Chủ doanh nghiệp bị tạm giam thì xử lý vi phạm thuế VAT ra sao là tình huống phát sinh nhiều nghĩa vụ pháp lý song song cho doanh nghiệp. Bài viết phân tích căn cứ xử lý hình sự, quy trình vận hành doanh nghiệp và giải pháp khôi phục hoạt động trong giai đoạn này.
1. Căn cứ khởi tố hình sự và xử lý hành vi trốn thuế giá trị gia tăng mới nhất
1.1. Trốn thuế GTGT từ bao nhiêu thì bị truy cứu trách nhiệm hình sự?
Theo Điều 200 Bộ luật Hình sự 2015 (BLHS), hành vi trốn thuế có thể bị truy cứu trách nhiệm hình sự khi
- Cá nhân trốn thuế từ 100 triệu đồng trở lên, hoặc dưới 100 triệu đồng nhưng đã bị xử phạt vi phạm hành chính về hành vi trốn thuế hoặc đã bị kết án về tội danh này mà chưa được xóa án tích, đều có thể bị truy cứu trách nhiệm hình sự.
- Đối với pháp nhân thương mại, ngưỡng khởi điểm để truy cứu là 200 triệu đồng.
Các hành vi có thể liên quan trực tiếp đến thuế GTGT gồm sử dụng hóa đơn, chứng từ không hợp pháp làm giảm số thuế phải nộp hoặc làm tăng số thuế được khấu trừ, được hoàn; sử dụng chứng từ không hợp pháp để xác định sai số thuế phải nộp hoặc số thuế được hoàn; không xuất hóa đơn hoặc ghi giá trị trên hóa đơn thấp hơn giá trị thực tế và các hành vi khác được liệt kê tại Điều 200 BLHS.
1.2. Khung hình phạt đối với hành vi trốn thuế GTGT có số tiền vi phạm trên 500 triệu đồng
Khung hình phạt được chia theo số tiền trốn thuế:
- Khung 1 áp dụng cho số tiền từ 100 triệu đồng đến dưới 300 triệu đồng, mức phạt tiền từ 100 triệu đến 500 triệu đồng hoặc phạt tù từ 3 tháng đến 1 năm.
- Khung 2, tương ứng với hành vi trốn thuế trên 500 triệu đồng nói riêng và từ 300 triệu đồng đến dưới 1 tỷ đồng nói chung, quy định mức phạt tiền từ 500 triệu đến 1,5 tỷ đồng hoặc phạt tù từ 1 năm đến 3 năm.
- Khung 3, áp dụng khi số tiền trốn thuế từ 1 tỷ đồng trở lên, có mức phạt tiền từ 1,5 tỷ đến 4,5 tỷ đồng hoặc phạt tù từ 2 năm đến 7 năm. Ngoài hình phạt chính, người phạm tội còn có thể bị áp dụng hình phạt bổ sung như cấm đảm nhiệm chức vụ, cấm hành nghề hoặc tịch thu một phần tài sản.
1.3. Điều kiện được xem xét giảm nhẹ trách nhiệm hình sự khi chủ doanh nghiệp tự nguyện khắc phục hậu quả
Pháp luật cho phép xem xét giảm nhẹ trách nhiệm hình sự khi chủ doanh nghiệp chủ động khắc phục hậu quả. Việc tự nguyện nộp đủ số tiền thuế trốn, tiền phạt chậm nộp và phối hợp với cơ quan điều tra là tình tiết được tòa án cân nhắc khi quyết định hình phạt, đặc biệt trong trường hợp không có tình tiết tăng nặng như phạm tội có tổ chức hoặc lợi dụng chức vụ, quyền hạn.
Ngoài ra, mức độ hợp tác, thời điểm khắc phục hậu quả trước hay sau khi bị phát hiện cũng là yếu tố ảnh hưởng trực tiếp đến việc tòa án lựa chọn giữa hình phạt tiền và hình phạt tù.
2. Quy trình duy trì kê khai và xử lý vi phạm thuế VAT khi tạm giam chủ doanh nghiệp
2.1. Thủ tục ủy quyền người đại diện theo pháp luật mới để làm việc với cơ quan thuế
Khi người đại diện theo pháp luật duy nhất của doanh nghiệp bị tạm giam, chủ sở hữu công ty, Hội đồng thành viên hoặc Hội đồng quản trị phải cử người khác đảm nhiệm vai trò người đại diện theo pháp luật để duy trì hoạt động.
Căn cứ khoản 6 Điều 12 Luật Doanh nghiệp 2020 (sửa đổi bổ sung 2025), hồ sơ đăng ký thay đổi người đại diện theo pháp luật trong trường hợp này thay thế nghị quyết, quyết định của Hội đồng thành viên bằng văn bản xác nhận việc người đại diện theo pháp luật đang bị tạm giam hoặc bị truy cứu trách nhiệm hình sự. Người đại diện mới, dù được bổ nhiệm chính thức hay được ủy quyền tạm thời, có trách nhiệm thay mặt doanh nghiệp làm việc trực tiếp với cơ quan thuế trong toàn bộ thời gian chủ doanh nghiệp bị tạm giam.
2.2. Các bước kê khai bổ sung và nộp bù số tiền thuế GTGT vi phạm trong giai đoạn điều tra vụ án
Trong giai đoạn điều tra vụ án, doanh nghiệp vẫn phải thực hiện kê khai bổ sung và nộp bù số tiền thuế GTGT vi phạm theo quy định về quản lý thuế, tránh phát sinh thêm hành vi chậm nộp hoặc trốn thuế mới. Người đại diện theo pháp luật mới cần rà soát các kỳ kê khai còn thiếu sót, lập hồ sơ kê khai bổ sung gửi cơ quan thuế quản lý trực tiếp, đồng thời tính toán số tiền chậm nộp phát sinh để hoàn tất nghĩa vụ song song với quá trình tố tụng hình sự đang diễn ra đối với chủ doanh nghiệp.
2.3. Nghĩa vụ tài chính và trách nhiệm nộp tiền phạt vi phạm thuế của pháp nhân thương mại
Nghĩa vụ tài chính, bao gồm tiền thuế truy thu, tiền chậm nộp và tiền phạt vi phạm hành chính về thuế, thuộc trách nhiệm của pháp nhân thương mại, độc lập với trách nhiệm hình sự cá nhân của chủ doanh nghiệp bị tạm giam. Việc tách bạch hai loại trách nhiệm này giúp doanh nghiệp tiếp tục hoạt động bình thường trong khi vụ án hình sự đối với cá nhân người đại diện cũ vẫn đang được giải quyết theo trình tự tố tụng riêng.
3. Phương án xử lý tài sản và chứng từ kế toán bị tạm giữ trong vụ án
3.1. Quy trình cơ quan công an phối hợp với cơ quan thuế niêm phong sổ sách và hóa đơn VAT
Trong quá trình điều tra vụ án trốn thuế, cơ quan công an thường phối hợp với cơ quan thuế để niêm phong sổ sách kế toán, hóa đơn GTGT và các chứng từ liên quan nhằm phục vụ công tác xác minh. Việc niêm phong này có thể ảnh hưởng trực tiếp đến khả năng kê khai, quyết toán thuế định kỳ của doanh nghiệp nếu không có phương án xử lý kịp thời.
3.2. Hướng dẫn xin sao chụp tài liệu kế toán để duy trì hoạt động báo cáo thuế định kỳ
Doanh nghiệp có quyền đề nghị cơ quan tiến hành tố tụng cho phép sao chụp tài liệu kế toán đã bị tạm giữ để duy trì hoạt động báo cáo thuế, lập báo cáo tài chính và phục vụ kiểm toán nội bộ. Đề nghị này cần được lập thành văn bản, nêu rõ mục đích sử dụng và cam kết không làm ảnh hưởng đến quá trình điều tra.
3.3. Cơ chế giải tỏa tài sản bị kê biên sau khi doanh nghiệp hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế
Sau khi doanh nghiệp hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế truy thu, tiền phạt và các khoản liên quan, tài sản, chứng từ bị kê biên hoặc niêm phong sẽ được xem xét giải tỏa theo quyết định của cơ quan có thẩm quyền, làm cơ sở để doanh nghiệp khôi phục toàn bộ hoạt động kế toán, tài chính. Doanh nghiệp cần lưu giữ đầy đủ chứng từ nộp thuế để làm căn cứ đề nghị giải tỏa đúng thời điểm, tránh kéo dài thời gian gián đoạn hoạt động.
4. Giải pháp quản trị rủi ro pháp lý và khôi phục hoạt động cho doanh nghiệp
4.1. Trình tự thay đổi người đại diện pháp luật trên Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp
Trình tự thay đổi người đại diện pháp luật trên Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp cần thực hiện tại Phòng Đăng ký kinh doanh nơi doanh nghiệp đặt trụ sở, kèm hồ sơ theo Nghị định 168/2025/NĐ-CP hướng dẫn Luật Doanh nghiệp. Việc cập nhật kịp thời thông tin người đại diện mới giúp doanh nghiệp có đủ cơ sở pháp lý khi giao kết hợp đồng, làm việc với đối tác và cơ quan nhà nước trong thời gian chủ doanh nghiệp bị tạm giam.
4.2. Rà soát toàn bộ hệ thống hóa đơn đầu vào nhằm chủ động khắc phục các vi phạm phát sinh
Doanh nghiệp nên rà soát toàn bộ hệ thống hóa đơn đầu vào, đối chiếu với tờ khai thuế GTGT đã nộp để chủ động phát hiện và khắc phục các sai sót, vi phạm phát sinh trước khi bị cơ quan thuế hoặc cơ quan điều tra kết luận. Việc rà soát nên được thực hiện định kỳ theo từng kỳ kê khai, ưu tiên các hóa đơn có giá trị lớn hoặc phát sinh từ đối tác có dấu hiệu rủi ro về thuế.
4.3. Kế hoạch làm việc với cơ quan chức năng để giảm thiểu nguy cơ bị đóng mã số thuế
Việc chủ động làm việc với cơ quan chức năng, cung cấp đầy đủ tài liệu, giải trình rõ ràng góp phần giảm thiểu nguy cơ bị áp dụng biện pháp cưỡng chế đóng mã số thuế, qua đó bảo đảm doanh nghiệp tiếp tục hoạt động sản xuất, kinh doanh hợp pháp. Doanh nghiệp nên xây dựng kế hoạch làm việc cụ thể, phân công đầu mối liên hệ thường xuyên với cơ quan thuế và cơ quan điều tra trong suốt giai đoạn xử lý vụ án.
5. Dịch vụ luật sư tư vấn và hỗ trợ xử lý vi phạm thuế tại LCP Law Firm
Đội ngũ luật sư của LCP Law Firm hỗ trợ Quý khách hàng trong toàn bộ quá trình xử lý vụ án liên quan đến vi phạm thuế VAT, bao gồm các công việc sau:
- Đánh giá hồ sơ, xác định khung hình phạt và mức độ trách nhiệm hình sự.
- Tư vấn thủ tục thay đổi người đại diện theo pháp luật khi chủ doanh nghiệp bị tạm giam.
- Hướng dẫn kê khai bổ sung, nộp bù thuế GTGT và làm việc với cơ quan thuế trong giai đoạn điều tra.
- Xây dựng phương án khắc phục hậu quả nhằm được xem xét giảm nhẹ trách nhiệm hình sự.
- Tư vấn rà soát hóa đơn đầu vào và xây dựng quy trình quản trị rủi ro thuế cho doanh nghiệp.
- Đại diện làm việc với cơ quan điều tra, viện kiểm sát, tòa án trong suốt quá trình tố tụng.
Kết luận
Chủ doanh nghiệp bị tạm giam thì xử lý vi phạm thuế VAT ra sao là vấn đề cần được xem xét dựa trên từng tình huống cụ thể, đặc biệt về trách nhiệm thực hiện nghĩa vụ thuế và thẩm quyền đại diện doanh nghiệp trong thời gian chủ doanh nghiệp vắng mặt. LCP Law Firm sẵn sàng đồng hành cùng Quý khách hàng xử lý vụ việc. Liên hệ hotline 0962275827 để được luật sư tư vấn trực tiếp.
