Mức phạt vi phạm thuế VAT của doanh nghiệp được ấn định theo từng nhóm hành vi, từ chậm nộp hồ sơ khai thuế đến trốn thuế, với khung phạt và cách tính tiền chậm nộp khác nhau.

Nghị định 310/2025/NĐ-CP cập nhật nhiều mức phạt và nguyên tắc xử phạt mới. Doanh nghiệp cần nắm rõ khung phạt hiện hành để chủ động phòng ngừa và xử lý kịp thời. Nội dung dưới đây trình bày cụ thể các quy định pháp lý liên quan.

I. Phân loại các hành vi vi phạm thuế VAT phổ biến trong hoạt động kinh doanh

Vi phạm thuế VAT trong hoạt động kinh doanh được pháp luật phân thành nhiều nhóm hành vi, mỗi nhóm gắn với mức phạt và biện pháp khắc phục hậu quả riêng.

1. Vi phạm về thời hạn nộp hồ sơ khai thuế VAT định kỳ.

Doanh nghiệp có nghĩa vụ thực hiện khai thuế theo đúng thời hạn pháp luật quy định. Việc nộp hồ sơ khai thuế VAT quá thời hạn có thể bị xử phạt vi phạm hành chính, với mức phạt được xác định căn cứ vào số ngày chậm nộp và tình trạng phát sinh nghĩa vụ thuế.

Theo điểm a khoản 10 Điều 1 Nghị định 310/2025/NĐ-CP, quy định tại Điều 13 Nghị định 125/2020/NĐ-CP về xử phạt hành vi vi phạm thời hạn nộp hồ sơ khai thuế được sửa đổi theo hướng phân loại rõ hơn các khoảng thời gian chậm nộp.

Đối với doanh nghiệp kê khai VAT, cần phân biệt trường hợp:

• Chậm nộp hồ sơ từ 01 đến 05 ngày và có tình tiết giảm nhẹ;
• Chậm từ 01 đến 30 ngày;
• Chậm từ 31 đến 60 ngày;
• Chậm từ 61 đến 90 ngày;
• Chậm trên 90 ngày nhưng có phát sinh số thuế phải nộp và đã hoàn thành nghĩa vụ thuế, tiền chậm nộp trước thời điểm cơ quan có thẩm quyền lập biên bản hoặc công bố quyết định kiểm tra, thanh tra theo quy định.

Việc xác định số ngày chậm nộp phải căn cứ vào thời hạn nộp hồ sơ thực tế của từng kỳ khai thuế.

2. Vi phạm về khai sai chỉ tiêu trên tờ khai thuế VAT nhưng không làm thiếu số tiền thuế phải nộp.

Trường hợp doanh nghiệp khai sai chỉ tiêu trên hồ sơ khai thuế nhưng sai sót không làm thiếu số thuế phải nộp, không làm tăng số thuế được miễn, giảm, hoàn và không thuộc trường hợp trốn thuế thì cần xác định hành vi theo nhóm vi phạm về thủ tục thuế.

Nghị định 310/2025/NĐ-CP đặc biệt bổ sung nguyên tắc xử lý khi người nộp thuế có nhiều sai sót.

Theo quy định được sửa đổi tại khoản 3 Điều 5 Nghị định 125/2020/NĐ-CP, nếu trong cùng một ngày người nộp thuế khai sai một hoặc nhiều chỉ tiêu trên nhiều hồ sơ thuế thì đối với hành vi thuộc nhóm xử phạt về thủ tục thuế.

Chỉ xử phạt một hành vi khai sai chỉ tiêu có khung tiền phạt cao nhất trong số các hành vi đã thực hiện. Tương tự, trường hợp khai sai nhiều chỉ tiêu trên cùng một hồ sơ thuế cũng phải xem xét nguyên tắc xử phạt một hành vi có khung tiền phạt cao nhất.

3. Vi phạm khai sai dẫn đến thiếu số thuế VAT phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn.

Trường hợp sai sót trong kê khai làm phát sinh thiếu số thuế VAT phải nộp hoặc làm tăng số tiền thuế được hoàn, miễn, giảm không đúng quy định thì doanh nghiệp phải xác định đầy đủ số thuế bị ảnh hưởng và trách nhiệm xử lý tương ứng.

Khi áp dụng quy định mới, cần phân biệt hành vi khai sai thông thường với hành vi có dấu hiệu trốn thuế. Việc xác định hành vi phải căn cứ vào bản chất, mức độ và hậu quả của hành vi thực tế

4. Hành vi trốn thuế VAT và gian lận tiền thuế của Nhà nước.

Nghị định 310/2025/NĐ-CP bổ sung, điều chỉnh một số quy định liên quan đến việc xử lý hành vi vi phạm về thuế, trong đó có các trường hợp có tính chất nghiêm trọng.

Đối với doanh nghiệp kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu VAT, rủi ro có thể phát sinh từ việc không phản ánh đầy đủ doanh thu, sử dụng hóa đơn không đúng quy định hoặc thực hiện các hành vi làm giảm số thuế phải nộp không đúng quy định.

Doanh nghiệp cần phân biệt rõ sai sót kê khai với hành vi có dấu hiệu trốn thuế để tránh áp dụng sai chế tài.

II. Khung phạt tiền vi phạm hành chính về thuế VAT áp dụng cho doanh nghiệp

Khung phạt tiền vi phạm hành chính về thuế được quy định cụ thể tại Nghị định 125/2020/NĐ-CP, sửa đổi bởi Nghị định 310/2025/NĐ-CP.

Mỗi nhóm hành vi tại mục I tương ứng với một khung phạt riêng, tính theo số tiền cố định hoặc theo tỷ lệ phần trăm số thuế liên quan.

1. Mức phạt đối với hành vi chậm nộp hồ sơ khai thuế VAT theo từng mốc thời gian.

Điều 13 Nghị định 125/2020/NĐ-CP, được sửa đổi bởi khoản 10 Điều 1 Nghị định 310/2025/NĐ-CP, quy định:

• phạt cảnh cáo đối với hành vi nộp hồ sơ khai thuế quá thời hạn từ 01 đến 05 ngày và có tình tiết giảm nhẹ; phạt từ 2.000.000 đồng đến 5.000.000 đồng đối với hành vi nộp quá thời hạn từ 01 đến 30 ngày, trừ trường hợp nêu trên;
• phạt từ 5.000.000 đồng đến 8.000.000 đồng đối với hành vi nộp quá thời hạn từ 31 đến 60 ngày;
• các mốc chậm nộp dài hơn, từ 61 ngày đến trên 90 ngày, áp dụng khung phạt cao hơn, lên đến 15.000.000 đồng đến 25.000.000 đồng đối với trường hợp chậm trên 90 ngày có phát sinh số thuế phải nộp.

2. Mức phạt tiền đối với hành vi khai thiếu số thuế VAT phải nộp.

Điều 16 Nghị định 125/2020/NĐ-CP quy định phạt 20% số tiền thuế khai thiếu hoặc số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn cao hơn quy định đối với hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp.

3. Quy định về hạn mức phạt tiền đối với tổ chức.

Mức phạt tối đa đối với hành vi vi phạm thủ tục thuế: Theo điểm b khoản 1 Điều 7 Nghị định 125/2020/NĐ-CP, mức phạt tiền tối đa đối với người nộp thuế là tổ chức thực hiện hành vi vi phạm thủ tục thuế là 200.000.000 đồng.

Phạm vi áp dụng mức phạt 200 triệu đồng: Mức phạt tối đa này áp dụng đối với nhóm hành vi vi phạm thủ tục thuế, không áp dụng chung cho mọi hành vi vi phạm về thuế.

Đối với hành vi khai thiếu thuế hoặc trốn thuế: Mức phạt không được xác định theo hạn mức 200 triệu đồng mà được tính theo tỷ lệ phần trăm trên số tiền thuế khai thiếu hoặc theo số lần của số tiền thuế trốn, tùy từng hành vi cụ thể.

Nguyên tắc xác định mức phạt đối với tổ chức: Theo khoản 5 Điều 5 Nghị định 125/2020/NĐ-CP, được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định 310/2025/NĐ-CP, đối với các hành vi quy định tại Điều 16, Điều 17 và Điều 18.

Mức phạt áp dụng đối với tổ chức không thực hiện theo nguyên tắc nhân đôi mức phạt của cá nhân như đối với một số hành vi vi phạm khác.

III. Cách tính tiền chậm nộp thuế VAT do nộp chậm hoặc khai thiếu tiền thuế

Cách tính tiền chậm nộp thuế VAT được quy định thống nhất, không phụ thuộc vào nguyên nhân chậm nộp là do nộp trễ hạn hay do khai thiếu bị phát hiện. Ba nội dung dưới đây trình bày nguyên tắc, công thức và thời điểm tính tiền chậm nộp.

1. Nguyên tắc tính tiền chậm nộp trên tổng số tiền thuế khai thiếu từ ngày phải nộp theo quy định.

Khoản 2 Điều 16 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 quy định mức tính tiền chậm nộp bằng 0,03%/ngày tính trên số tiền thuế, khoản thu khác chậm nộp do cơ quan thuế quản lý thu.

Nguyên tắc này áp dụng trên tổng số tiền thuế khai thiếu, tính liên tục từ ngày tiếp theo ngày phải nộp theo quy định của kỳ tính thuế có sai sót, không phân biệt ngày nghỉ, ngày lễ.

2. Công thức chuẩn và cách tính tiền chậm nộp tiền thuế VAT phát sinh.

Số tiền chậm nộp được tính theo công thức: Số tiền chậm nộp = Số tiền thuế chậm nộp x 0,03% x Số ngày chậm nộp.

Ví dụ, doanh nghiệp khai thiếu 100.000.000 đồng tiền thuế VAT, chậm nộp 30 ngày, số tiền chậm nộp phải trả là 100.000.000 đồng x 0,03% x 30 ngày, tương đương 900.000 đồng, cộng với mức phạt 20% số tiền thuế khai thiếu theo Điều 16 Nghị định 125/2020/NĐ-CP nêu tại mục II.

3. Xác định thời gian tính chậm nộp tiền và mốc thời điểm dừng tính tiền chậm nộp.

Thời gian tính tiền chậm nộp được tính liên tục kể từ ngày tiếp theo ngày phát sinh tiền chậm nộp đến ngày liền kề trước ngày số tiền thuế thiếu, số tiền thuế ấn định hoặc số tiền thuế tăng thêm được nộp vào ngân sách nhà nước.

Doanh nghiệp nộp đủ số tiền thuế thiếu vào ngày nào thì tiền chậm nộp dừng tính từ ngày liền trước ngày đó, không tính thêm ngày doanh nghiệp đã hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế.

IV. Xử phạt hành vi trốn thuế VAT và rủi ro pháp lý đối với doanh nghiệp

Trốn thuế VAT là nhóm hành vi vi phạm nghiêm trọng nhất trong hệ thống xử phạt vi phạm hành chính về thuế, có thể kéo theo trách nhiệm hình sự nếu đạt mức độ nghiêm trọng theo quy định của Bộ luật Hình sự.

Doanh nghiệp cần nhận diện đúng ranh giới giữa khai sai thông thường và hành vi bị quy kết là trốn thuế. Ba nội dung dưới đây trình bày các trường hợp bị quy kết, cách áp dụng mức phạt theo tình tiết, và trách nhiệm truy thu, rủi ro hình sự.

1. Các trường hợp kê khai sai hóa đơn, chứng từ bị quy kết vào hành vi trốn thuế VAT.

Theo khoản 1 Điều 17 Nghị định 125/2020/NĐ-CP, một số hành vi trốn thuế bao gồm:

• Không nộp hồ sơ đăng ký thuế theo quy định pháp luật.
• Không nộp hồ sơ khai thuế hoặc nộp hồ sơ khai thuế sau 90 ngày kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ, thuộc các trường hợp pháp luật quy định.
• Không ghi chép trong sổ kế toán các khoản thu liên quan đến việc xác định số tiền thuế phải nộp.
• Sử dụng hóa đơn không hợp pháp hoặc sử dụng không hợp pháp hóa đơn để hạch toán hàng hóa, nguyên liệu đầu vào.
• Thực hiện hành vi nhằm làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc làm tăng số tiền thuế được hoàn, được miễn, giảm không đúng quy định.

2. Áp dụng mức phạt tùy thuộc vào tình tiết tăng nặng hoặc giảm nhẹ.

Theo Điều 17 Nghị định 125/2020/NĐ-CP, mức phạt đối với hành vi trốn thuế được xác định theo từng trường hợp như sau:

• Phạt 1 lần số tiền thuế trốn: Áp dụng đối với người nộp thuế có từ một tình tiết giảm nhẹ trở lên.
• Phạt 1,5 lần số tiền thuế trốn: Áp dụng khi người nộp thuế thực hiện hành vi trốn thuế nhưng không có tình tiết tăng nặng hoặc giảm nhẹ.
• Phạt 2 lần số tiền thuế trốn: Áp dụng khi có 01 tình tiết tăng nặng.
• Phạt 2,5 lần số tiền thuế trốn: Áp dụng khi có 02 tình tiết tăng nặng.
• Phạt 3 lần số tiền thuế trốn: Áp dụng khi có từ 03 tình tiết tăng nặng trở lên.

3. Trách nhiệm truy thu tiền thuế VAT và nguy cơ xử lý hình sự đối với vi phạm nghiêm trọng.

Ngoài mức phạt từ 1 đến 3 lần số tiền thuế trốn, doanh nghiệp phải nộp đủ số tiền thuế trốn vào ngân sách nhà nước theo biện pháp khắc phục hậu quả quy định tại Nghị định 125/2020/NĐ-CP.

Trường hợp hành vi trốn thuế có dấu hiệu tội phạm theo quy định của Bộ luật Hình sự, cơ quan thuế chuyển hồ sơ cho cơ quan điều tra có thẩm quyền để xem xét trách nhiệm hình sự đối với người đại diện theo pháp luật hoặc cá nhân liên quan của doanh nghiệp.

V. Quy trình xử lý tự khắc phục và khai bổ sung thuế VAT để tránh bị xử phạt

Pháp luật thuế khuyến khích doanh nghiệp tự phát hiện và khắc phục sai sót trước khi cơ quan thuế can thiệp, thông qua cơ chế miễn hoặc giảm mức xử phạt.

1. Điều kiện doanh nghiệp được miễn phạt vi phạm hành chính khi tự giác nộp hồ sơ khai bổ sung.

Theo khoản 3 Điều 9 Nghị định 125/2020/NĐ-CP, không xử phạt vi phạm hành chính về thuế đối với trường hợp người nộp thuế khai sai nhưng đã chủ động khai bổ sung và nộp đủ số tiền thuế phải nộp trước các thời điểm sau:

• Trước thời điểm cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra hoặc thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế.
• Trước thời điểm cơ quan thuế phát hiện hành vi vi phạm trong trường hợp phát hiện không thông qua thanh tra, kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế.
• Trước thời điểm cơ quan có thẩm quyền khác phát hiện hành vi vi phạm.

2. Các bước điều chỉnh tờ khai thuế VAT và khắc phục nộp tiền thuế nợ vào ngân sách.

Doanh nghiệp cần thực hiện tuần tự các bước sau:

• Rà soát, xác định nội dung và số thuế sai sót.
• Lập và nộp hồ sơ khai bổ sung theo quy định.
• Nộp đủ thuế còn thiếu và tiền chậm nộp nếu phát sinh.
• Chủ động khắc phục trước khi cơ quan thuế phát hiện hoặc công bố quyết định kiểm tra, thanh tra để xem xét áp dụng quy định tại khoản 3 Điều 9 Nghị định 125/2020/NĐ-CP.

VI. Dịch vụ Luật sư tư vấn pháp luật thuế

Luật LCP cung cấp dịch vụ tư vấn và hỗ trợ pháp lý cho Quý khách hàng liên quan đến mức phạt vi phạm thuế VAT và xử lý rủi ro về thuế, bao gồm các công việc sau:

• Tư vấn xác định đúng nhóm hành vi vi phạm thuế VAT và khung phạt tương ứng.
• Rà soát hồ sơ khai thuế VAT, hóa đơn đầu vào, đầu ra để phát hiện sớm sai sót và nguy cơ bị xử phạt.
• Tính toán chính xác số tiền chậm nộp, mức phạt vi phạm hành chính theo công thức và khung phạt hiện hành.
• Tư vấn lập hồ sơ khai bổ sung, thực hiện đúng trình tự để được áp dụng miễn xử phạt.
• Đại diện làm việc, giải trình với cơ quan thuế trong quá trình thanh tra, kiểm tra thuế VAT.
• Tư vấn phân biệt hành vi khai sai thông thường với hành vi có nguy cơ bị quy kết trốn thuế, giảm thiểu rủi ro pháp lý cho doanh nghiệp.
• Đại diện khiếu nại quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế VAT khi có căn cứ pháp lý.

>>> Xem thêm: Nghĩa vụ chứng minh của Công ty khi xử lý kỷ luật lao động

Kết luận. 

Mức phạt vi phạm thuế VAT của doanh nghiệp thay đổi theo từng nhóm hành vi và được cập nhật thường xuyên theo quy định pháp luật hiện hành.

Luật LCP với đội ngũ luật sư có kinh nghiệm trong lĩnh vực thuế sẵn sàng hỗ trợ Quý khách hàng đánh giá rủi ro, khắc phục sai sót và bảo vệ quyền lợi hợp pháp trước cơ quan thuế. Quý khách hàng có nhu cầu tư vấn, vui lòng liên hệ Hotline: 0962275827 để được hỗ trợ trực tiếp.