rõ.
Việc rà soát nên bao gồm:
- Tờ khai thuế VAT của kỳ liên quan;
- Hóa đơn điện tử đầu ra, đầu vào;
- Sổ chi tiết doanh thu;
- Sổ kế toán liên quan;
- Chứng từ thu, chi;
- Hợp đồng và hồ sơ giao dịch;
- Chứng từ thanh toán;
- Hồ sơ điều chỉnh, thay thế hoặc hủy hóa đơn nếu có.
Doanh nghiệp cần lập bảng đối chiếu giữa hóa đơn – sổ kế toán – tờ khai thuế – chứng từ giao dịch, từ đó xác định chính xác khoản chênh lệch và nguyên nhân.
2. Thu thập chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt và hợp đồng kinh tế đi kèm
Đối với giao dịch mua hàng hóa, dịch vụ có phát sinh thuế GTGT đầu vào, doanh nghiệp cần chuẩn bị các chứng từ chứng minh giao dịch thực tế và đáp ứng điều kiện khấu trừ thuế theo pháp luật thuế GTGT.
Hồ sơ có thể bao gồm hợp đồng kinh tế, phụ lục hợp đồng, đơn đặt hàng, biên bản giao nhận, phiếu nhập kho, hồ sơ vận chuyển, biên bản nghiệm thu, chứng từ thanh toán và các tài liệu khác tùy tính chất giao dịch.
Đặc biệt, doanh nghiệp cần kiểm tra điều kiện về chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với những trường hợp pháp luật thuế GTGT yêu cầu.
3. Soạn thảo văn bản giải trình vi phạm rõ ràng, trung thực và đúng trọng tâm
Văn bản giải trình cần bám sát nội dung mà cơ quan thuế yêu cầu, không nên trình bày chung chung hoặc chỉ đưa ra lý do “sơ suất” mà không có tài liệu chứng minh.
Nếu doanh nghiệp xác định có sai sót thì nên chủ động nêu rõ sai sót, số tiền liên quan và biện pháp đã thực hiện hoặc dự kiến thực hiện.
Việc giải trình trung thực, có chứng cứ giúp cơ quan thuế có cơ sở đánh giá đúng bản chất hành vi, đồng thời giúp doanh nghiệp bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp của mình trong quá trình xử lý.
III. Hướng dẫn lập công văn giải trình vi phạm thuế VAT chuẩn pháp lý
1. Nội dung bắt buộc trong mẫu văn bản giải trình thuế gửi cho cán bộ quản lý
Nội dung bắt buộc trong công văn gồm quốc hiệu tiêu ngữ, số công văn, tên và mã số thuế doanh nghiệp, căn cứ thông báo hoặc quyết định của cơ quan thuế.
Nội dung sự việc cần giải trình, kèm chữ ký của người đại diện theo pháp luật và đóng dấu doanh nghiệp theo quy định tại khoản 4 Điều 7 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý thuế.
2. Cách trình bày nguyên nhân dẫn đến hành vi kê khai sai hoặc chậm nộp hồ sơ thuế
Cách trình bày nguyên nhân dẫn đến hành vi kê khai sai hoặc chậm nộp hồ sơ thuế cần bám sát diễn biến thực tế, có dẫn chứng số liệu cụ thể, tránh sử dụng ngôn từ mang tính biện minh chủ quan làm giảm độ tin cậy của văn bản trước cán bộ kiểm tra.
3. Phương pháp đề xuất giải pháp khắc phục và cam kết tuân thủ của doanh nghiệp
Phần đề xuất giải pháp khắc phục cần nêu rõ phương án điều chỉnh số liệu, thời hạn thực hiện khai bổ sung hồ sơ khai thuế theo Điều 47 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14, đồng thời cam kết doanh nghiệp tuân thủ đầy đủ nghĩa vụ thuế trong các kỳ tính thuế tiếp theo để tránh bị xử phạt vi phạm hành chính theo Điều 142 và Điều 143 của Luật này.
IV. Các phương thức gửi công văn giải trình thuế VAT tới cơ quan quản lý
1. Quy trình nộp công văn giải trình điện tử qua Cổng thông tin của Tổng cục Thuế
Nộp công văn giải trình điện tử qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế hoặc hệ thống Thuế điện tử, doanh nghiệp đăng nhập bằng chữ ký số, tải văn bản giải trình cùng tài liệu đính kèm ở định dạng điện tử và nhận biên nhận xác thực từ hệ thống.
Bước 1: Đăng nhập Cổng thông tin Tổng cục Thuế (eTax).
Bước 2: Tải lên công văn giải trình (định dạng PDF đã ký số) kèm tài liệu chứng minh.
Bước 3: Ký điện tử và bấm Nộp hồ sơ, sau đó tra cứu trạng thái tiếp nhận.
2. Trình tự nộp hồ sơ giải trình trực tiếp tại bộ phận một cửa của chi cục Thuế
Nộp hồ sơ giải trình trực tiếp tại bộ phận một cửa của chi cục Thuế quản lý trực tiếp doanh nghiệp, cán bộ tiếp nhận sẽ kiểm tra tính đầy đủ của hồ sơ và cấp phiếu hẹn xử lý.
Bước 1: Chuẩn bị công văn đóng dấu, tài liệu sao y/giáp lai, Giấy giới thiệu và CCCD của người nộp.
Bước 2: Đến Chi cục Thuế, nộp hồ sơ tại quầy một cửa.
Bước 3: Nhận Phiếu tiếp nhận hồ sơ và hẹn trả kết quả từ cán bộ thuế.
3. Cách thức làm việc và giải trình trực tiếp trong buổi làm việc với đoàn kiểm tra thuế
Giải trình trực tiếp trong buổi làm việc với đoàn kiểm tra, thanh tra thuế tại trụ sở doanh nghiệp, khi đó người đại diện hoặc kế toán trưởng cần trình bày rõ ràng, cung cấp chứng từ gốc theo yêu cầu và ký biên bản làm việc phản ánh đúng nội dung đã trao đổi.
Doanh nghiệp cần lưu giữ bản sao mọi tài liệu đã nộp qua từng phương thức để phục vụ đối chiếu khi cần thiết.
>>> Xem thêm: Thỏa thuận bảo mật thông tin và không cạnh tranh sau khi nghỉ việc
V. Dịch vụ Luật sư tư vấn pháp luật thuế
Luật LCP hỗ trợ doanh nghiệp xử lý toàn diện các tình huống vi phạm thuế VAT, từ giai đoạn rà soát số liệu đến khi hoàn tất buổi làm việc với cơ quan thuế. Luật sư tư vấn pháp luật thuế của Luật LCP thực hiện các công việc sau cho Quý khách hàng:
- Rà soát hồ sơ khai thuế, hóa đơn điện tử và sổ sách kế toán để xác định chính xác nguyên nhân chênh lệch số liệu.
- Tư vấn phân loại tình huống vi phạm và xác định căn cứ pháp lý áp dụng theo Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành.
- Soạn thảo công văn giải trình, hồ sơ khai bổ sung và các tài liệu kèm theo đúng thể thức pháp lý.
- Đại diện hoặc đồng hành cùng Quý khách hàng làm việc trực tiếp với cán bộ quản lý thuế, đoàn kiểm tra, thanh tra thuế.
- Tư vấn phương án xử lý số thuế truy thu, tiền chậm nộp và mức xử phạt vi phạm hành chính nếu phát sinh.
- Hỗ trợ khiếu nại quyết định xử lý thuế khi Quý khách hàng có căn cứ cho rằng quyết định chưa phù hợp quy định pháp luật.
Kết luận
Việc giải trình vi phạm thuế VAT đòi hỏi Quý khách hàng nắm vững quy định pháp luật, chuẩn bị chứng từ chính xác và trình bày nội dung đúng trọng tâm để bảo vệ quyền lợi hợp pháp của doanh nghiệp.
Luật LCP với đội ngũ luật sư giàu kinh nghiệm trong lĩnh vực pháp luật thuế sẵn sàng đồng hành cùng Quý khách hàng xử lý mọi tình huống phát sinh với cơ quan thuế. Quý khách hàng có nhu cầu tư vấn, vui lòng liên hệ hotline 0962 275 827 để được luật sư hỗ trợ trực tiếp.
