Trường hợp truy thu do vi phạm thuế VAT của doanh nghiệp có thể phát sinh khi cơ quan thuế xác định số thuế doanh nghiệp đã kê khai, khấu trừ hoặc hoàn không phù hợp với nghĩa vụ thuế theo quy định pháp luật. 

Sai sót có thể xuất phát từ việc kê khai thiếu doanh thu đầu ra, khấu trừ thuế GTGT đầu vào không đủ điều kiện hoặc hồ sơ hoàn thuế không đáp ứng yêu cầu pháp lý.

1. Các trường hợp truy thu thuế GTGT do sai phạm về kê khai doanh thu đầu ra

Doanh thu tính thuế là một trong những căn cứ xác định nghĩa vụ thuế GTGT của doanh nghiệp. Khi doanh nghiệp kê khai thiếu doanh thu hoặc xác định không đúng số thuế GTGT đầu ra phải nộp.

1.1. Không kê khai hoặc kê khai thiếu doanh thu phát sinh từ hoạt động bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ

Doanh nghiệp không kê khai hoặc kê khai thiếu doanh thu phát sinh từ việc bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ có thể dẫn đến việc xác định thiếu số thuế GTGT phải nộp.

Khi kiểm tra hồ sơ khai thuế, dữ liệu hóa đơn điện tử, chứng từ kế toán, dữ liệu thanh toán hoặc các tài liệu liên quan, cơ quan thuế có thể xác định lại doanh thu tính thuế và số thuế GTGT doanh nghiệp còn phải nộp theo quy định của Luật Quản lý thuế 2025.

Trường hợp việc kê khai thiếu doanh thu dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp, doanh nghiệp bị buộc nộp đủ số tiền thuế còn thiếu và có thể bị xử phạt về hành vi khai sai hoặc hành vi trốn thuế.

1.2. Xuất hóa đơn sai thời điểm làm chậm nghĩa vụ nộp thuế VAT trong kỳ 

Căn cứ Điều 9 Nghị định số 254/2026/NĐ-CP, thời điểm lập hóa đơn điện tử được xác định theo từng loại hoạt động bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ và các trường hợp đặc thù. 

Doanh nghiệp cần xác định đúng thời điểm lập hóa đơn đối với từng loại giao dịch để bảo đảm dữ liệu hóa đơn phù hợp với thời điểm phát sinh nghĩa vụ kê khai thuế.

Trường hợp việc lập hóa đơn sai thời điểm đồng thời dẫn đến khai thiếu số thuế phải nộp, doanh nghiệp có thể bị xác định lại nghĩa vụ thuế, phải nộp phần thuế thiếu và bị xử lý vi phạm hành chính tùy theo tính chất, mức độ và hậu quả của hành vi.

1.3. Áp dụng sai thuế suất thuế VAT dẫn đến thiếu số thuế phải nộp

Căn cứ Điều 9 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024, thuế suất thuế GTGT bao gồm các mức thuế suất theo từng nhóm hàng hóa, dịch vụ được pháp luật quy định.

Doanh nghiệp áp dụng thuế suất không đúng đối tượng, ví dụ áp dụng mức thuế suất thấp hơn mức phải áp dụng, dẫn đến xác định thiếu số thuế GTGT đầu ra phải nộp, thì phải kê khai, điều chỉnh và nộp phần thuế còn thiếu.

Nếu hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp nhưng không thuộc trường hợp trốn thuế thì khoản 1 Điều 16 Nghị định số 125/2020/NĐ-CP quy định mức xử phạt bằng 20% số tiền thuế khai thiếu hoặc số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn cao hơn so với quy định. 

2. Các trường hợp bị truy thu thuế VAT do vi phạm quy định khấu trừ đầu vào 

Quyền khấu trừ thuế GTGT đầu vào được xác định trên cơ sở các điều kiện về hóa đơn, chứng từ, mục đích sử dụng hàng hóa, dịch vụ và chứng từ thanh toán theo quy định của pháp luật về thuế GTGT.

2.1. Nộp đủ số thuế thiếu phát sinh do đã khấu trừ sai điều kiện quy định 

Căn cứ khoản 2 Điều 14 Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15, cơ sở kinh doanh phải đáp ứng các điều kiện luật định để được khấu trừ thuế GTGT đầu vào.

Các điều kiện cơ bản bao gồm:

• Điểm a khoản 2 Điều 14: Có hóa đơn giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào hoặc chứng từ nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu hoặc chứng từ nộp thuế GTGT thay cho phía nước ngoài theo quy định;
• Điểm b khoản 2 Điều 14: Có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào thuộc trường hợp phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt theo quy định của Chính phủ.

Nếu hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp, áp dụng khoản 1 Điều 16 Nghị định số 125/2020/NĐ-CP, với mức phạt 20% số tiền thuế khai thiếu. 

2.2. Khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với hóa đơn không hợp pháp hoặc bỏ trốn 

Trường hợp doanh nghiệp sử dụng hóa đơn không hợp pháp hoặc sử dụng không hợp pháp hóa đơn để làm giảm số thuế phải nộp hoặc làm tăng số thuế được hoàn, miễn, giảm thì hành vi có thể thuộc trường hợp điểm d khoản 1 Điều 17 Nghị định số 125/2020/NĐ-CP về hành vi trốn thuế.

Nếu doanh nghiệp sử dụng hóa đơn nhưng không nhằm mục đích làm giảm nghĩa vụ thuế mà thuộc hành vi sử dụng hóa đơn không hợp pháp hoặc sử dụng không hợp pháp hóa đơn thì việc xử phạt được xem xét theo Điều 28 Nghị định số 125/2020/NĐ-CP.

2.3. Không phân bổ hoặc phân bổ sai thuế GTGT dùng chung cho hoạt động chịu thuế 

Căn cứ khoản 3 Điều 14 Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15, trường hợp hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng đồng thời cho hoạt động sản xuất. Kinh doanh chịu thuế GTGT và hoạt động không chịu thuế GTGT thì cơ sở kinh doanh chỉ được khấu trừ phần thuế GTGT đầu vào sử dụng cho hoạt động chịu thuế.

3. Các trường hợp truy thu thuế GTGT xuất phát từ sai sót kỹ thuật và thủ tục hoàn thuế 

Không phải mọi trường hợp phát sinh nghĩa vụ nộp bổ sung thuế đều xuất phát từ hành vi cố ý gian lận. Sai sót trong quá trình lập hồ sơ khai thuế hoặc hồ sơ hoàn thuế cũng có thể dẫn đến việc cơ quan thuế xác định lại nghĩa vụ thuế.

3.1. Sai sót kỹ thuật khi lập tờ khai dẫn đến phản ánh sai số thuế được khấu trừ 

Doanh nghiệp cần đối chiếu quy định về khai bổ sung hồ sơ khai thuế tại khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 để xác định quyền, thời hạn và cách thức khai bổ sung đối với từng trường hợp cụ thể. 

Trường hợp doanh nghiệp khai sai dẫn đến thiếu số thuế phải nộp và hành vi không thuộc trường hợp trốn thuế thì căn cứ khoản 1 Điều 16 Nghị định số 125/2020/NĐ-CP, mức phạt là 20% số tiền thuế khai thiếu.

3.2. Bị thu hồi tiền hoàn thuế GTGT do hồ sơ hoàn thuế không đảm bảo tính hợp lệ 

Căn cứ Điều 15 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024, việc hoàn thuế GTGT được thực hiện đối với các trường hợp và theo điều kiện do pháp luật quy định.

Trường hợp doanh nghiệp đề nghị hoàn thuế nhưng hồ sơ, hóa đơn, chứng từ hoặc giao dịch không đáp ứng điều kiện hoàn thuế, cơ quan thuế có quyền kiểm tra và xác định lại số thuế được hoàn theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.

Nếu hành vi khai sai làm tăng số tiền thuế được hoàn so với quy định thì có thể bị xử phạt theo khoản 1 Điều 16 Nghị định số 125/2020/NĐ-CP.

Trường hợp có hành vi gian dối nhằm làm tăng số tiền thuế được hoàn, cần xem xét dấu hiệu trốn thuế theo Điều 17 Nghị định số 125/2020/NĐ-CP và các quy định pháp luật hình sự nếu có dấu hiệu tội phạm.

3.3.Nghĩa vụ nộp tiền chậm nộp kèm theo số tiền truy thu thuế GTGT của doanh nghiệp 

Căn cứ quy định về tiền chậm nộp tại Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 và văn bản hướng dẫn thi hành, người nộp thuế có nghĩa vụ nộp tiền chậm nộp đối với số tiền thuế nộp thiếu, nộp chậm hoặc số tiền phải hoàn trả cho ngân sách nhà nước theo trường hợp luật định. 

Mức tiền chậm nộp và thời gian tính tiền chậm nộp được xác định theo quy định đang có hiệu lực tại thời điểm phát sinh nghĩa vụ. 

>>> Xem thêm: Doanh nghiệp cần làm gì khi muốn chấm dứt hợp đồng lao động 

4. Dịch vụ luật sư tư vấn và xử lý truy thu thuế VAT tại LCP Law Firm

LCP Law Firm cung cấp dịch vụ tư vấn và đại diện xử lý các trường hợp truy thu thuế VAT của doanh nghiệp với các công việc cụ thể sau:

• Rà soát hồ sơ kê khai doanh thu, khấu trừ thuế GTGT đầu vào và hồ sơ hoàn thuế .
• Đánh giá căn cứ pháp lý của quyết định truy thu thuế, xác định tính hợp lệ của số thuế bị ấn định theo Luật Quản lý thuế .
• Tư vấn tính toán số tiền chậm nộp, đề xuất phương án nộp đủ số thuế thiếu để giảm thiểu số tiền chậm nộp phát sinh thêm.
• Soạn thảo văn bản giải trình, khiếu nại quyết định truy thu thuế khi có căn cứ cho rằng việc ấn định thuế không đúng quy định.
• Đại diện làm việc với cơ quan thuế trong quá trình kiểm tra sau hoàn thuế, thanh tra thuế và xử lý vi phạm hành chính.
• Rà soát hệ thống hóa đơn điện tử liên quan đến số thuế bị truy thu.

Kết luận

Quý khách hàng nhận được quyết định truy thu thuế GTGT nên rà soát căn cứ pháp lý và thời hạn khiếu nại trước khi thực hiện nghĩa vụ nộp thuế. 

Đội ngũ luật sư LCP Law Firm hỗ trợ đánh giá hồ sơ, tính toán nghĩa vụ tài chính và làm việc trực tiếp với cơ quan thuế để bảo vệ quyền lợi hợp pháp của doanh nghiệp. Quý khách liên hệ hotline 0962275827 để được tiếp nhận và tư vấn cụ thể.