Các lỗi vi phạm thuế VAT của doanh nghiệp thường gặp trong quá trình kê khai, khấu trừ và nộp ngân sách nhà nước, dẫn đến nguy cơ bị truy thu và phạt vi phạm hành chính theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP. Việc nắm vững các lỗi vi phạm giúp người nộp thuế chủ động rà soát hệ thống kế toán. Luật LCP tổng hợp toàn bộ các hành vi vi phạm pháp luật thuế giá trị gia tăng cùng giải pháp khắc phục chi tiết dưới đây.Các lỗi vi phạm thuế VAT của doanh nghiệp
I. Các lỗi vi phạm về thuế GTGT phổ biến tại các doanh nghiệp
Việc xác định sai phương pháp tính thuế GTGT ngay từ khi mới thành lập tạo ra chuỗi sai sót dây chuyền trong sổ sách kế toán.
1. Nhầm lẫn trong việc lựa chọn phương pháp tính thuế GTGT trực tiếp hoặc khấu trừ
Doanh nghiệp mới thành lập thường nhầm giữa phương pháp khấu trừ và phương pháp trực tiếp. Phương pháp khấu trừ xác định thuế phải nộp từ thuế GTGT đầu ra trừ thuế GTGT đầu vào đủ điều kiện; phương pháp trực tiếp tính thuế trên doanh thu hoặc giá trị gia tăng theo tỷ lệ, tùy hoạt động.Áp dụng sai phương pháp dẫn đến kê khai sai số thuế phải nộp, buộc phải điều chỉnh lại toàn bộ tờ khai thuế GTGT (Mẫu 01/GTGT hoặc 04/GTGT) và nộp bổ sung tiền thuế chênh lệch.
2. Kê khai thiếu hoặc bỏ sót hóa đơn doanh thu đầu ra phát sinh trong kỳ
Hành vi không ghi nhận hóa đơn đầu ra vào kỳ phát sinh nghĩa vụ thuế làm giảm số thuế GTGT phải nộp, bị xác định là hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp theo khoản 11 Điều 1 Nghị định 310/2025/NĐ-CP. Doanh nghiệp nên đối chiếu hằng tháng giữa hóa đơn điện tử, hợp đồng, biên bản giao nhận, phiếu xuất kho, sao kê ngân hàng và sổ cái doanh thu.
3. Áp sai thuế suất thuế GTGT đối với các nhóm hàng hóa, dịch vụ kinh doanh đặc thù
Thuế suất thuế GTGT không áp dụng đồng loạt cho mọi hàng hóa, dịch vụ. Sai sót thường xuất hiện ở hàng hóa thuộc diện không chịu thuế, mức 0%, mức 5%, mức 10% hoặc hàng hóa được giảm thuế theo chính sách từng thời kỳ.Căn cứ Điều 16 Nghị định 125/2020/NĐ-CP, nếu áp sai thuế suất làm thiếu thuế, doanh nghiệp có thể bị phạt 20% số thuế khai thiếu và phải nộp đủ số thuế thiếu cùng tiền chậm nộp.
II. Lỗi sai liên quan đến hóa đơn, chứng từ và điều kiện khấu trừ thuế GTGT
Lỗi sai liên quan đến hóa đơn, chứng từ phản ánh sự thiếu hụt trong quy trình kiểm tra và kiểm soát nội bộ của bộ phận kế toán.Lỗi sai liên quan đến hóa đơn, chứng từ và điều kiện khấu trừ thuế GTGT
1. Khấu trừ thuế GTGT của các hóa đơn bất hợp pháp hoặc hóa đơn của doanh nghiệp bỏ trốn
Khấu trừ thuế GTGT của các hóa đơn bất hợp pháp (hóa đơn khống, hóa đơn mua từ doanh nghiệp không còn hoạt động tại địa chỉ đăng ký) dẫn đến việc bị cơ quan thuế loại trừ chi phí, truy thu thuế GTGT và xử phạt vi phạm hành chính.Nếu cơ quan thuế xác định hóa đơn không hợp pháp hoặc sử dụng hóa đơn không hợp pháp, doanh nghiệp có thể bị phạt từ 20 triệu đồng đến 50 triệu đồng, trừ các trường hợp được xử lý theo hành vi khai sai hoặc trốn thuế theo Điều 28 Nghị định 125/2020/NĐ-CP. Trường hợp người mua chứng minh lỗi thuộc bên bán và đã hạch toán đầy đủ theo quy định, hành vi có thể bị xử phạt theo nhóm khai sai tại Điều 16 Nghị định 125/2020/NĐ-CP.
2. Kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào không đúng quy định
Việc khai sai làm tăng số thuế GTGT được khấu trừ hoặc làm giảm số thuế phải nộp có thể bị buộc điều chỉnh lại số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ chuyển kỳ sau. Nếu dẫn đến thiếu tiền thuế phải nộp, doanh nghiệp còn phải nộp phần thuế thiếu và tiền chậm nộp theo Điều 7 Nghị định 125/2020/NĐ-CP.
III. Các chế tài xử phạt vi phạm thuế
Chế tài xử phạt đối với các hành vi vi phạm nghĩa vụ nộp ngân sách nhà nước được quy định cụ thể tại Nghị định 125/2020/NĐ-CP.
1. Mức phạt tiền và truy thu thuế đối với hành vi trốn thuế GTGT của doanh nghiệp
Căn cứ Điều 16 Nghị định 125/2020/NĐ-CP, hành vi khai sai dẫn đến thiếu số thuế phải nộp có thể bị phạt 20% số thuế khai thiếu. Doanh nghiệp phải nộp đủ thuế thiếu, thuế được hoàn hoặc miễn giảm sai và tiền chậm nộp. Hành vi trốn thuế có thể bị phạt từ 1 đến 3 lần số tiền thuế trốn, tùy tính chất và tình tiết vi phạm. Ngoài tiền phạt, doanh nghiệp bị buộc nộp đủ tiền thuế trốn và tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước theo Điều 7 Nghị định 125/2020/NĐ-CP.
2. Các biện pháp cưỡng chế thi hành quyết định hành chính thuế đối với trường hợp chây ỳ nộp phạt
Các hành vi cố tình chậm nộp, không nộp hoặc tẩu tán tài sản để trốn tránh nghĩa vụ thuế có thể dẫn đến cưỡng chế thi hành quyết định hành chính thuế.Theo khoản 1 Điều 49 Luật Quản lý thuế 2025, các biện pháp cưỡng chế bao gồm trích tiền từ tài khoản ngân hàng, phong tỏa tài khoản, dừng làm thủ tục hải quan, ngừng sử dụng hóa đơn, và thu hồi giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp.
V. Quy trình từng bước xử lý và khắc phục sai sót vi phạm thuế GTGT
Quy trình khắc phục sai sót yêu cầu sự chính xác trong từng khâu xử lý nghiệp vụ kế toán và pháp lý. Quy trình xử lý và khắc phục vi phạm thuế GTGT
1. Hướng dẫn tự rà soát toàn bộ hệ thống hóa đơn và sổ sách kế toán thuế GTGT
Doanh nghiệp cần khóa số liệu theo từng kỳ khai thuế, sau đó đối chiếu ba nhóm dữ liệu: hóa đơn đầu ra, hóa đơn đầu vào và chứng từ thanh toán. Cần lập danh mục các hóa đơn có rủi ro: hóa đơn giá trị lớn, hóa đơn thanh toán chậm, hóa đơn thiếu hợp đồng hoặc giao nhận, nhà cung cấp ngừng hoạt động, hóa đơn điều chỉnh và hóa đơn thay thế. Mỗi hồ sơ cần có kết luận rõ: đủ điều kiện, cần bổ sung chứng từ, cần điều chỉnh giảm khấu trừ hoặc cần giải trình.
2. Các bước nộp hồ sơ khai bổ sung và nộp số tiền thuế nợ kèm tiền chậm nộp vào Kho bạc
Doanh nghiệp lập tờ khai bổ sung (Mẫu 01/KHBS) theo Điều 47 Luật Quản lý thuế 2019 cho kỳ có sai sót, kèm bản giải trình khai bổ sung và tài liệu chứng minh số liệu điều chỉnh. Nếu khai bổ sung làm tăng số thuế GTGT phải nộp hoặc giảm số thuế được khấu trừ, doanh nghiệp phải nộp số tiền tăng thêm và tiền chậm nộp theo quy định.Tiền chậm nộp được tính theo số ngày chậm và khoản thuế chưa nộp. Doanh nghiệp cần lưu chứng từ nộp ngân sách, thông báo xử lý của cơ quan thuế và hồ sơ khai bổ sung để phục vụ thanh tra, kiểm tra sau này.
3. Phương pháp chuẩn bị hồ sơ giải trình minh bạch khi cơ quan thuế tiến hành kiểm tra tại trụ sở
Hồ sơ giải trình nên được lập theo từng vấn đề cơ quan thuế yêu cầu, không gửi tài liệu rời rạc. Mỗi vấn đề cần có bảng tóm tắt giao dịch, danh mục chứng từ, giải trình nghiệp vụ, đối chiếu số liệu và kết luận của doanh nghiệp.Trường hợp có hóa đơn rủi ro, doanh nghiệp nên chứng minh tính có thật của giao dịch bằng chuỗi tài liệu: nhu cầu mua, lựa chọn nhà cung cấp, giao nhận, nhập kho, thanh toán, sử dụng hàng hóa hoặc dịch vụ và hạch toán kế toán.
VI. Dịch vụ Luật sư tư vấn pháp luật về thuế
Luật LCP hỗ trợ doanh nghiệp xử lý các lỗi vi phạm thuế GTGT theo hồ sơ thực tế, từ giai đoạn tự rà soát đến làm việc với cơ quan thuế.
Rà soát tờ khai thuế GTGT, hóa đơn điện tử, sổ kế toán và chứng từ thanh toán;
Đánh giá rủi ro đối với hóa đơn đầu vào, giao dịch với nhà cung cấp và điều kiện khấu trừ thuế GTGT;
Tính lại số thuế GTGT, tiền chậm nộp, mức phạt khai sai hoặc rủi ro bị xác định là trốn thuế;
Soạn tờ khai bổ sung, bản giải trình, công văn đề nghị điều chỉnh và hồ sơ chứng minh giao dịch thực tế;
Đại diện hoặc hỗ trợ doanh nghiệp làm việc trong quá trình thanh tra, kiểm tra thuế;
Tư vấn phương án xử lý quyết định xử phạt, truy thu, cưỡng chế, khiếu nại hoặc khởi kiện hành chính khi có căn cứ.
Kết luận
Các lỗi vi phạm thuế GTGT thường có thể kiểm soát nếu doanh nghiệp đối chiếu hóa đơn, doanh thu, chứng từ thanh toán và tờ khai theo từng kỳ. Quý khách hàng cần rà soát hoặc xử lý hồ sơ thuế GTGT, liên hệ Luật LCP qua Hotline 0962275827 để được tư vấn.
