Các bước làm việc với thanh tra thuế về vi phạm thuế VAT của doanh nghiệp bắt đầu từ thời điểm cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra tại trụ sở đến khi kết luận được ban hành và nghĩa vụ tài chính được thực hiện đầy đủ. Nội dung dưới đây trình bày từng bước cụ thể và quyền khiếu nại, khởi kiện khi có căn cứ.Các bước làm việc với thanh tra thuế về vi phạm thuế VAT
1. Trình tự làm việc trực tiếp với đoàn thanh tra thuế tại trụ sở doanh nghiệp
Đoàn kiểm tra thuế, thường được doanh nghiệp gọi theo thói quen là đoàn thanh tra thuế, làm việc trực tiếp tại trụ sở theo quyết định đã ban hành. Quá trình làm việc trải qua ba giai đoạn chính, từ công bố quyết định đến giải trình số liệu và lập biên bản. Doanh nghiệp cần chuẩn bị hồ sơ, cử người đại diện có thẩm quyền tham gia đầy đủ các buổi làm việc.
1.1. Công bố quyết định thanh tra tại trụ sở doanh nghiệp và thống nhất lịch làm việc
Căn cứ khoản 3 và khoản 5 Điều 50 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, cơ quan thuế thực hiện kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế đối với các trường hợp thuộc diện kiểm tra theo quy định pháp luật.Quyết định kiểm tra xác định phạm vi, nội dung, thời kỳ kiểm tra và thành phần đoàn kiểm tra. Doanh nghiệp cần rà soát kỹ thẩm quyền ban hành quyết định, thời kỳ kiểm tra và các tài liệu được yêu cầu cung cấp.Theo điểm d khoản 3 Điều 50 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, thời hạn kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế thông thường không quá 20 ngày kể từ ngày công bố quyết định kiểm tra; trường hợp cần thiết có thể được gia hạn theo quy định.
1.2. Giải trình các điểm chênh lệch dữ liệu thuế GTGT theo yêu cầu của đoàn
Căn cứ điểm b khoản 5 Điều 50 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, Trưởng đoàn kiểm tra có quyền yêu cầu người nộp thuế cung cấp thông tin, tài liệu và giải trình các vấn đề liên quan đến nội dung kiểm tra.Đối với vi phạm thuế GTGT, doanh nghiệp nên chuẩn bị:
Tờ khai thuế GTGT;
Hóa đơn đầu vào, đầu ra;
Hợp đồng kinh tế;
Chứng từ thanh toán;
Phiếu xuất kho, nhập kho;
Sổ kế toán và báo cáo tài chính;
Hồ sơ chứng minh giao dịch thực tế.
Việc giải trình cần tập trung vào các khoản chênh lệch giữa số liệu doanh nghiệp kê khai và dữ liệu do cơ quan thuế đối chiếu.
1.3. Lập biên bản xác nhận số liệu kiểm tra và ghi nhận các nội dung vi phạm
Sau khi kiểm tra, đoàn kiểm tra lập biên bản ghi nhận kết quả kiểm tra, số liệu đã đối chiếu và các hành vi vi phạm được xác định.Căn cứ điểm b khoản 5 Điều 50 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, Trưởng đoàn kiểm tra có trách nhiệm lập biên bản kiểm tra và báo cáo kết quả cho người đã ban hành quyết định kiểm tra.Doanh nghiệp cần đọc kỹ biên bản trước khi ký. Nếu không đồng ý với nội dung xác định của đoàn kiểm tra, doanh nghiệp nên ghi rõ ý kiến giải trình hoặc ý kiến bảo lưu và cung cấp tài liệu chứng minh kèm theo.
2. Hoàn tất kết luận thanh tra và thực hiện nghĩa vụ xử phạt vi phạm thuế VAT
Sau khi lập biên bản, cơ quan thuế tiến hành các bước xử lý sau kiểm tra để xác định nghĩa vụ tài chính cuối cùng của doanh nghiệp. Giai đoạn này quyết định số tiền thuế GTGT bị truy thu, số tiền chậm nộp và mức xử phạt vi phạm hành chính. Hai bước sau đây khép lại quá trình kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp.Hoàn tất kế hoạch thanh tra và thực hiện nghĩa vụ xử phạt
2.1. Ban hành kết luận thanh tra thuế và quyết định xử lý vi phạm hành chính
Căn cứ khoản 5 Điều 50 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, trên cơ sở kết quả kiểm tra, cơ quan có thẩm quyền có thể ban hành kết luận kiểm tra, thông báo kết quả kiểm tra hoặc quyết định xử lý theo quy định.Trường hợp doanh nghiệp có hành vi vi phạm hành chính về thuế, việc xử phạt được áp dụng theo Nghị định số 125/2020/NĐ-CP và các văn bản sửa đổi, bổ sung còn hiệu lực.Doanh nghiệp cần kiểm tra các nội dung gồm:
Số thuế GTGT bị truy thu;
Số tiền chậm nộp;
Hành vi vi phạm bị xác định;
Mức tiền phạt;
Căn cứ pháp lý áp dụng.
2.2. Nộp đủ số tiền thuế GTGT truy thu và tiền chậm nộp vào ngân sách
Trường hợp cơ quan thuế xác định doanh nghiệp còn thiếu nghĩa vụ thuế, doanh nghiệp phải nộp số tiền theo quyết định hoặc thông báo của cơ quan có thẩm quyền.Căn cứ điểm a khoản 2 Điều 16 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, tiền chậm nộp được tính theo mức 0,03%/ngày trên số tiền chậm nộp.Ngoài số thuế bị truy thu và tiền chậm nộp, doanh nghiệp có thể bị xử phạt theo từng hành vi cụ thể, chẳng hạn:
Điều 16 Nghị định 125/2020/NĐ-CP: Phạt 20% số tiền thuế khai thiếu đối với hành vi khai sai dẫn đến thiếu số thuế phải nộp;
Điều 17 Nghị định 125/2020/NĐ-CP: Phạt từ 01 đến 03 lần số tiền thuế trốn đối với hành vi trốn thuế.
Nếu không thực hiện nghĩa vụ đúng thời hạn, doanh nghiệp có thể bị áp dụng biện pháp cưỡng chế theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.
3. Thực hiện quyền khiếu nại hoặc khởi kiện quyết định thanh tra khi có căn cứ
Doanh nghiệp không đồng ý với kết luận kiểm tra hoặc quyết định xử phạt có quyền khiếu nại hoặc khởi kiện theo quy định pháp luật. Việc lựa chọn đúng thủ tục và tuân thủ đúng thời hạn quyết định khả năng bảo vệ quyền lợi hợp pháp của doanh nghiệp. Ba nội dung sau đây trình bày trình tự thực hiện quyền này.Thực hiện quyền khiếu nại hoặc khởi kiện quyết định điều tra
3.1. Thời hạn khiếu nại
Căn cứ Điều 9 Luật Khiếu nại năm 2011, thời hiệu khiếu nại là 90 ngày kể từ ngày nhận được hoặc biết được quyết định hành chính, hành vi hành chính.Do đó, khi không đồng ý với quyết định xử lý về thuế, doanh nghiệp cần thực hiện quyền khiếu nại trong thời hiệu này.
3.2. Trình tự giải quyết khiếu nại
Căn cứ khoản 1 Điều 18 Luật Khiếu nại năm 2011, người có thẩm quyền giải quyết khiếu nại lần đầu là người đã ban hành quyết định hành chính bị khiếu nại.Theo Điều 28 Luật Khiếu nại năm 2011, thời hạn giải quyết khiếu nại lần đầu thông thường không quá 30 ngày kể từ ngày thụ lý; vụ việc phức tạp có thể kéo dài nhưng không quá 45 ngày.Trường hợp không đồng ý với quyết định giải quyết khiếu nại lần đầu hoặc hết thời hạn mà không được giải quyết, doanh nghiệp có quyền khiếu nại tiếp hoặc khởi kiện vụ án hành chính.
3.3. Trình tự khởi kiện vụ án hành chính
Căn cứ điểm a khoản 2 và khoản 3 Điều 116 Luật Tố tụng hành chính năm 2015, thời hiệu khởi kiện đối với quyết định hành chính, hành vi hành chính về thuế là 01 năm kể từ ngày nhận được hoặc biết được quyết định, hành vi đó.Trường hợp đã thực hiện thủ tục khiếu nại, thời hiệu khởi kiện được xác định kể từ ngày nhận được quyết định giải quyết khiếu nại hoặc từ ngày hết thời hạn giải quyết khiếu nại mà cơ quan có thẩm quyền không giải quyết.
4. Dịch vụ luật sư tư vấn và hỗ trợ làm việc với thanh tra thuế tại LCP Law Firm
LCP Law Firm cung cấp dịch vụ tư vấn và đại diện doanh nghiệp trong quá trình làm việc với đoàn kiểm tra, thanh tra thuế với các công việc cụ thể sau:
Rà soát quyết định kiểm tra, xác định phạm vi, thời kỳ và căn cứ pháp lý của cuộc kiểm tra theo Luật Quản lý thuế .
Chuẩn bị hồ sơ, sổ sách kế toán và tài liệu giải trình các điểm chênh lệch dữ liệu thuế GTGT trước khi đoàn kiểm tra làm việc tại trụ sở.
Trực tiếp tham gia hoặc đại diện doanh nghiệp làm việc với đoàn kiểm tra, soát xét nội dung biên bản trước khi ký.
Đánh giá căn cứ pháp lý của kết luận kiểm tra và quyết định xử phạt vi phạm hành chính.
Soạn thảo đơn khiếu nại quyết định hành chính về thuế, bảo đảm đúng thời hiệu và thẩm quyền giải quyết.
Đại diện khởi kiện vụ án hành chính tại Tòa án nhân dân có thẩm quyền.
Quý khách hàng nhận được quyết định kiểm tra hoặc quyết định xử phạt vi phạm thuế GTGT nên rà soát kỹ nội dung và thời hạn thực hiện quyền trước khi phản hồi cơ quan thuế. Đội ngũ luật sư LCP Law Firm đồng hành cùng doanh nghiệp từ giai đoạn làm việc trực tiếp với đoàn kiểm tra đến khi hoàn tất thủ tục khiếu nại hoặc khởi kiện. Quý khách liên hệ hotline 0962275827 để được tiếp nhận và tư vấn cụ thể.
