Hủy quyết định phạt vi phạm thuế VAT của doanh nghiệp chỉ được thực hiện khi có căn cứ pháp lý rõ ràng về đối tượng, thẩm quyền, thủ tục hoặc bản chất hành vi vi phạm. Không phải mọi khiếu nại đều dẫn đến việc hủy bỏ quyết định, do cơ quan thuế chỉ ban hành quyết định hủy khi thuộc các trường hợp luật định cụ thể. Nội dung dưới đây phân tích các trường hợp, trình tự và hệ quả pháp lý khi quyết định xử phạt bị hủy.
I. Các trường hợp bắt buộc hủy Quyết định xử phạt thuế VAT của doanh nghiệp
Theo Điều 13 Nghị định 118/2021/NĐ-CP (được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định 68/2025/NĐ-CP và Nghị định 190/2025/NĐ-CP), người đã ban hành quyết định xử phạt phải tự mình hoặc theo yêu cầu ban hành quyết định hủy bỏ toàn bộ nội dung quyết định nếu thuộc một trong 8 trường hợp luật định. Bốn nhóm trường hợp phổ biến nhất trong lĩnh vực thuế giá trị gia tăng được trình bày dưới đây.
1.1. Phát hiện không có hành vi vi phạm hoặc không thuộc đối tượng bị xử phạt tiền
Quyết định bị hủy khi cơ quan thuế xác định doanh nghiệp không đúng đối tượng vi phạm, hoặc xác định hành vi vi phạm hành chính không đúng bản chất thực tế phát sinh. Trường hợp áp dụng hình thức xử phạt, mức xử phạt hoặc biện pháp khắc phục hậu quả không đúng, không đầy đủ cũng thuộc diện phải hủy bỏ toàn bộ quyết định.
1.2. Sai sót về thẩm quyền, thủ tục lập biên bản phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực thuế
Quyết định ban hành không đúng thẩm quyền hoặc vi phạm quy định về thủ tục ban hành đều phải bị hủy bỏ. Doanh nghiệp cần đối chiếu chức danh người ký quyết định với thẩm quyền xử phạt theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP (được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định 310/2025/NĐ-CP và Nghị định 291/2026/NĐ-CP), cũng như trình tự lập biên bản vi phạm hành chính về thuế, hóa đơn.
1.3. Xảy ra sự kiện bất khả kháng hoặc người nộp thuế không có lỗi vi phạm
Theo Điều 11 Luật Xử lý vi phạm hành chính 2012 (sửa đổi, bổ sung năm 2020, 2025), doanh nghiệp không bị xử phạt nếu hành vi vi phạm xảy ra do sự kiện bất khả kháng, sự kiện bất ngờ hoặc trong tình thế cấp thiết. Trường hợp quyết định xử phạt đã ban hành nhưng sau đó xác định thuộc diện không ra quyết định xử phạt, cơ quan thuế phải hủy bỏ toàn bộ quyết định đã ban hành.
1.4. Phát hiện dấu hiệu tội phạm trong lĩnh vực thuế
Quyết định bị hủy khi vụ việc có dấu hiệu tội phạm nhưng bị giữ lại để xử lý vi phạm hành chính, hoặc khi cơ quan tiến hành tố tụng hình sự đã ra quyết định khởi tố vụ án đối với hành vi trốn thuế theo Điều 200 Bộ luật Hình sự.
II. Điều kiện hoãn, miễn giảm quyết định xử phạt thuế VAT
Hoãn, miễn hoặc giảm phần còn lại tiền phạt là biện pháp khác với việc hủy bỏ quyết định, áp dụng khi quyết định xử phạt đúng quy định nhưng doanh nghiệp gặp khó khăn đặc biệt về tài chính. Doanh nghiệp cần phân biệt rõ hai cơ chế này để lựa chọn hướng xử lý phù hợp với tình trạng thực tế của mình.
Theo Điều 76 Luật Xử lý vi phạm hành chính, doanh nghiệp bị phạt tiền từ 3.000.000 đồng trở lên có thể được hoãn thi hành quyết định nếu đang gặp khó khăn đặc biệt, đột xuất về kinh tế do thiên tai, hỏa hoạn, dịch bệnh, tai nạn hoặc sự kiện bất khả kháng khác, có xác nhận của Ủy ban nhân dân cấp xã nơi doanh nghiệp đóng trụ sở. Thời gian hoãn không quá thời hạn ghi trong quyết định.
Theo Điều 77 Luật Xử lý vi phạm hành chính, doanh nghiệp đã được hoãn thi hành mà vẫn tiếp tục gặp khó khăn đặc biệt về kinh tế có thể được xem xét giảm một phần hoặc miễn toàn bộ số tiền phạt còn lại. Hồ sơ đề nghị giảm, miễn phải gửi trước khi hết thời hạn hoãn, kèm theo tài liệu chứng minh mức độ thiệt hại thực tế do sự kiện khách quan gây ra.
III. Trình tự, thủ tục đề nghị cơ quan thuế hủy Quyết định phạt vi phạm
3.1. Nộp hồ sơ giải trình và khiếu nại quyết định phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực thuế
Trước khi quyết định được ban hành, doanh nghiệp có quyền giải trình bằng văn bản hoặc trực tiếp theo Điều 61 Luật Xử lý vi phạm hành chính. Sau khi quyết định đã ban hành, nếu có căn cứ cho rằng quyết định trái pháp luật, doanh nghiệp nộp đơn khiếu nại trong thời hiệu 90 ngày kể từ ngày nhận quyết định theo Điều 9 Luật Khiếu nại 2011.
3.2. Thủ tục đối thoại và thẩm tra lại nghĩa vụ nộp thuế VAT của doanh nghiệp
Trong quá trình giải quyết khiếu nại lần đầu, cơ quan thuế tổ chức đối thoại nếu doanh nghiệp có yêu cầu hoặc kết quả xác minh khác với nội dung khiếu nại. Đối với khiếu nại lần hai, việc đối thoại là bắt buộc theo Luật Khiếu nại 2011, đồng thời cơ quan thuế thẩm tra lại toàn bộ căn cứ tính thuế giá trị gia tăng theo Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 (sửa đổi, bổ sung năm 2025, 2026) và Nghị định 181/2025/NĐ-CP (được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định 359/2025/NĐ-CP, Nghị định 144/2026/NĐ-CP).
3.3. Tài liệu, chứng cứ cần cung cấp, giải trình
Doanh nghiệp cần chuẩn bị đầy đủ hồ sơ chứng minh yêu cầu hủy quyết định:
- Quyết định xử phạt, biên bản vi phạm hành chính và biên bản làm việc liên quan;
- Tờ khai thuế giá trị gia tăng, hóa đơn, chứng từ kế toán liên quan đến kỳ tính thuế bị xử phạt;
- Tài liệu chứng minh sự kiện bất khả kháng hoặc không có lỗi vi phạm, nếu viện dẫn căn cứ này;
- Văn bản giải trình nêu rõ căn cứ pháp lý và yêu cầu cụ thể gửi cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
IV. Quyền lợi và nghĩa vụ tài chính của doanh nghiệp sau khi hủy quyết định xử phạt thuế VAT
4.1. Hoàn trả số phạt tiền và tiền chậm nộp thuế doanh nghiệp đã nộp thừa vào ngân sách
Sau khi quyết định xử phạt bị hủy, số tiền phạt và tiền chậm nộp đã nộp trở thành khoản nộp thừa, được xử lý theo Điều 15 Luật Quản lý thuế 2025. Doanh nghiệp được bù trừ với nghĩa vụ thuế khác hoặc đề nghị hoàn trả trực tiếp theo thủ tục quy định tại Điều 18 của Luật này.
4.2. Cập nhật lại lịch sử tuân thủ pháp luật thuế trên hệ thống quản lý của cơ quan thuế
Cơ quan thuế có trách nhiệm điều chỉnh lại dữ liệu vi phạm trên hệ thống quản lý rủi ro sau khi quyết định xử phạt bị hủy, tránh ảnh hưởng đến kết quả phân loại mức độ tuân thủ và xếp hạng rủi ro của doanh nghiệp trong các kỳ đánh giá sau.
4.3. Trách nhiệm bồi thường thiệt hại cho doanh nghiệp theo quy định pháp luật
Trường hợp quyết định xử phạt trái pháp luật do lỗi của người thi hành công vụ gây thiệt hại thực tế cho doanh nghiệp, việc yêu cầu bồi thường không thực hiện theo Luật Quản lý thuế mà theo Luật Trách nhiệm bồi thường của Nhà nước 2017. Doanh nghiệp cần phân biệt rõ căn cứ pháp lý này khi chuẩn bị hồ sơ yêu cầu bồi thường để tránh gửi đến sai cơ quan có thẩm quyền giải quyết.
>>> Xem thêm: Nghĩa vụ bắt buộc của doanh nghiệp đối với dữ liệu của Khách hàng
V. Dịch vụ Luật sư tư vấn pháp luật thuế
Nắm rõ trình tự khiếu nại và quyền được hoàn trả giúp doanh nghiệp bảo vệ quyền lợi tài chính hợp pháp.
Luật LCP cung cấp dịch vụ pháp lý dành cho các doanh nghiệp trong lĩnh vực thuế:
- Rà soát hồ sơ khai thuế, hóa đơn, chứng từ kế toán để xác định mức độ tuân thủ, mức độ rủi ro của doanh nghiệp.
- Tư vấn phân biệt hành vi bị xử phạt hành chính và hành vi có nguy cơ bị truy cứu trách nhiệm hình sự theo Điều 200 Bộ luật Hình sự.
- Hỗ trợ lập hồ sơ khai bổ sung, khắc phục sai sót nhằm chủ động nộp đủ số thuế trốn và tiền chậm nộp trước khi bị xử phạt, đồng thời cải thiện kết quả xếp hạng tuân thủ pháp luật thuế.
- Soạn thảo văn bản giải trình, đề xuất áp dụng tình tiết giảm nhẹ khi làm việc với cơ quan thuế hoặc cơ quan điều tra.
- Đại diện hoặc đồng hành cùng doanh nghiệp trong quá trình thanh tra, kiểm tra thuế và tố tụng hình sự nếu vụ việc bị khởi tố.
- Tư vấn lập đơn khiếu nại quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế hoặc hồ sơ khởi kiện vụ án hành chính khi cần thiết.
Kết luận
Hủy quyết định xử phạt thuế VAT chỉ được thực hiện khi có căn cứ pháp lý cụ thể về đối tượng, thẩm quyền, thủ tục hoặc bản chất hành vi vi phạm, đòi hỏi doanh nghiệp chuẩn bị hồ sơ chặt chẽ ngay từ bước giải trình ban đầu.
Quý khách hàng có nhu cầu tư vấn hoặc hỗ trợ khiếu nại quyết định xử phạt thuế VAT, vui lòng liên hệ Luật LCP qua Hotline: 0962275827 để được hỗ trợ kịp thời.
