Chi phí bị loại do vi phạm thuế GTGT của doanh nghiệp thường phát sinh khi dùng hóa đơn không hợp pháp, thanh toán không đáp ứng điều kiện khấu trừ hoặc kê khai sai. Hệ quả không chỉ là không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào mà còn có thể bị điều chỉnh tăng thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp, truy thu, phạt và tính tiền chậm nộp. Nội dung dưới đây, Luật LCP phân tích các trường hợp bị loại chi phí và hướng xử lý hồ sơ.Các khoản chi phí bị loại do vi phạm thuế VAT của doanh nghiệp
1. Các trường hợp bị loại chi phí do vi phạm quy định về hóa đơn thuế GTGT
1.1. Chi phí mua hàng hóa dịch vụ sử dụng hóa đơn thuế GTGT không hợp pháp
Chi phí mua hàng hóa, dịch vụ không có giao dịch thực tế, sử dụng hóa đơn của doanh nghiệp bỏ địa chỉ kinh doanh, ngừng hoạt động hoặc hóa đơn lập khống là rủi ro trực tiếp. Cơ quan thuế có thể ấn định, loại số thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ và loại chi phí tương ứng nếu doanh nghiệp không chứng minh được việc mua bán thực tế.Doanh nghiệp cần lưu đồng bộ hợp đồng, báo giá, biên bản giao nhận, phiếu nhập kho, chứng từ vận chuyển, nghiệm thu, chứng từ thanh toán và tài liệu chứng minh năng lực của nhà cung cấp. Hóa đơn chỉ là một phần hồ sơ; giao dịch thực tế mới là cơ sở bảo vệ chi phí trước thanh tra thuế.
1.2. Hóa đơn lập sai thuế suất thuế GTGT hoặc sai sót thông tin bắt buộc
Hóa đơn ghi sai thuế suất thuế GTGT, sai tên, mã số thuế, số lượng, đơn giá hoặc nội dung hàng hóa dịch vụ phải được xử lý theo quy định về hóa đơn điện tử. Nếu sai sót làm thay đổi nghĩa vụ thuế, bên bán phải lập hóa đơn điều chỉnh hoặc thay thế; doanh nghiệp mua hàng cần dùng hóa đơn đã xử lý đúng để kê khai thuế GTGT và hạch toán chi phí.Không phải mọi sai sót hình thức đều dẫn đến bị loại chi phí. Tuy nhiên, sai thông tin cốt lõi mà không được điều chỉnh có thể khiến cơ quan thuế bác thuế GTGT đầu vào hoặc yêu cầu doanh nghiệp giải trình lại toàn bộ khoản chi.
1.3. Vi phạm quy định thời điểm lập hóa đơn làm ảnh hưởng xác định Chi phí
Người bán phải lập hóa đơn khi bán hàng hóa hoặc cung cấp dịch vụ theo quy định pháp luật. Việc lập hóa đơn không đúng thời điểm chủ yếu là vi phạm của người bán, nhưng doanh nghiệp mua hàng vẫn phải kiểm tra thời điểm nghiệm thu, bàn giao, thanh toán và ghi nhận chi phí để bảo đảm kỳ tính thuế phù hợp.Doanh nghiệp không nên ghi nhận chi phí chỉ dựa vào hóa đơn nếu hàng hóa chưa nhận hoặc dịch vụ chưa hoàn thành. Hồ sơ cần thể hiện rõ thời điểm phát sinh giao dịch, bởi chi phí chỉ được ghi nhận theo bản chất kinh tế và điều kiện thực tế của hoạt động sản xuất, kinh doanh.Vi phạm quy định thời điểm lập hóa đơn làm ảnh hưởng xác định Chi phí
2. Chi phí bị loại xuất phát từ vi phạm thủ tục thanh toán và khấu trừ thuế GTGT
2.1. Không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt cho hóa đơn thuế GTGT trên 20 triệu
Căn cứ Điều 26 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, doanh nghiệp mua hàng hóa, dịch vụ từ 05 triệu đồng trở lên phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt; việc bên mua nộp tiền mặt trực tiếp vào tài khoản của bên bán không được xem là chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt. Nếu thiếu điều kiện thanh toán, thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ. Đáng chú ý, phần thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ do không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt cũng không được tính vào chi phí tính thuế thu nhập doanh nghiệp hoặc nguyên giá tài sản cố định. Đây là trường hợp có thể đồng thời phát sinh thuế GTGT và thuế thu nhập doanh nghiệp theo Điều 14 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024.
2.2. Không phân bổ thuế GTGT đầu vào dùng chung cho hoạt động chịu thuế và không chịu thuế
Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng riêng cho hoạt động không chịu thuế GTGT không được khấu trừ. Với chi phí dùng chung cho cả hoạt động chịu thuế và không chịu thuế, doanh nghiệp phải hạch toán riêng được số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ; nếu không hạch toán riêng được thì phải phân bổ theo doanh thu chịu thuế GTGT trên tổng doanh thu.Rủi ro thường gặp là doanh nghiệp khấu trừ toàn bộ thuế GTGT của chi phí chung như tiền thuê văn phòng, phần mềm, điện, nước, quảng cáo, tư vấn hoặc chi phí quản lý. Khi kiểm tra, cơ quan thuế có thể điều chỉnh giảm số thuế GTGT được khấu trừ và yêu cầu doanh nghiệp xử lý lại chi phí, sổ kế toán, tờ khai thuế.
2.3. Khai bổ sung giảm số thuế GTGT được khấu trừ dẫn đến điều chỉnh tăng Chi phí
Khi doanh nghiệp tự phát hiện thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ không đúng, cần khai bổ sung hồ sơ khai thuế theo quy định quản lý thuế. Phần thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ có thể được tính vào chi phí thuế thu nhập doanh nghiệp hoặc nguyên giá tài sản cố định, nếu khoản chi đáp ứng điều kiện theo pháp luật thuế thu nhập doanh nghiệp theo Điều 14 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024.Tuy nhiên, ngoại lệ là thuế GTGT không được khấu trừ do vi phạm điều kiện chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt. Khoản này không được chuyển thành chi phí được trừ.
3. Hệ lụy tài chính và phương án xử lý hạch toán cho doanh nghiệp
3.1. Truy thu thuế Thu nhập doanh nghiệp phát sinh từ các khoản chi phí bị loại
Nếu chi phí không đáp ứng điều kiện được trừ, cơ quan thuế sẽ điều chỉnh tăng thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp. Số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp tăng tương ứng với khoản chi phí bị loại sau khi bù trừ các khoản hợp lệ khác của kỳ tính thuế.Doanh nghiệp cần lập bảng đối chiếu từng hóa đơn, khoản thanh toán, hợp đồng và chứng từ thực hiện. Bảng này nên xác định rõ: giá trị chưa thuế, thuế GTGT, lý do không được khấu trừ, phần chi phí có thể được trừ và phần bị loại chi phí hoàn toàn.
3.2. Tiền phạt vi phạm hành chính về thuế và tiền chậm nộp thuế GTGT phát sinh
Nếu cơ quan thuế xác định doanh nghiệp khai sai dẫn đến thiếu số thuế phải nộp hoặc tăng số thuế được hoàn, doanh nghiệp có thể bị xử phạt theo quy định về xử phạt vi phạm hành chính thuế. Tiền chậm nộp được tính trên số tiền thuế chậm nộp và thời gian chậm nộp.Việc chủ động khai bổ sung trước thời điểm cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra, thanh tra có thể giúp doanh nghiệp giảm rủi ro xử phạt, nhưng vẫn phải nộp đủ số thuế thiếu và tiền chậm nộp theo quy định.
3.3. Hạch toán điều chỉnh sổ sách kế toán đối với khoản bị loại chi phí sau quyết toán
Doanh nghiệp không nên xóa bỏ giao dịch thực tế chỉ vì khoản thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ. Việc hạch toán kế toán phải phản ánh đúng giao dịch; việc xác định chi phí được trừ là bước điều chỉnh khi lập hồ sơ quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp.Với khoản thuế GTGT không được khấu trừ nhưng vẫn được tính vào chi phí hợp lý, doanh nghiệp xử lý theo bản chất khoản mua vào hoặc nguyên giá tài sản. Với khoản không được khấu trừ do thiếu chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, doanh nghiệp cần xác định riêng phần thuế không được khấu trừ và không đưa phần này vào chi phí được trừ theo Điều 14 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024.Hạch toán điều chỉnh sổ sách kế toán đối với khoản bị loại chi phí sau quyết toán
4. Dịch vụ luật sư tư vấn và rà soát chi phí rủi ro thuế tại LCP Law Firm
Luật LCP hỗ trợ doanh nghiệp rà soát chi phí, hóa đơn điện tử, thuế GTGT đầu vào và hồ sơ thuế thu nhập doanh nghiệp trước quyết toán hoặc thanh tra thuế. Cụ thể thực hiện các công việc sau:
Rà soát hóa đơn thuế GTGT, hợp đồng, chứng từ thanh toán, biên bản giao nhận và hồ sơ nghiệm thu;
Xác định hóa đơn có rủi ro về thuế suất, thời điểm lập hóa đơn, chủ thể xuất hóa đơn và giao dịch thực tế;
Kiểm tra điều kiện thanh toán không dùng tiền mặt đối với hóa đơn từ 05 triệu đồng trở lên;
Phân bổ thuế GTGT đầu vào dùng chung cho hoạt động chịu thuế và không chịu thuế;
Lập phương án khai bổ sung thuế GTGT, quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp và điều chỉnh số liệu kế toán;
Đại diện hoặc hỗ trợ doanh nghiệp giải trình với cơ quan thuế khi có quyết định kiểm tra, thanh tra;
Kết Luận
Chi phí bị loại do vi phạm thuế GTGT có thể làm tăng đồng thời nghĩa vụ thuế GTGT, thuế thu nhập doanh nghiệp, tiền chậm nộp và xử phạt. Luật LCP hỗ trợ Quý khách hàng rà soát hóa đơn, dòng tiền, hồ sơ mua hàng và phương án điều chỉnh trước khi cơ quan thuế kiểm tra. Liên hệ Luật LCP qua Hotline: 0962275827 để được tư vấn và xử lý rủi ro thuế theo hồ sơ doanh nghiệp.
