Có được hoàn thuế khi đang vi phạm thuế VAT là câu hỏi Luật LCP nhận được thường xuyên từ các doanh nghiệp có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa khấu trừ hết nhưng đồng thời phát sinh sai phạm về hóa đơn, kê khai hoặc nghĩa vụ nộp thuế. Nội dung dưới đây phân tích căn cứ pháp lý, cơ chế xử lý hồ sơ và giải pháp thực tiễn cho từng trường hợp cụ thể.
1. Điều kiện chung về hoàn thuế GTGT và các trường hợp không được hoàn thuế
1.1. Tổng quan quy định về hoàn thuế GTGT mới nhất
Theo Điều 15 Luật Thuế GTGT, một số trường hợp doanh nghiệp có thể được hoàn thuế gồm:
- Doanh nghiệp có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu và số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên, đáp ứng điều kiện luật định;
- Doanh nghiệp có dự án đầu tư thuộc trường hợp được hoàn thuế, sau khi bù trừ với số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất, kinh doanh;
- Cơ sở kinh doanh chỉ sản xuất hàng hóa, cung cấp dịch vụ chịu thuế suất GTGT 5% và có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên sau thời gian luật định.
1.2. Tổng hợp các trường hợp không được hoàn thuế GTGT
Đối với doanh nghiệp kê khai theo phương pháp khấu trừ, nếu chỉ phát sinh số thuế đầu vào chưa khấu trừ hết mà không thuộc các trường hợp quy định tại Điều 15, số thuế này chỉ được kết chuyển khấu trừ sang kỳ tính thuế tiếp theo, không được hoàn.
Theo Điều 13 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 quy định tám nhóm hành vi bị nghiêm cấm trong khấu trừ, hoàn thuế. Toàn bộ số thuế GTGT tương ứng với các hóa đơn, chứng từ phát sinh từ những hành vi này bị loại khỏi diện hoàn thuế, đồng thời có thể bị xử phạt vi phạm hành chính về thuế.
Doanh nghiệp không kê khai thuế theo phương pháp khấu trừ hoặc không có tài khoản tiền gửi ngân hàng đăng ký theo mã số thuế cũng không thuộc đối tượng hoàn thuế.
1.3. Xử lý số thuế GTGT chưa được khấu trừ và hàng tồn kho có còn bù trừ được không
Số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết, nếu không thuộc trường hợp được hoàn theo Điều 15, sẽ tự động kết chuyển sang kỳ tính thuế kế tiếp cho đến khi khấu trừ hết hoặc phát sinh đủ điều kiện hoàn.
Đối với hàng tồn kho có liên quan đến thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ, doanh nghiệp vẫn tiếp tục được bù trừ trong các kỳ sau, miễn là hóa đơn, chứng từ hợp pháp và không phát sinh từ hành vi bị nghiêm cấm.
2. Doanh nghiệp đang vi phạm thuế VAT có được hoàn thuế không?
2.1. Giải đáp quy định về việc hoàn thuế khi doanh nghiệp đang bị xử phạt hành chính về thuế
Doanh nghiệp đang bị xử phạt vi phạm hành chính về thuế vẫn có thể được hoàn thuế GTGT, với điều kiện khoản thuế đề nghị hoàn không phát sinh từ hành vi bị nghiêm cấm và doanh nghiệp đã hoàn thành nghĩa vụ tài chính khác đối với ngân sách nhà nước.
Theo Điều 15 Luật Quản lý thuế 2025, người nộp thuế có số tiền thuế nộp thừa lớn hơn số phải nộp được bù trừ với số tiền thuế còn nợ, hoặc được hoàn trả khi không còn nợ tiền thuế.
Như vậy, một khoản phạt hành chính về thuế không đương nhiên tước quyền hoàn thuế của doanh nghiệp, nhưng sẽ trở thành căn cứ để cơ quan thuế thực hiện bù trừ trước khi chi trả phần còn lại. Đối với các vi phạm nghiêm trọng hơn như sử dụng hóa đơn khống, giao dịch mua bán không có thật, toàn bộ số thuế GTGT tương ứng với các hóa đơn vi phạm sẽ bị loại trừ khỏi hồ sơ hoàn thuế theo Điều 13 Luật Thuế GTGT 2024, không chỉ đơn thuần là bù trừ nghĩa vụ tài chính.
2.2. Phân loại mức độ vi phạm ảnh hưởng đến tiến độ hồ sơ hoàn thuế GTGT được duyệt
Doanh nghiệp có vi phạm nhẹ, đã khắc phục hậu quả và không còn nợ đọng thường được xếp vào nhóm hoàn trước, kiểm tra sau, với thời gian xử lý nhanh hơn đáng kể so với nhóm rủi ro cao.
Ngược lại, doanh nghiệp có dấu hiệu gian lận hóa đơn, kê khai sai lệch nhiều lần hoặc đang trong quá trình thanh tra, kiểm tra thuế sẽ bị chuyển sang diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau, kéo dài thời gian xử lý và yêu cầu xác minh chi tiết từng hóa đơn, chứng từ liên quan.
2.3. Cơ chế bù trừ số tiền được hoàn với nợ thuế, tiền phạt vi phạm và tiền chậm nộp
Căn cứ Điều 15 Luật Quản lý thuế 2025 và Nghị định 252/2026/NĐ-CP hướng dẫn thi hành, khi giải quyết hồ sơ hoàn thuế, cơ quan thuế thực hiện bù trừ số thuế được hoàn với số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt vi phạm hành chính về quản lý thuế còn nợ trước khi chi trả phần chênh lệch cho doanh nghiệp.
Cơ chế này áp dụng cho cả trường hợp khoản nợ phát sinh từ sắc thuế khác với sắc thuế được hoàn, miễn là cùng thuộc nghĩa vụ đối với ngân sách nhà nước và đã có xác nhận chính thức từ cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
3. Quy trình xử lý hồ sơ hoàn thuế GTGT cho doanh nghiệp đang có vi phạm
3.1. Phân loại hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế sau khi có dấu hiệu rủi ro
Hồ sơ hoàn thuế của doanh nghiệp có dấu hiệu rủi ro về hóa đơn, kê khai bất thường hoặc lịch sử vi phạm nhiều lần sẽ được chuyển sang quy trình kiểm tra trước, hoàn thuế sau theo quy định tại Điều 18 Luật Quản lý thuế 2025 và Nghị định 252/2026/NĐ-CP hướng dẫn thi hành.
Cơ quan thuế tiến hành xác minh nguồn gốc hàng hóa, dịch vụ, đối chiếu hóa đơn đầu vào với dữ liệu của bên bán trên hệ thống hóa đơn điện tử, đồng thời kiểm tra tình trạng hoạt động của doanh nghiệp đối tác. Đối với hồ sơ đã có kết quả xác minh một phần, cơ quan thuế có thể giải quyết hoàn thuế cho phần đã đủ điều kiện, không nhất thiết chờ hoàn tất toàn bộ quy trình xác minh.
3.2. Cách tính tiền phạt, tiền chậm nộp và số tiền thuế GTGT thực nhận
Số tiền thuế GTGT thực nhận được xác định bằng số thuế đủ điều kiện hoàn trừ đi khoản nợ thuế, tiền chậm nộp và tiền phạt vi phạm hành chính còn tồn đọng tại thời điểm cơ quan thuế ban hành quyết định hoàn thuế.
Tiền chậm nộp được tính theo mức 0,03% mỗi ngày trên số tiền thuế chậm nộp, áp dụng liên tục kể từ ngày tiếp theo ngày cuối cùng của thời hạn nộp thuế đến ngày liền trước ngày nộp đủ số tiền vào ngân sách nhà nước hoặc ngày bù trừ.
Tiền phạt vi phạm hành chính về thuế được xác định theo khung quy định tại Nghị định 125/2020/NĐ-CP (được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định 102/2021/NĐ-CP và Nghị định 310/2025/NĐ-CP), phụ thuộc vào tính chất hành vi, ví dụ kê khai sai dẫn đến thiếu số thuế phải nộp bị phạt 20% số tiền thuế thiếu.
3.3. Các bước khắc phục vi phạm để hồ sơ VAT không bị từ chối hoặc đình chỉ
Để hạn chế rủi ro, doanh nghiệp nên:
Một là, rà soát toàn bộ hóa đơn đầu vào, chứng từ thanh toán, hợp đồng, chứng từ xuất khẩu và hồ sơ chứng minh hàng hóa, dịch vụ thực tế phát sinh.
Hai là, chủ động khai bổ sung đối với các kỳ có sai sót trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra, thanh tra nếu thuộc trường hợp được khai bổ sung.
Ba là, tách riêng số thuế GTGT đủ điều kiện hoàn và số thuế có tranh chấp hoặc chưa đủ căn cứ, tránh đề nghị hoàn toàn bộ số thuế khi chưa có hồ sơ chứng minh.
Bốn là, kiểm tra tình trạng nợ thuế, tiền phạt, tiền chậm nộp để dự liệu số tiền thực tế được nhận sau khi bù trừ.
Năm là, nếu doanh nghiệp đã bị xử lý về hành vi trốn thuế hoặc hồ sơ được xác định có rủi ro cao, cần chuẩn bị hồ sơ giải trình và chứng cứ đầy đủ để phục vụ kiểm tra trước hoàn thuế.
4. Dịch vụ tư vấn và hỗ trợ giải quyết hồ sơ hoàn thuế GTGT của LCP Law Firm
Luật LCP đồng hành cùng doanh nghiệp trong toàn bộ quá trình xử lý hồ sơ hoàn thuế GTGT, từ giai đoạn rà soát hóa đơn, đánh giá mức độ vi phạm đến làm việc trực tiếp với cơ quan thuế để bảo vệ quyền lợi hợp pháp. Cụ thể, luật sư của Luật LCP sẽ thực hiện các công việc sau cho Quý khách hàng:
- Rà soát tính hợp pháp của toàn bộ hóa đơn, chứng từ đầu vào trước khi nộp hồ sơ hoàn thuế.
- Rà soát và xác nhận số dư nợ thuế, tiền phạt với cơ quan thuế quản lý trực tiếp để tránh chênh lệch khi bù trừ.
- Đại diện làm việc, giải trình với cơ quan thuế trong quá trình kiểm tra, xác minh hồ sơ hoàn thuế.
- Theo dõi tiến độ xử lý hồ sơ, kịp thời bổ sung tài liệu khi có yêu cầu để tránh hồ sơ bị đình chỉ hoặc quá hạn.
- Tư vấn phương án xử lý đối với các khoản thuế GTGT không đủ điều kiện hoàn, chuyển kết chuyển khấu trừ hợp lý.
Kết luận
Doanh nghiệp đang có vi phạm thuế VAT vẫn cần xem xét kỹ các điều kiện hoàn thuế và ảnh hưởng của hành vi vi phạm đến quyền được hoàn thuế để có phương án xử lý phù hợp. Quý khách hàng có nhu cầu tư vấn hoàn thuế GTGT khi doanh nghiệp đang có vi phạm thuế VAT vui lòng liên hệ Hotline: 0962275827 để được luật sư của Luật LCP hỗ trợ trực tiếp và kịp thời.
